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给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈

（CPI）治疗的黑色素瘤患者，这些患者因疑似+CPI结肠炎接受了内镜检查，但内镜和组织学检查均显示其结肠黏膜正常（n = 6，+CPI无结肠炎）（图1B）这个研究设计能够区分由药物暴露引起的分子变化与实际的疾病过程...除每组中有1例患者接受抗CTLA-4单药治疗外，所有接受CPI治疗的患者最近都接受了CTLA-4和PD-1抗体的治疗。...此次我们使用图片中的 CD45+ 进行分析。...坐标以及细胞亚群注释结果：制作masktable generateMask函数中的 minDensity ：控制加圈的松紧成都，值越小，加的圈边界与umap散点距离越大越宽松 smoothSigma...linetype = 2：控制加的线类型，虚线、实线等，2为虚线 p <- ggplot(df, aes(x=umap_1, y=umap_2)) + geom_point(aes(color=

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R绘图笔记 | 一般的散点图绘制

可先阅读文章：R绘图笔记 | R语言绘图系统与常见绘图函数及参数 1.利用plot()绘制散点图 R语言中plot()函数的基本格式如下： plot(x,y,...) plot函数中，x和y分别表示所绘图形的横坐标和纵坐标...主要参数的含义如下：（1）type为一个字符的字符串，用于给定绘图的类型，可选的值如下： "p"：绘点（默认值）； "l"：绘制线； "b"：同时绘制点和线； "c"：仅绘制参数"b"所示的线； "o..."：同时绘制点和线，且线穿过点； "h"：绘制出点到横坐标轴的垂直线； "s"：绘制出阶梯图（先横后纵）； "S"：绘制出阶梯图（先纵后竖）； "n"：作空图。...geom_smooth()函数提供了平滑算法，基本能够满足平时实验数据处理的要求。...等； col # 未分组时，直接指定绘制颜色；分组时，设置参数长度应等于组数的颜色向量； pch # 点的绘图符号；分组时默认按顺序使用字符； library(car) scatterplot(Volume

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ggplot2|详解八大基本绘图要素

，要求的属性会有些不同，这些属性也可以在几何对象映射时提供，以下语法与上面的aes中是一样的。...三几何对象（Geometric）几何对象代表我们在图中实际看到的图形元素，如点、线、多边形等。...比如柱状图，fill是柱子的填充颜色，这时就使用scale_fill系列函数来更改颜色。比如点图使用color分组，则使用scale_color_系列函数来更改颜色。...等函数，同时像xlab这样的函数实现其中某一方面的功能，但是用起来更加方便因为这里的数据也有连续和离散之分，所以也要使用不同的函数来实现。...ggplot2的图层设置函数对映射的数据类型是有较严格要求的，比如geom_point和geom_line函数要求x映射的数据类型为数值向量，而geom_bar函数要使用因子型数据。

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R语言nlme、nlmer、lme4用（非）线性混合模型non-linear mixed model分析藻类数据实例|附代码数据

非线性混合模型就是通过一个连接函数将线性模型进行拓展，并且同时再考虑随机效应的模型。...更一般的诊断图--残差与拟合，同一个体的点用线连接。可以发现，随着平均数的增加，方差会逐渐减小。...nlme(model=list(fixed=with(c(asymp.R,xmid,scale,asymp.L),...) 右侧渐近线中的方差估计值是非零的。...nlmer 我想现在可以为nlmer得到正确的模型规范，但我找不到一个方便的语法来进行固定效应建模（即在这种情况下允许一些参数因组而异）--当我构建了正确的语法，nlmer无法得到答案。...nlmer( X ~ SSfpl(Day, asy, as, x, s) ~ asy|Indi,) 根据我的理解，人们只需要构建自己的函数来封装固定效应结构；为了与nlmer一起使用

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R语言绘图之ggplot2

当我们看到很多优美的绘图时，你是否会有据为己有的冲动？我反正是有的。那么今天我们就为大家介绍一下目前在R语言中流行的绘图包ggplot2。...ggplot的绘图有以下几个特点：第一，有明确的起始（以ggplot函数开始）与终止（一句语句一幅图）；其二，图层之间的叠加是靠“+”号实现的，越后面其图层越高。...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围...绘制汇总数据 stat_unique 绘制不同的数值，去掉重复的数值 stat_vline 绘制竖直线标度函数描述 scale_alpha alpha通道值（灰度） scale_brewer 调色板...使用xlim()和ylim()来设置连续型坐标轴的最小值和最大值 coord_cartesian(xlim=c(0,100),ylim=c(0,100)) guides：调整所有的text。

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高阶可视化绘图系统：ggplot2入门

几何对象（geometric）:几何对象（geom）代表你在图中实际看到的元素，如点、线、多边形等。统计变换（statistics）:统计变换（stat）是对数据进行的某种汇总。...坐标系统（Coordinate）:坐标系（coord）描述了数据是如何映射到图形所在的平面的，它同时提供了看图所需的坐标轴和网格线。...2、几何对象（Geometric）上述例子中，数据映射关系有ggplot()函数设定，使用geom_point()添加一个几何图层，告诉ggplot绘画点图，并将图层属性映射到散点上。...不同的几何对象，要求的属性会有些不同，这些属性也可以在几何对象映射时提供。...aes所提供的参数，就通过ggplot提供，而不是提供给geom_point，因为ggplot里的参数，相当于全局变量，geom_point()和stat_smooth()都知道x,y的映射，如果只提供给

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57-R可视化-6-ggplot2基石三部曲最终之进阶为菜鸟

color/fill 为了区分图形的轮廓与内部颜色，分别使用color 与fill 对应： ggplot(chic, aes(x = date, y = temp)) + geom_point(shape...() image.png 我们也可以自定义coord_fixed 函数中的ratio 参数，输出希望得到的比例，比如coord_fixed(ratio = 1/5)：利用函数处理这个通常可以用来批量对坐标上的标记进行处理...和图例较劲参见：背景与画布我们可以用ggplot 提供的自带主题来修改背景，比如我个人最喜欢的theme_classic 就直接呈现一个白板，特别简洁。当然我们也可以自定义背景。...自带主题 ggplot2 提供了多种自带的主题，我们可以直接使用它们： theme_gray() 默认主题，灰色。 theme_bw() 非常适合显示透明度的映射内容。...有个专门的R 包ggtheme 提供了各种杂志需要注意的是，当我们使用了自带主题之后，先前的所有theme 设定都会被覆盖，因此如果想在默认主题下进行额外的操作，需要在之后添加。

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散点图及数据分布情况

*这里要注意只有当一个变量不需要高精度解释时他才适合被映射到图形的大小和颜色属性。...使用数学公式作为注解时，必须使用正确的表达式语法才能保证输出合适的对象。...()函数对标的是全局的随机放置 *annotate()与geom_text()函数用来精准定位 #vjust=0时变迁文本的基线会与数据点对齐，调高调低可以对文本位置做上下调整 countries_sp...A：使用geom_boxplot()函数，分别映射一个连续变量和一个离散变量到y和x即可 #依旧使用MASS包里的小孩数据集（小孩体重太低的因素，比如之前我们一直谈的小孩们妈妈抽烟） low age...A：使用geom_dotplot()函数。这种点图也叫做Wilkinson点图。在这种图中点的分组和排列取决于数据。每个点的宽度对应了最大组距。

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数据可视化的最佳解决方案：ggplot2

和对应的函数即可在R中找到函数说明文档和对应的实例在R和Python中均可使用，降低两门语言之间互相过度的学习成本基本概念本文采用ggplot2的自带数据集diamonds。...;size;shape和位置类型映射x,y等 geom_xxx：几何对象，常见的包括点图、折线图、柱形图和直方图等，也包括辅助绘制的曲线、斜线、水平线、竖线和文本等 aesthetic attributes..., 点的颜色通过color列区分,alpha透明度,size点大小,shape形状(实心正方形),stroke点边框的宽度 geom_point(aes(x = carat, y = price,...当研究某个连续型变量的箱线图涉及多个离散型分类变量时，我们常使用分面facetting来提高图表的可视性。...坐标系统除了前面箱线图使用的coord_flip()方法实现了坐标轴转置，ggplot还提供了很多和坐标系统相关的功能。

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非线性回归nls探索分析河流阶段性流量数据和评级曲线、流量预测可视化

当辅以周期性的流量测量时，幂函数可以关联河流高度和流量（Venetis): 其中：Q代表稳态排放，H代表流高（阶段），H0是零排放阶段；K 和 z 是评级曲线常数。...按照惯例，Q 和 H 通常在参数估计之前进行对数变换。当河流水位过程线的上升和下降阶段导致相同河流高度的不同流量时，就会发生不稳定流。由此产生的受滞后影响的评级曲线将呈现为一个循环而不是一条线。...偏一阶导数使用有限差分近似为 J：其中 ht 是时间 t 的水流高度，Δt 是时间区间。这可以被认为是河流高度和时间之间函数的斜率或瞬时变化率，它是使用测量的河流高度值估计的。...\`dplyr::\` 指定要使用的重命名函数，以防万一 dplyr::rename(Sam) ggplot（iqdf）+ geom_point(aes(Dme, Flow), alpha...## 为了将测量深度与IQ的流速测量结合起来 ## ＃＃我们需要插值测量深度到每分钟，因为深度是偏移。然后我们就可以连接这些数据。我们将使用线性插值。

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了解绘制条形图和折线图的细节

A：在绘图命令中使用geom_text()函数即可添加数据标签，此时需要分别指定一个变量给x,y和标签本身。...,stat='count',vjust=1.5,colour='white')#这里用count函数进行统计x值的行数，使用映射..count..令计算得到的计数作为标签 #调整数据标签的方法 #(1)...(0.2))+#将连接线左右移动0.2 geom_point(position = position_dodge(0.2),size=4)#将点左右移动0.2 4.4 修改线条样式 Q: 如何修改线条样式...填充色只适用于21~25具有边框线的点型 #fill一般设置为NA，如果设置为white可以得到一个空心圆 pd <- position_dodge(0.2) ggplot(tg,aes(x=dose,...y=length,fill=supp))+ geom_line(position = pd)+#线的位置错开 geom_point(shape=21,size=3,position=pd)+#点位置错开

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gghalves包-你五毛我五毛

stat 覆盖geom_density()和stat_density()之间的默认连接。 position 位置调整，可以是字符串，默认为"dodge"，也可以是位置调整函数的调用结果。...geom 覆盖geom_density()和stat_density()之间的默认连接。 bw 要使用的平滑带宽度。如果是数字，则为平滑内核的标准差。 adjust 多次带宽调整。...默认为箱子在右，使用center = TRUE将箱子居中。下面函数参数调整类似，就不再绘制结果了，就把最原始的进行展示。...接下来进行绘图，我们想要得到Species与Sepal.Length的关系，其中Species为离散变量，Sepal.Length为连续变量。...这里比较有趣的是，作者还通过geom_point和geom_errorbar加入和汇总信息以及对应的误差项。

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机器学习（十六） ——SVM理论基础

其原理和logistics回归很像，也是通过拟合出一个边界函数，来区分各个分类的结果。二、代价函数与假设函数由于svm和logistic很相似，故与logistic进行比较。...如下图所示，黑色那条会是svm拟合出来的边界函数，而不会是绿色或者粉色的线。其最大边界，指的就是其到两个分类结果中，最接近边界的点的垂直距离最大。 ?...可知当x很接近l时，结果是1；x远大于（或远小于）l时，结果是0。高斯核函数，可以写为f=similarity(x,l)，另外所有的核函数都可以写为k(x,l)。如下图所示： ?...五、高斯核函数实际判定过程假设样本l(1)，则其对应的x1和x2已经固定，则带入到原来拟合好的边界函数中，可以得到对应的点f的值。...3、默塞尔定理默塞尔定理（Mercer’stheorem），是对核函数的一个规定。即要求核函数能满足优化方法，且要能快速得到θ。选择svm的核函数时，要求选择的核函数都要满足默塞尔定理。

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「R」ggplot2数据可视化

ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...2=虚线，3=点，4=点破折号，5=长破折号，6=双破折号） size 点的尺寸和线的宽度 shape 点的形状（和pch一样，0=开放的方形，1=开放的圆形，2=开放的三角形，等等） position...最后，一个地毯图设置在左侧以指示薪水的一般扩散。当几何函数组合形成新类型的图时，ggplot2包的真正力量就会得到展示，让我们利用singer数据集再来一探究竟。...默认为FALSE 使用Salaries数据集，忽略性别和学术等级，我们先检验博士毕业年数和薪水之间的关系。...theme()函数中的选项可以让我们调整字体、背景、颜色和网格线等。主题可以使用一次，也可以保存起来应用到多个图中。

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ggplot2--R语言宏基因组学统计分析(第四章)笔记

通常通过某种方式（例如，平滑线、回归线、装箱或聚合、箱线图、散点图等）对数据进行汇总。...每个geom只能显示特定的几何图形（例如，条形图、线和点等），每个geom都有默认统计，并且每个统计都有默认的geom 位置调整：用于调整图形上几何元素的位置以避免相互遮挡，例如在条形图中，堆叠或回避（...4.3.2 使用gglot()创建绘图时的简单概念 Ggplot2的算法很简单：您提供数据，告诉ggplot2如何将变量映射到几何，使用什么图形，它负责细节。...因为到目前为止，我们只告诉gglot()应该使用什么数据集，以及应该为x、y轴和颜色使用哪些列。但是我们还没有明确要求它画任何点或者一条线。...例如，对于笛卡尔坐标系，坐标函数包括：coord_cartesian(xlim，ylim）、coord_flip()和coord_fixed(ratio，xlim，ylim）；对于极坐标，通常使用函数coord_polar

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R语言实现混合模型

普通的线性回归只包含两项影响因素，即固定效应（fixed-effect）和噪声（noise）。噪声是我们模型中没有考虑的随机因素。而固定效应是那些可预测因素，而且能完整的划分总体。...在优势方面，个人认为它可以处理相对复杂的线性和非线性模型，可以定义方差协方差结构，可以在广义线性模型中定义几种分布函数和连接函数。...2、lme4包 lme4包是由Douglas Bates开发，他也是nlme包的作者之一，相对于nlme包而言，它的运行速度快一点，对于睡觉效应·随机效应的结构也可以更复杂一点，但是它的缺点也和nlme...一样：不能处理协方差和相关系数结构；它可以与构建系数的包连接，比如mmpedigree包，但是结合比较脆弱。...数据来举例，该数据集是对美国人的收入情况进行调查所得到的，其中包括了年龄、教育、性别、时间和个体ID这几个变量，我们希望了解这些因素对收入的影响。

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Brain:一种用于阿尔兹海默症(AD)分类的可解释的深度学习框架

考虑到这些尸检结果是确定阿尔茨海默氏症的决定性证据，这些物理结果是基于生物学证据的计算预测。...图5 MLP模型与神经学家在AD分类中的表现比较通过使用其他指标，深度学习模型在外部数据集上的一致、高分类性能得到了确认。...t-SNE图导致扫描的位点特异性聚类(图6A)，病例的位点内分布显示阿尔茨海默病和正常认知病例之间没有明显的区别。...此外，FCN模型在预测阿尔茨海默病状态方面的表现与具有全连接层的传统CNN模型相同，而且这一结果在所有数据集上都是一致的(补充图5和补充表8)。...事实上，疾病概率图提供了一种方法，可以在诊断过程中追踪与阿尔茨海默氏病有关的明显的大脑区域。然后，我们汇总了整个队列的疾病概率图，以证明阿尔茨海默病和正常认知病例的神经解剖风险图在人群水平上的差异。

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手把手教你将矩阵&概率画成图

右侧我画了三个绿点，分别对应矩阵 M 的三行，两个粉点分别对应矩阵 M 的两列。如果对应矩阵 M 中的值非零，就在绿点和粉点间画一条线连接。 ?...看，矩阵就是一种函数。 ? 如前所述，我们进一步认为 X 的元素是绿点，而 Y 的元素是粉点。...然后矩阵 M 以下图方式与加权二分图相对应：图的顶点有由 X 和 Y 提供的两种不同颜色，并且每个 x_i 和 y_j 之间存在连线，连线由数字 M_ij 标记。但是如果数值为零，那就省略这条边。...具体来说，由直和得到的分块矩阵对应断开的图。将两个矩阵做直和运算得到更大的数组（与向量直和运算类似），即一个带有全零块的大型分块矩阵。分块矩阵的图通过将原矩阵的图叠加得到。 ?...这样的概率分布图可以让我们更好地分析。联合概率通过架构图中的连线，可以得到联合概率：(x_i,y_j) 的概率是连接 x,y 两点的线的标签。 ?

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多水平模型、分层线性模型HLM、混合效应模型研究教师的受欢迎程度

受欢迎程度数据集包含不同班级学生的特征。本教程的主要目的是找到模型和检验关于这些特征与学生受欢迎程度（根据其同学）之间的关系的假设。我们将使用.sav文件，该文件可以在SPSS文件夹中找到。...如果我们查看LMER函数的不同输入，则： “受欢迎程度”，表示我们要预测的因变量。一个“〜”，用于表示我们现在给出了其他感兴趣的变量。（与回归方程式的'='相比）。公式中表示截距的“ 1”。...现在，我们还可以与基础模型相比，计算出第1层和第2层的解释方差。...由于没有针对此方差的直接显着性检验，我们可以使用软件包的 ranova() 函数 lmerTest，提供类似于ANOVA的随机效果表。...当教师经验增加时，每年经验的截距也增加0.226。因此，同一个没有外向性的男学生与一个有15年经验的老师一起上课，其预期受欢迎度得分为-1.2096 +（15 x .226）= 2.1804。

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Day7：R语言课程 (R语言进行数据可视化)

4.数据可视化与 `ggplot2` 处理大数据时，以图片的形式显示信息更有效。可视化应该有自己的整个过程（有很多要知道！）。...你会得到一个空白图，需要使用运算符指定图层+。几何对象是图层的一种。是在图上添加的具体图形。...例子包括：点（geom_point，geom_jitter为散点图，散点图等）线（geom_line，时间序列，趋势线等）箱线图（geom_boxplot）所有几何对象的详细列表及使用场景，请查看...提供了不同的示例图和相关代码（geom或theme的代码）。 ---- 练习当前坐标轴标签文本默认为geom_point的输入内容（即列标题）。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。

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