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【R语言】因子在临床分组中的应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子(factor) 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL(胆管癌)这套数据为例。...stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...*","stage I/II",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的...*","stage III/IV",stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到如下因子 方法二、直接使用factor函数 #删除组织病理学分期末尾的A,...参考资料: ☞【R语言】R中的因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表

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    「R」ggplot2在R包开发中的使用

    尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式,以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...将ggplot2列入Depends会让你的包在被加载/测试的同时加载ggplot2。这会让其他想要使用你包的人通过::使用你的函数而无需加载它。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象(例如,在一个plot()-风格的函数中)。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法,但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的...如果没有,则会将主题对象存储在编译后的包的字节码中,而该字节码可能与安装的ggplot2不一致!

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    requests库中r.content 与 r.read() 的使用方式

    当解决问题时,我首先要明确问题的背景和目标。在这个问题中,你提到了一个关于itz文档中的Content-Encoding问题的bug,以及如何使用r.content而不是r.read()来获取响应。...让我们深入探讨这个问题,并提出一份1000字的技术文章,解决这个问题。本文将探讨itz文档中未提到的如何使用requests库中的r.content来获取响应的问题。...然而,在itz文档中,可能没有明确提到如何使用r.content来获取响应的内容,而大多数开发者更熟悉使用r.read()。...如果itz文档中没有提到如何使用r.content,那么开发者可能会默认使用r.read(),这可能会导致不必要的性能损耗和代码冗余。因此,解决这个问题对于确保代码的效率和可读性非常重要。...官方文档通常会提供详细的说明和示例,以帮助开发者更好地使用库的功能。结论:在解决itz文档中未提到的Content-Encoding问题时,我们强调了如何正确使用r.content来获取响应的内容。

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    R 树在前端性能优化中的使用

    在现实生活中,R 树可以用来存储地图上的空间信息,例如餐馆地址,或者地图上用来构造街道,建筑,湖泊边缘和海岸线的多边形。...R 树还可以用来加速使用包括大圆距离在内的各种距离度量方式的最邻近搜索。...在与图形相关的应用中经常会使用到 R 树,除了上述提到的地图检索以外,图形编辑中也会使用到(检索图形是否发生了碰撞)。...其使用的算法包括: 单次插入:非递归 R 树插入,最小化 R 树的重叠分割例程(分割在 JS 中非常有效,而其他 R 树修改,如溢出时重新插入和最小化子树重叠搜索,速度太慢,不值得) 单一删除:使用深度优先树遍历和空时释放策略进行非递归...结束语 前面说过后面会详细介绍一些性能优化的具体例子,本文 R 树的使用便也是其中一个。

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    R语言对混合分布中的不可观测与可观测异质性因子分析

    p=13584 ---- 今天上午,在课程中,我们讨论了利率制定中可观察和不可观察异质性之间的区别(从经济角度出发)。为了说明这一点,我们看了以下简单示例。让  X 代表一个人的身高。...by=.2) > lines(x,f1(x),lty=2,col="red") > lines(density(X)) 如果看那条黑线,可能会想到一种混合分布,例如 当我们有一个获得混合分布不可观察的异质性因子...也许我们可以使用实际观察到的变量来解释样本中的异质性。在形式上,这里的想法是考虑具有可观察到的异质性因素的混合分布:性别, 现在,我们对以前称为类[1]和[2]的解释是:男性和女性。...: 0.5488, Adjusted R-squared: 0.5465 F-statistic: 240.8 on 1 and 198 DF, p-value: < 2.2e-16 我们得到的均值和方差的估计与之前获得的估计相同...因此,正如今天上午在课堂上提到的,如果您有一个不可观察的异质性因子,我们可以使用混合模型来拟合分布,但是如果您可以得到该因子的替代,这是可观察的,则可以运行回归。

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    R语言对混合分布中的不可观测与可观测异质性因子分析

    当我们有一个获得混合分布不可观察的异质性因子:概率 p1,一个随机变量 ,概率p2,一个随机变量 。...也许我们可以使用实际观察到的变量来解释样本中的异质性。在形式上,这里的想法是考虑具有可观察到的异质性因素的混合分布:性别, 现在,我们对以前称为类[1]和[2]的解释是:男性和女性。...因此,如果您有一个不可观察的异质性因子,我们可以使用混合模型来拟合分布,但是如果您可以得到该因子的替代,这是可观察的,则可以运行回归。...点击标题查阅往期内容 R语言实现:混合正态分布EM最大期望估计法 在R语言和Stan中估计截断泊松分布 在R语言中使用概率分布:dnorm,pnorm,qnorm和rnorm R语言混合正态分布EM...最大期望估计 在R语言和Stan中估计截断泊松分布 更多内容,请点击左下角“阅读原文”查看报告全文 ?

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    数据处理第2节:将列转换为正确的形状

    例如,在上面的示例中,令人困惑的是睡眠列位于不同的单元中,您可以通过调用重命名函数来更改它: msleep %>% select(name, sleep_total:awake) %>% mutate_at...重新编码离散列 要重命名或重新组织当前的离散列,可以在mutate()语句中使用recode():这使您可以更改当前命名,或将当前级别分组到更低级别。...(多个级别) ifelse()可以嵌套,但如果你想要两个以上的级别,但是使用case_when()可能更容易,它允许你喜欢的语句数量多,并且比许多嵌套的ifelse更容易阅读声明。...不幸的是,似乎没有简单的方法让case_when()返回一个有序的因子,所以你需要自己做,之后使用forcats :: fct_relevel(),或者只是一个因子()函数。...如果要添加另一个数据框的信息,可以使用dplyr中的连接函数。

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    Log4j 2.0在开发中的高级使用详解—默认级别(二)

    对于2.0的颠覆性特性,我们将在之后一一讲解。今天我们就来看它的特性之一,默认级别。 在使用log4j 1.x当中,我们都需要自己提供它的配置文件。...如果不提供就会报错,在2.0的版本当中,配置文件已经不是必须的了。至于我们没有提供它的配置文件,它会默认的打印error级别的信息。...org.apache.logging.log4j.LogManager; import org.apache.logging.log4j.Logger; /** * @see log4j 2.0 默认级别为...error * @author Herman.Xiong * @date 2014年7月21日09:37:52 */ public class Test0 { /** * 如果我们在工程(项目)中不提供...log4j的配置文件,则log4j会使用默认的配置,级别为error * 4中获取日志记录器的方式 */ private static Logger logger = LogManager.getLogger

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    ggplot2优雅绘制多元素注释条形图

    欢迎关注R语言数据分析指南 原图 仿图 关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的读者们一个特别待遇:购买小编VIP会员文档的读者,「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码,无需额外付费」。...目前会员文档(2023+2024)「已经更新上传了150+案例文档」,每个案例都附有相应的数据和代码,并配有对应的注释文档,方便大家学习和参考。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(magrittr) library(ggtext) library(grid) library(cowplot) 定义颜色 col...set_colnames(c("pathway","group","Species(contribution percentage>10%)","value")) %>% mutate(value=case_when...(group =="Enriched in stable low DDS" ~ -value, TRUE ~ value)) 定义因子 df$pathway

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    MySQL中的事务隔离级别是什么,提供一个使用事务的实际案例

    MySQL中的事务隔离级别是指在并发访问数据库时,事务之间相互隔离的程度。...读已提交(Read Committed): 在这个隔离级别下,事务只能读取已经提交的数据,避免了脏读的问题。但是在同一个事务中,多次读取同一数据可能会得到不同的结果,因为其他事务可能会修改该数据。...系统要求实现一个转账功能,即从一个账户向另一个账户转移一定金额的资金。 在这个案例中,使用事务可以确保转账操作的原子性和一致性。...使用事务可以确保在转账过程中,不会出现账户余额错误、重复扣款或多次转账等问题。如果在转账过程中发生错误,事务会回滚,确保数据的一致性。 MySQL中的事务隔离级别决定了事务之间相互隔离的程度。...根据应用需求和对并发性、一致性的要求,选择适当的隔离级别。使用事务可以确保数据库操作的原子性和一致性,在需要保证数据完整性的应用场景中非常重要。

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    Android插件化学习之路(四)之使用插件中的R资源

    res里的每一个资源都会在R.java里生成一个对应的Integer类型的id,APP启动时会先把R.java注册到当前的上下文环境,我们在代码里以R文件的方式使用资源时正是通过使用这些id访问res资源...,然而插件的R.java并没有注册到当前的上下文环境,所以插件的res资源也就无法通过id使用了。...如何使用插件中的R资源 一种解决方式是插件里需要用到的新资源都通过纯Java代码的方式创建(包括XML布局、动画、点九图等),蛋疼但有效。...; } public final native String[] getLocales(); } 加载插件中的layout资源 我们使用LayoutInflate对象,一般使用方法如下...方法中,对Context的mResources进行替换,这样,我们就可以加载离线apk中的布局了。

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