共表达基因的寻找是转录组分析的一个部分,样品多可以使用WGCNA,样品少可直接通过聚类分析如K-means、K-medoids (比K-means更稳定)或Hcluster或设定pearson correlation...library(MixSim)
# 获得5个中心点,8维属性的数据模型
data = MixSim(MaxOmega=0, K=5, p=8, ecc=0.5, int=c(10, 100...2.K-means聚类起始点为随机选取,容易获得局部最优,需重复计算多次,选择最优结果。...clusplot(data, fit_cluster, shade=T, labels=5, lines=0, color=T,
lty=4, main='K-means clusters')
?...获取分类信息
fit_cluster <- fit_pam$pamobject$clustering
数据提取和可视化
以pam的输出结果为例 (上面两种方法的输出结果都已处理为了同一格式,后面的代码通用