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批量下载geo上面的单细胞表达量矩阵

acc=GSE164522 看到了这个单细胞数据集附带的表达量矩阵比较大，而且文件比较多，所以想挂在后台，需要理解geo页面的每个gse数据集的主页的URL的规律。...然后，就可以从主页中获取数据集的相关信息，包括表达量矩阵文件的下载链接等。...wget命令的方式来使用它： wget -r -np -k -p -e robots=off https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE164nnn/GSE164522.../suppl/ 这个命令使用了几个选项： -r：递归下载，意味着它会下载指定网页中的所有链接，包括子链接和相关资源。...也可以通过其它r包或者Python包 比如r里面的GEOquery就可以通过 getGEOSuppFiles() 函数可以直接下载指定数据集的所有附件文件 library(GEOquery) # 指定数据集的

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    SecureCRT 9.2 和 SecureFX 9.2 正式版现已推出

    ◆ SecureCRT 9.2 中的新功能 凭据管理器 内置的凭据管理器允许多个会话共享身份验证凭据。当需要每月、每周甚至每天更改密码时，可以在单个位置更新凭据，无需手动定位和更新单个会话。...使用过滤器栏快速定位特定会话以及本地 shell、暂存器和打开的脚本。 文本文件导入 向导有助于从 CSV、TSV 或其他分隔文本文件导入会话。以前，必须手动或使用脚本导入会话。...SSH2 增强 如果在尝试 SSH2 连接期间密码或 MAC 算法协商失败，SecureCRT 可以启用支持的算法并重试。...临时重命名窗口 (Windows) 临时重命名窗口 的功能可以在多个实例运行时更轻松地从 Windows 任务栏中找到特定的 SecureCRT 窗口。...SSH2 增强 如果在尝试 SSH2 连接期间密码或 MAC 算法协商失败，SecureFX 可以启用支持的算法并重试。

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    生信蓝领，一个不舍得分享的高通量数据分析框架

    该文件做的事情为： 从官方下载安装anaconda，国内推荐清华镜像源。 根据requirement.txt的内容，用conda安装包。这里他添加了两个channel。...按照官方的要求，使用bcbio_nextgen_install.py。这里使用我修改的国内专享版，利用清华镜像源加速，仅需要10~30 min的时间。海外用户用原版。...# 默认的下载方法 bcbio_nextgen.py upgrade --genomes TAIR10 --aligner bwa --alinger hisat2 # 提示从amazonaws下载...配置参考基因组从官方文档来看，是比较复杂的活，需要考虑建立对应的基因组配置文件，形如buildname-resources.yaml。并且还需要模仿galaxy建立参考序列的文件结构。...不同列的解析规则如下： samplename: 样品命名，比较复杂，基本原则就是不要文件路径，不要文件后缀，对于PE数据，取共同部分，也就是sample_1.fq, sample_2.fq，只保留sample

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    Linux-文件操作

    一、基本操作 1、新建文件 touch 文件名 2、新建文件夹 mkdir 目录名 mkdir -p a/b/c mkdir -m 755 目录名 3、复制文件或目录 cp 源文件 目标文件 cp -R...-l：使用长格式显示文件内容（可以简化为“ll”） ll -t：以时间降序排列 ll -t|tac：以升序排列 3、文件描述 user：该文件的拥有者对文件的操作权限 group：跟拥有者同组的其他用户对该文件的操作权限...（wget） wget URL：下载单个文件 wget -O xxx.zip URL：下载并重命名 wget –limit-rate=300k URL：下载限速 wget -c URL：断点续传 wget...-b URL：后台下载 wget –spider URL：测试下载链接 wget -i 文件：下载多个文件 （文件中含多个URL） wget –mirror -p –convert-links -...find / -name file ：从 '/' 开始进入根文件系统搜索文件和目录 find / -user yunfan：搜索属于用户 'yunfan' 的文件和目录 find /home/yunfan

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    TCGA数据库免疫相关文件下载大全

    与免疫相关的驱动突变 参与肿瘤免疫的细胞内和细胞间调控网络（调控网络包含转录、microRNA、拷贝数、表观遗传信息） 而且还提供了该文章的详细数据文件在附件！...首先推荐使用gdc客户端命令行工具根据文件附属的：https://gdc.cancer.gov/files/public/file/PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_...file/PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_1.txt 首先下载和安装gdc客户端命令行工具 很有趣是居然区分了python版本 ： 这种软件解压即可使用，所以没什么好纠结的.../gdc-client download --help 使用gdc客户端工具下载PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_1.txt 里面的文件 cd ~/biosoft...（如果你网速差，那就需要求助海外朋友哦，毕竟是49G的数据文件啊） ? 那么这些数据拿到手上后该进行哪些分析呢？必须看我们的TCGA系列视频课程啊！

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    5款漏洞扫描工具实用、强力、全面(含开源)

    这款工具针对风险提供了及时的解释，开发人员可自行决定是否在容器或应用程序中使用该组件。常规的容器安全协议使用的是静态镜像扫描来发现漏洞，Trivy 则是将漏洞扫描工具无缝合并到集成开发环境当中。...也就是说，它能非常细致地查看整个系统，并对已经或未经身份验证的协议进行测试。而实施过的漏洞测试也相当细致，会深入分析计算机及服务器受保护的程度。 安装 1、前提条件 ①....安装 1、环境要求 Python2.7（python3 不支持） 2、安装步骤 在 sqlmap 官网 http://sqlmap.org/[2] 下载最新版本的 sqlmap 安装包。...当前展示版本为 1.3.2-25，如下图所示： 将下载下来的安装包 sqlmapproject-sqlmap-1.3.2-25-gaf890d6.zip 解压到自己想存放的目录并重命名，这里以 D 盘为例...解压后的目录结构如下图所示： 验证 sqlmap 是否安装完成，可进行如下操作进行验证： 打开 cmd 窗口，进入到 python 的安装目录（这里如果配置了 python 环境变量，则不需要进入到此目录

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    ggplot2 案例：赫罗图

    后来的研究发现，这张图是研究恒星演化的重要工具，因此把这样一张图以当时两位天文学家的名字来命名，称为赫罗图。...赫罗图是恒星的光谱类型与光度之关系图，赫罗图的纵轴是光度与绝对星等，而横轴则是光谱类型及恒星的表面温度，从左向右递减。...首先可以从知识星球下载附件，附件中有本文需要的两个数据： hygdata_v3-1.csv hygdata_v3-2.csv 我们使用 readr 包把这两个数据集读入 R 中并使用 rbind 函数进行行连接...star_anim*.png") 结果（很大，请耐心等待，这里我给它转为 MP4 文件插入，附件中有转换的代码）： 把多个图片合成 GIF 图 可以使用终端命令 convert，如果你的电脑没有这个工具...，可以使用 magick 工具，下载和使用方法可以阅读这里：https://www.imagemagick.org/script/command-line-processing.php

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    15个最佳缺陷错误跟踪工具（2024）

    编程语言：它支持PHP、Python和Javascript等编程语言。 其他功能：你可以使用甘特图、看板、时间跟踪的Dashboard视图、身份验证和它提供的SCIM等功能来自动化你的工作流。...仪表板易于使用，用户可以根据需要进行自定义。 它适用于所有规模的团队。 定价： 价格：计划起价每月5美元。 免费试用：终身免费基本计划。...官方网址： https://www.bugzilla.org/ 11、Mantis Mantis为用户提供简单的使用操作，从你的移动设备管理项目，并享受轻松的应用程序集成，以获得真正的使用体验。...身份验证和访问：提供灵活的基于角色的访问和多个LDAP身份验证。 支持：为全球使用提供聊天支持和多语言功能。 支持的平台：与Unix、Linux、macOS和Windows操作系统兼容。...优点： 一个简单易用的程序。 无缝Git托管。 使用自定义结构对组织中的问题和任务进行分类。 可以根据需要创建任意多个项目。 定价： 价格：每月19美元起。 免费试用：14天免费试用。

    2.6K10

    手动搭建 Drupal 个人站点

    Drupal 具备强大的定制化开发能力，您可使用 Drupal 作为个人或团体网站开发平台。本文档介绍如何在腾讯云云服务器（CVM）上手动搭建 Drupal 个人网站。...进行手动搭建 Drupal 个人网站，您需要熟悉 Linux 命令，例如 CentOS 环境下通过 YUM 安装软件 等常用命令，并对所安装软件的使用及版本兼容性比较了解。...您也可以根据实际操作习惯，选择其他不同的登录方式： 使用远程登录软件登录 Linux 实例 使用 SSH 登录 Linux 实例 步骤2：搭建 LAMP 环境 当您登录 Linux 云服务器后，请完成...步骤3：下载 Drupal 依次执行以下命令，进入网站根目录并下载 Drupal 安装包。...cd /var/www/html wget wget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-8.1.1.zip 依次执行以下命令，解压安装包并重命名。

    2.8K31

    使用Python发送自定义电子邮件

    您也可以使用pip从PyPI安装它，如项目的自述文件所述 。     配置您的Mailmerge文件     三个文件控制Mailmerge的工作方式。...如果需要在双引号字段中包含双引号，请在一行中使用两个双引号。很有趣，因此请阅读Python 3中的CSV以获得更多细节。    ...如果您使用的是双重身份验证或域管理的登录名，则需要创建一个绕过这些控件的应用程序密码。 如果您使用的是Gmail和类似系统，则可以直接在界面中进行操作； 否则，请联系您的电子邮件系统管理员。...您还可以尝试在标头中使用条件条件（ 如果 … endif ）。 例如，只有在数据库中有一个附件时，您才可以具有附件，或者您可能需要更改某些电子邮件的发件人名称，而其他电子邮件则不需要。    ...即使对于简单的组电子邮件，我发现这种方法也比使用CC或BCC向一群人发送一封电子邮件有效得多。 许多人会过滤电子邮件，并延迟阅读未直接发送给他们的任何内容。

    4.7K30

    搭建 Drupal 个人网站的图文教程

    Drupal 具备强大的定制化开发能力，您可使用 Drupal 作为个人或团体网站开发平台。本文档介绍如何在腾讯云云服务器（CVM）上手动搭建 Drupal 个人网站。...进行手动搭建 Drupal 个人网站需要熟悉 Linux 命令，例如 CentOS 环境下通过 YUM 安装软件 等常用命令，并对所安装软件的使用及版本兼容性比较了解。...您也可以根据实际操作习惯，选择其他不同的登录方式： 使用远程登录软件登录 Linux 实例 使用 SSH 登录 Linux 实例 步骤2：搭建 LAMP 环境 当您登录 Linux 云服务器后，请完成...步骤3：下载 Drupal 依次执行以下命令，进入网站根目录并下载 Drupal 安装包。...cd /var/www/html wget wget http://ftp.drupal.org/files/projects/drupal-8.1.1.zip 依次执行以下命令，解压安装包并重命名。

    1.9K10

    nf-celescope — 新格元新流程

    它需要安装 Bash 3.2（或更高版本）和 Java 11（或更高版本，最多 22）。首先查看我们的服务器当前环境的Java是否符合要求，如果不符合可以使用conda创建一个符合要求的Java环境。.../scrna/archive/refs/tags/1.2.1.tar.gz tar -xf 1.2.1.tar.gz 如何使用 环境如果配置好的话，使用起来还是蛮简单的，基本就是 准备输入信息csv文件...样本多的话，手动创建难免出错，这时候可以使用其提供的python脚本自动创建。...一个常规的解决办法，就是使用本地电脑从github 下载后上传服务器使用 wget -c https://github.com/nextflow-io/nf-validation/releases/download.../results 那么就会成功下载这个nf-validation-1.1.3 插件（本机电脑需要科学上网）。然后上传服务器即可使用。

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    邮件发送基础：深入SMTP协议、配置邮件服务器及Python实现

    本文将详细介绍SMTP（Simple Mail Transfer Protocol）协议的基本原理、邮件服务器的配置方法，以及如何使用Python的smtplib和email模块发送简单邮件。...以下是配置第三方邮件服务商SMTP服务器的基本步骤： 登录邮箱账户：首先，你需要登录到你的邮箱账户。...然后，输入你的邮箱账户的用户名和密码进行身份验证。 自建邮件服务器配置 如果你需要自建邮件服务器（如使用Postfix、Exchange等），配置过程将更为复杂。...完整示例：发送带附件的HTML邮件 下面是一个完整的示例，展示了如何使用Python的smtplib和email模块发送一封包含HTML正文和单个附件的邮件。...你可能需要使用授权码或OAuth 2.0等更安全的认证方式。 附件大小限制：不同的邮件服务商对附件大小有限制。如果你需要发送大文件，请考虑使用云存储服务或文件共享平台，并在邮件中提供下载链接。

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    Linux 速度性能测试一键脚本 下载测试

    简单测试 wget -qO- bench.sh | bash 详细测试过程，展开查看 三网测速 全面的国内三大运营商（电信，联通，移动）上传下载速率测试 GitHub项目地址：https://github.com...--share 生成并提供speedtest.net共享的URL结果图像 --simple 不显示详细输出，仅显示基本信息 --csv-header.../unixbench.sh 详细测试过程，展开查看 yabs.sh 完整测试 curl -sL yabs.sh | bash 参数测试 ## 添加需要的参数 curl -sL yabs.sh | bash...（fio/iperf）状态的帮助消息 -r 此选项可减少iperf位置的数量(Online.net/Clouvider LON+NYC）以减少带宽使用 -4 此选项覆盖geekbench5性能测试，而运行...： -e WEBPORT=80: 容器内使用的端口 -e MAX_LOG_COUNT=100: 最大可保存多少条测速记录 -e IP_SERVICE=ip.sb: 使用的 IP 运营商解析服务(ip.sb

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    又快又稳的DeepSeek R1满血版，我不允许你不知道这个神器！

    刚好最近老板派了一个活给我，对某个产品老用户进行价值分层，并重新触达提升回购率。...从用户分层设计思路来看，这个方案还是不错，可以做些自定义调整，比如对于不同的产品品类，用户消费周期和消费能力是不一样的，这个需要你来优化设计。...prompt：好的，根据以上设计的用户分层方案来编写Python脚本，实现用户的价值分层，Python脚本输入项是附件里的csv格式用户行为明细数据，输出项是一张用户表，csv格式，包含两个字段：用户ID...你需要保证代码可执行，没有语法错误，且给出Python及其第三方库的版本信息。 ❞ 以及上传如下csv附件。...“问小白”在集成DeepSeek R1满血版的基础上，并增加了多项实用功能，让很多文档、数据、图像处理类的工作在AI协助下变得异常简单，除了APP，还可以在网页端使用“问小白”，更适合办公，非常的方便。

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    文件查找下载命令

    重命名下载的文件 记录下载日志方法：使用小写字母o wget http://baidu.com/malicious_source.sh -P /tmp/ #下载的文件到指定目录 wget -i filelist.txt...git目录被下载(值得借鉴)，直接下载存在.git目录:> wget --spider DOWNLOAD-URL #使用--spider试图做计划下载时候，需要先检查一下下载链接是否有效。...“任何”身份验证方法 -b/--cookie cookie字符串或文件读取位置 --basic 使用HTTP基本验证 -B/--use-ascii 使用ASCII...--disable-eprt 禁止使用EPRT或LPRT --disable-epsv 禁止使用EPSV @data.json 需要上传请求或者文件时需要使用 -D/--dump-header...p/--proxytunnel 使用HTTP代理 --proxy-anyauth 选择任一代理身份验证方法 --proxy-basic 在代理上使用基本身份验证 --proxy-digest

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