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「R」ggplot2在R包开发中的使用

同样地，导入ggplot2全部450个导出对象到你的命名空间会让分离你的包和ggplot2包的责任变得困难，特别是读者会搞不清这些函数到底来自哪里。 我个人碰到过很多这种情况。...由用户指定列名和表达式，而你想要你的函数能够有aes()同样的方式执行非标准计算。 如果你已经像上面的例子一样事先知道了列名，你可以使用来自rlang[2]的代词.data指代你要使用的图层数据。...这与ggplot()不同，除非交互使用或者显式地调用print()，否则是不是展示的。因为这个原因，ggplot2定义了一个自己的泛型函数autoplot()，调用它会返回一个ggplot()。...不应该停止你创建自己的函数可视化对象！ 创建一个新的主题 当创建一个新的主题时，从已有主题出发总是好的实践（例如，theme_grey()），然后使用%+replace%替换需要该包的元素。...如果出于一些原因你想要将其保留在Suggests，那么可以利用vctrs::s3_register()仅当ggplot2被安装时才注册你的泛型函数。

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R tips：自杀式R包的安装

如果是在Windows平台下，那么应该首先检查R包安装路径是否有问题（使用.libPaths()函数查看），尽量不要安装到".RLibrary"之类的无版本依赖的文件夹中。...Tips: 由于一些编译型R包可能也在安装时载入R，为避免可能的编译错误，建议将这所code的输出隐藏，比如我的Rprofile.site文件中是添加的如下代码： suppressWarnings(library...dbpyr包，但是它是出现在安装其他依赖这个包的包时出现的。...R的源码文件tar.gz压缩包解压后的结构大概如下： | - DESCRIPTION | - LICENSE | - NAMESPACE | - R | | - script1.R | | -...Imports是代表这个依赖项只会在当前包的环境中载入。 Suggests一般是用于帮助文档渲染时使用的依赖项。

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    104-R茶话会19-几种查看函数源代码的方法

    之前我们说过，因为有的函数作者并没有写出给用户调用，这时候如果使用的话： > Seurat::AnnoyNN 错误: 'AnnoyNN'不是'namespace:Seurat'内的出口对象： 这时候就需要使用...会自动调出一个编辑窗口，可以直接编辑函数并将结果赋值给新的变量，非常适合那些需要简单修改的函数： a <- edit(Seurat::as.CellDataSet) 2-泛型函数 在R 的面向对象中还存在一类泛型函数...它们通常是这样： 这类函数会根据对象的不同，调用不同的函数，可以通过methods 查看： > methods(mean) [1] mean,ANY-method mean,Matrix-method...methods' for accessing help and source code 比如我们关心的是Date 对象的除了，就可以直接通过mean.Date 查看了。 但如果是*的函数呢？...其他技巧 比如我会使用sink 函数来捕获函数的输出，保存在txt 文件中便捷阅读代码。 其实这里你也可以用 参考资料 [1] 六种方法查看R函数源代码，为啥第三种最惹人喜欢？

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    plotly-express-4-常见绘图参数

    为列中的不同值，(由px)自动匹配不同的标记颜色；若列为数值数据时，还会自动生成连续色标； symbol：指定列名。为列中的不同值，设置不同的标记形状； size：指定列名。...当参数color指定的列不是数值数据时，该参数为color列指定颜色序列，若category_orders参数不为None，则按category_orders中设定的顺序循环执行color_discrete_sequence...当参数color指定的列不是数值数据时，该参数用于将特定颜色分配给，与特定值对应的标记，color_discrete_map中的键为color表示的列值。...使用size参数时，设置最大标记的大小； marginal_x：字符串，取值：rug(细条)、box(箱图)、violin(小提琴图)、histogram(直方图)。...：字符串或Plotly.py模板对象，设置图表的背景颜色。

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    数据框的列名居然会影响绘图

    在使用ggstatsplot包绘制图形时遇到"Error in select(): ! Names must be unique."的错误，这通常意味着在数据处理过程中，列名或其他标识符出现了重复。...根据搜索结果，这个问题可能与数据处理方式有关，尤其是在使用dplyr包的select()函数时。 解决这个问题的一种方法是确保在进行选择操作时，所选的列名是唯一的。...例如，如果你在创建一个自定义函数来绘制图形，并且函数内部使用了select()，你需要确保传递给select()的变量名在数据框中不是重复的。...此外，如果错误发生在使用ggstatsplot的ggwithinstats()函数时，这可能是因为在处理大量数据点时，函数内部的某些操作导致了列名不唯一。...├─dplyr::mutate(...) 14. ├─dplyr::ungroup(.) 15.

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    关于Python可视化Dash工具

    1、scatter：散点图 在散点图中，每行data_frame由2D空间中的符号标记表示； 2、scatter_3d：三维散点图 在3D散点图中，每行data_frame由3D空间中的符号标记表示；...data_frame由三元坐标中的符号标记表示； 5、scatter_mapbox：地图散点图 在Mapbox散点图中，每一行data_frame都由Mapbox地图上的符号标记表示； 6、scatter_geo...y(或者x，如果orientation是'h'时)； 21、pie：饼图 在饼图中，数据帧的每一行表示为饼图的扇区。...dash_html_components和HTML属性有几点重要的不同： 1. 在HTML中，style属性是以分号分隔的字符串。在Dash中，你可以使用一个字典。...2. style字典里的键值是cameCase（驼峰样式）的，不是 text-align, 而是 textAlign。 3. HTML类属性是Dash中的className。 4.

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    129-R编程22-找对象之S3对象与泛型函数

    以我浅薄的认知来说，S3 挺没必要学的，大概了解下，会用就行了QAQ。 简介 之前的部分，我们对R 的面向对象有了一个大致的了解。这里，我们追随R 的发展步伐，由易到难，由简入繁，先从S3 开始。...比如我们经常使用的print 函数，其实也是个泛型函数： > print function (x, ...)...需要注意的是，这里的default 并非是一个存在的类，其目的是为了当使用的类并不存在一个对应的方法的时候，至少有一个“保底”的函数输出。...class 可以由字符串类型的向量构成。...[ 方法时，其只会返回之前设置的父类的方法： `[.secret` <- function(x, ...) { new_secret(NextMethod()) } x2[1:3] #> [1]

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    把函数包起来就是一个R包 - 完整开发指南

    dplyr调出 对包进行document的时候，由于包没有相关联的对象，所以我们需要documentNULL然后再用tag @docType package 和 @name ...expect_output(str(a), "int [1:10]",fixed=TRUE) expect_message(library(mgcv), "This is mgcv") expect_is()检查某个对象是不是继承自一个特定的类...Hmisc的namespace中寻找summarize;相反，如果先载入Hmisc,那么就会使用plyr中的summarize函数，所以为了避免混淆，我们需要使用::来指定搜索的namespace 在NAMESPACE...里的每一行都是一个指令，描述了一个R对象，是从我们的包导出给外部使用，还是从其他的包导入供我们使用 一共有8个namesapce指令，4个表示exports，4个表示imports 4个exports为...)或者使用快捷键Ctrl/Cmd + Shift + D将注释转化为.Rd文件 查看NAMESPACE，运行test确保正确 重复直到测试通过 Exports 要export一个对象，需要在roxgen

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    「R」使用modules包来组织R的函数集合

    安装和使用 直接从CRAN下载即可： 1install.packages("modules") 使用了解2个函数的使用就可以了。 一是import()，用于替换library()加载包。...., environment = parent.frame()) 10NULL 这样我们可以直接使用这个函数，也可以通过gp这个对象去访问可用的函数。...:dplyr> 除了导入包，也可以导入具体的包的某个/些函数： 1> slt dplyr, select) 2Replacing attached import/use on search...: 0x7fe5671213f8> 9namespace:dplyr> 我看中的其实不是上面这些特性，而是它可以将文件里写好的函数整体加载为模块对象。...代码核心其实 就是各种情况的检查，优先使用适合的包和函数进行下载、安装。它的存在就是方便国内使用者，特别是 初学者简便地下载、安装包。

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    R+python︱Facebook大规模时序预测『真』神器——Prophet（遍地代码图）

    除了之前的forecast包，现在这个prophet功能也很强大。本packages是由机器之心报道之后，抽空在周末试玩几小时。...其实并不是大量数据，而是时间粒度可以很小，在学校玩的计量大多都是“年/月”粒度，而这个包可以适应“日/时”级别的，具体的见后面的案例就知道了。不过，预测速度嘛~ 可以定义为：较慢！！！...也就是说，节日效应能量函数h(t)由两部分组成，Z(t)是一个示性函数的集合（indicator function），而参数K服从（0,v）正态分布。...同时在调用的时候，from fbprophet import Prophet 报错，因为github最新版不是官方文档中的语句了。。。...在下面研究中，研究者让Prophet对两组数据进行预测，在后端使用概率程序语言，读者可以借此看到使用Stan的一些工作细节。

    3K10

    “疫”外收获-nCov2019全球疫情之南丁格尔玫瑰图

    ()函数是用来表示连接字符串,summarise()是指将多个值简单化为单个值，%>%是指管道操作函数，来自dplyr包，对于这个的理解，可以想象成车间的流水线，只有前面一道程序完成之后才能进入下一道程序...这个关于每个函数如何使用，在RStudio中可以采用help()或??函数得到解决。...>today_gb5的对象是否是数据帧，倘若不是，在可能的情况下强制它 >today_gb5的Export直接导出的PNG、SVG、JPEG、TIFF等格式的图片像素低，低到无法看到图中的文字信息，用pdf格式导出的图片，图片像素没问题，但图片文字全部消失不见。...#绘制图形 >showtext_end() >dev.off()#关闭设备 最终，图片导出的方式采用的是Export的png和pdf格式，png格式导出的图片像素不高，在用ps提高像素后，基本能解决问题

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    【C++航海王：追寻罗杰的编程之路】引用、内联、auto关键字、基于范围的for、指针空值nullptr

    出了函数作用域，如果返回对象还在(还没还给系统)，则可以使用引用返回，如果已经还给系统，则必须使用传值返回。...3.3 -> auto的使用细则 auto与指针和引用结合起来使用 auto声明指针类型时，用auto和auto*没有任何区别，但用auto声明引用类型时，必须加&。...，由程序员来说明循环的范围是多余的，有时候还会容易犯错误。...迭代的对象要实现++和==的操作 5 -> 指针空值nullptr(C++11) 5.1 -> C++98中的指针空值 在良好的C/C++编程习惯中，声明一个变量时最好给该变量一个合适的初始值，否则可能会出现不可预料的错误...不论采取哪种定义，在使用空值的指针时，都不可避免的会遇到一些麻烦，比如： #include using namespace std; void p(int) { cout <<

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    webpack4.0正式版重大更新与特性详细清单

    ： CommonsChunkPlugin移除 - > optimization.splitChunks，optimization.runtimeChunk JSON 导出时消除未使用的JSON模块 将JSON...它们不起作用（对网络性能不利） 这是一个实验性特征和变化主题 尝试从WASM导入不存在的导出时，您会收到警告/错误 使用WASM通过import()导入模块 导入的名称需要在导入的模块上存在 动态模块（...和set而不是对象 使用includes而不是indexOf 用字符串方法替换了一些RegExp Queue不会再次把同一个job存入队列 默认情况下，使用更快的md4散列进行散列 优化 当使用超过25.../dist 省略模式选项时使用生产默认值 使用 向SourceMapDevToolPlugin添加详细的进度报告 现在删除的插件会提供一个有用的错误消息 统计 现在大小显示为kiB而不是统计中的kB 现在默认情况下在统计信息中显示入口点...()中引用入口点名称现在会发出错误而不是警告 升级到acorn 5并支持ES 2018 插件 done是一个异步钩子 修复的Bug 生成的评论不再超出 * / webpack不再修改传递的选项对象 编译器

    2.1K30

    数据分析：pathlinkR转录组数据分析和可视化利器

    我们在这个包中包含了一个基因表达结果的示例数据集，作为对象“exampleDESeqResults”。...这是一个由2个数据帧组成的列表，使用包中的‘ results() ’函数生成BiocStyle::Biocpkg（“DESeq2”）' （Love et al. 2014）。...由于我们输入的数据框包含了所有测量的基因（而不仅仅是显著的基因），我们将使用 filterInput=TRUE 选项，以确保网络仅由通过标准阈值（如上所述）的基因构建。...在使用这种方法时，我们建议提供一个基因全集，作为富集测试的背景；这里我们将使用 DESeq2 测试显著性的所有基因（即计数矩阵中的所有基因），在运行测试之前将它们转换为 Entrez 基因 ID。...除了在设置analysis为“sigora”或“reactome”时使用的 Reactome 数据库外，我们还提供了使用 Molecular Signatures Database (MSigDb) 中的

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    C++入门知识(二)

    “sizeof 引用”得到的是所指向的变量(对象)的大小，而“sizeof 指针”得到的是指针本身(所指向的变量或对象的地址)的大小； 7....但在选择使用内联函数时，必须在程序占用空间和程序执行效率之间进行权衡，因为过多的比较复杂的函数进行内联扩展将带来很大的存储资源开支。...【注意】使用auto定义变量时必须对其进行初始化，在编译阶段编译器需要根据初始化表达式来推导auto的实际类型。 auto如何使用？...在同一行定义多个变量 当在同一行声明多个变量时，这些变量必须是相同的类型，否则编译器将会报错，因为编译器实际只对第一个类型进行推导，然后用推导出来的类型定义其他变量。...总结，刚接触C++，整理的知识不是很有条理，有问题的地饭否还望指出！！

    53810

    pandas使用与思考读书的意义是什么？

    当时想到了三种方案： 使用dict的方式累加 使用数据库的临时表进行数据聚合 使用pandas汇总 方式一、以前使用php写过，考虑过不优雅，就放弃了 方式二、由于数据多，每次处理都要先写入数据库，然后再聚合...目标是成为成为使用Python处理实践和实际数据分析的模块。并且想成为任何语言都能使用的最强大的可扩展的数据操作与分析开源工具。 主要的特性如下： 为浮点数和与浮点数精度丢失提供了简易的处理方法。...大数据（数字很大，不是通常意义的大数据）的处理。 自动而准确地处理数据队列。 功能强大。 能方便地转换不规则数据和差异数据。 智能地处理大数据集的切片、子集。 智能合并和连接数据集。...2、Pandas 是python的一个数据分析包，最初由AQR Capital Management于2008年4月开发，并于2009年底开源出来，目前由专注于Python数据包开发的PyData开发team...，由你任意决定（其实是由需要来决定）。

    1.4K40

    旧版本的R3.6安装最新版的ggplot2

    本来我这个段位，就不应该为安装包发愁了，毕竟统计学不会可以理解，编程学不好忍忍就过去了，但是说安装包出错，是可忍孰不可忍？ 统计编程我惹不起就算了，你一个安装包我还搞不定了？？？...测试成功安装ggplot2 现在最新的R版本是4.2.1，因为有些包只能运行在3.6版本中，因此我需要安装3.6，这里安装常用的ggplot2时报错了，总结一下问题解决的方法。...问题来了，我有两个选择： 第一个：下载旧版本的ggplot2，它支持rlang0.4.11版本，但是很多更新的函数我无法使用了。测试了一下，可以实现。但我要用第二个。...magrittr_2.0.1 [9] scales_1.2.1 pillar_1.8.1 rlang_1.0.4 cli_2.5.0 [13] vctrs...这种方法可以推广到R3.5，R4.0，R4.1，windows系统安装Rtools就是为了防止本地编译时出错，里面有C，C++，Fortran等各种编译器，一篮子满满的。有了它，就不怕R包安装了。

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