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使用Trimmomatic对NGS数据进行质量过滤

Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤,其去除adapter的功能只是针对illumina的序列,从reads的3’端识别adapter序列并去除,相比cutadapt,少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时,采用了滑动窗口的算法,给定窗口长度和步长,如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值,则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...序列,在查找时,首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基,如果前几个碱基都找不到,就没必要在查找后面的碱基了,通过seed match可以加快运行速度,2表示在进行...seed match时,允许的最大错配数;当满足了seed match后,trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对,从而识别adapter序列。

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    使用fastp对NGS数据进行质量过滤

    该软件可以对数据进行以下几种过滤 1....根据序列长度进行过滤 默认情况下,该软件会根据长度对序列进行过滤,--length_required指定最小长度,小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度,大于该长度的...reads也会被过滤掉,如果不希望进行长度过滤,可以添加-L或者--disable_length_filtering参数。...默认情况下,是不会根据序列复杂度进行过滤的,如果想要进行过滤,需要添加-Y参数,同时使用-y参数指定复杂度的阈值,取值范围0-100, 默认值为30,复杂度低于30%的序列会被过滤掉。 8....根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤, --filter_by_index1参数指定一个index文件,该文件中每行是一个index,如果序列的index在该文件中

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    如何使用 IP 地理定位进行流量过滤?

    流量管理,有时也被称为流量过滤,是指使用网络流量属性来同意或拒绝网络的访问。它还涉及到使用源国家属性来授予或拒绝特定的IP地址访问。图片IP 地址过滤如何用于流量管理?...防火墙在过滤可疑流量时会使用很多标准。一种更流行的过滤方案是阻止来自特定国家或地区的通讯访问 。最常用的防火墙能够过滤掉来自特定国家或地区的IP地址。...例如,IP 归属地为 IP 地址提供地理定位工具,以帮助识别来自任何来源国的用户IP,也能够帮助进行IP位置定位,检测有风险的帐户和风险操作行为。IP 地址过滤如何用于对抗恶意流量?...拒绝来自特定国家的流量可能会干扰与合法系/服务器进行数据交互的真正需要。这是人们对使用 IP 地理位置进行流量管理犹豫不决的原因之一 。还应该理解的是,攻击者可能来自不同的国家/地区。...营销洞察力:使用IP地理位置数据,为访问您网站的用户进行用户画像,使您能够找到可用于增强在线营销工作的新机会或模式。

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    根据线粒体基因进行过滤

    前情提要 上篇推文中对ncount_RNA 和nFeature_RNA进行了可视化,然后基于可视化结果进行了阈值的判断,并且也给大家分享了在实际分析中的应用 其中也提到了在我们的质控脚本中,首先是计算了线粒体...、核糖体以及血红细胞的比例,然后就可视化了细胞中这些参数的情况,在基于这些数据进行一个过滤 那这期我们来了解一下如何根据线粒体、核糖体以及红血蛋白基因的比例,对细胞进行过滤 为什么要基于这些基因进行过滤...使用PercentageFeatureSet进行计算 #计算线粒体基因比例 mito_genes=rownames(sce.all)[grep("^MT-", rownames(sce.all),ignore.case...subset(sce.all_filt, cells = selected_hb) dim(sce.all_filt) table(sce.all_filt$orig.ident) 根据线粒体核糖体基因进行过滤...在过滤线粒体核糖体基因推文中提到了过滤的方式 1.

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    如何使用EvtMute对Windows事件日志进行筛选过滤

    写在前面的话 在这篇文章中,我们将告诉大家如何使用EvtMute来对Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作,并对已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能,成功注入之后,它将会应用一个临时过滤器,允许报告所有事件,这个过滤器可以动态更新,而不必重新注入。...—Encoded选项将其传递给过滤器: 操作安全注意事项 注入钩子时,SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread,而且这个调用是在钩子设置之前进行的,因此它会被Sysmon...值得一提的是,钩子将使用命名管道来更新过滤器,命名的管道名为EvtMuteHook_Rule_Pipe。 项目地址 EvtMute:点击底部【阅读原文】获取

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    ASP.NET Core 使用UrlFirewall对请求进行过滤

    前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的对http请求进行过滤的中间件,可使用在webapi或者网关(比如Ocelot),由我本人编写,并且开源在github:https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件,可以和网关(Ocelot)搭配,实现屏蔽外网访问内部接口,只让内部接口之间相互通讯,而不暴露到外部。...三.使用 1.从Nuget添加组件到你的ASP.NET Core项目 Install-Package UrlFirewall.AspNetCore 2.配置DI public void ConfigureServices...env.IsDevelopment()) { app.UseDeveloperExceptionPage(); } app.UseMvc(); } 4.配置规则 根据步骤2,使用的...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑,或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证;你可以实现IUrlFirewallValidator接口,然后调用AddUrlFirewallValidator

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    使用trim_galore对NGS数据进行质量过滤

    cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤,FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布,trim_galore将这两个软件封装到一起,使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基,本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到,过滤掉低质量碱基后,序列的整体质量显著提高。 2....AGATCGGAAGAGC Small RNA: TGGAATTCTCGG Nextera: CTGTCTCTTATA 默认读取前一百万条序列,通过这一百万条序列判断adapter属于上述三种的哪一种,然后进行去除...其它过滤 对于所有的输入序列,以上3个步骤是肯定会执行的。除此之,trim_galore还支持一些其他的过滤措施,以满足个性化的需求。

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    在 WordPress 后台如何使用分类和标签进行过滤文章列表?

    我们知道默认情况下,WordPress 后台文章列表,可以通过分类进行过滤,那么是否可以通过标签过滤呢?甚至自定义的分类呢?...它通过多个分类或者自定义分类的叠加筛选过滤,并且叠加的方式有三种:所有都使用,至少使用一个和所有都不使用。...如上图所示: 选择了两个分类「WordPress」和「PHP」,这两个分类至少使用一个; 另外又选择两个标签「WPJAM Basic」和「WordPress 插件」,并且这两个标签选择都要使用。...」,「后台文章分类筛选过滤」和「文章列表分类多重筛选」七大功能。...文章隐藏 设置文章在列表⻚不显示,并且可以根据不同平台进行设置 Meta Data 可视化管理 WordPress Meta 数据,支持所有内置的 Meta 数据: Post Meta,Term Meta

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    SQL学习之用通配符进行数据过滤

    一、Like操作符       之前介绍的所有的操作符都是针对已知值进行过滤。不管匹配一个值还是多个值,检验大于还是小于已知值,或者检查某个范围的值,其共同点是过滤中使用的值都是已知的。...需求:现在需要检索ItemName中包含"心率"的行记录,这个时候使用简单的比较操作符肯定不行,必须使用通配符。...而使用通配符搜索模式,必须使用LIKE操作符,LIKE指示DBMS(数据库管理系统),后跟的搜索模式利用通配符匹配而不是简单的相等匹配进行比较。...在使用'%'匹配的时候,需要注意的几点: 1、%几乎可以匹配任何东西,但有个例外,这就是null。...通配符虽然好用,但是我们使用这种功能也是有代价的! (1)通配符搜索比其他的操作府搜索耗费的时间更长!

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    Mendel errors对家系分型数据进行过滤

    父母信息不正确 该个体的父母信息搞错了,所以分型结果对应不上 de novo 突变 子代发生了新突变 在分析家系遗传病相关的SNP位点时,Mendel error 通常作为SNP位点过滤的一种手段...在plink 中,在读取家系分型数据时,会通过Mendel error过滤样本和SNP位点,用法如下 plink --file mydata --me 0.05 0.1 --me参数指定的就是mendel...error 的阈值,第一个参数0.05用于过滤样本,如果某个样本中有5%以上的mendel error SNP位点,则去除该样本;第二个参数对SNP位点进行过滤,如果该SNP位点所有样本的分型结果中,...需要注意的是,只有在分析家系相关遗传病时,才会进行这个过滤。因为de novo 突变不可能与遗传病相关。

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    04-06章 过滤数据第4章 过滤数据第5章 高级数据过滤第6章 用通配符进行过滤

    在 SELECT 语句中,数据根据 WHERE 子句中指定的搜索条件进行过滤。 WHERE 子句在表名(FROM 子句)之后给出。...将值与字符串类型的列进行比较,就要限定引号。 将值与数值列进行比较,不用引号。 范围值检索 要检查某个范围的值,使用 BETWEEN 操作符。...屏幕快照 2018-05-27 10.58.20.png 第5章 高级数据过滤 5.1 组合 WHERE 子句 SQL 允许给出多个 WHERE 子句,这些子句有两种使用方式,即以 AND 子句或 OR...屏幕快照 2018-05-27 11.32.56.png 第6章 用通配符进行过滤 6.1 LIKE 操作符 通配符(wildcard)用来匹配值的一部分的特殊字符。...为在搜索子句中使用通配符,必须使用 LIKE 操作符。LIKE 指示 DBMS,后跟的搜索模式利用通配符匹配而不是简单的相等匹配进行比较。

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    第八章:用通配符进行过滤

    为了在搜索子句中使用通配符,必须使用LIKE操作符,LIKE指示MySQL,后跟的搜索模式利用通配符匹配而不是直接相等匹配进行比较。 2.百分号(%)通配符: 最常使用的通配符是百分号(%)。...找到所有的以iron开头的产品名 SELECT product_name FROM products WHERE product_name like 'iron%' 注:通配符可在搜索模式中任意位置使用...,并且可以使用多个通配符。 ...通配符使用技巧:  1.不要过度使用通配符,如果其他操作符能达到相同的目的,应该使用其他操作符。 ...2.如果必须使用通配符,除非有必要,否则不要把通配符放到搜索模式的开始处,放到开始处,搜索起来最慢。  3.仔细注意通配符的位置,如果放错地方,可能会返回不想要的数据。

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    Python SSTI利用jinja过滤器进行Bypass

    __globals__['os'].popen("ls").read()}} 如果还过滤了关键字,例如过滤了class,可以利用其进行字符拼接 如:{{''....__class__}}和{{''|attr('__cla''ss__')}}是等价的 利用更多过滤器构造字符 在 Flask jinja 中,内置有很多过滤器可以使用。...变量可以通过过滤器进行修改,过滤器与变量之间用管道符号(|)隔开,括号中可以有可选参数,也可以没有参数,过滤器函数可以带括号也可以不带括号。...可以使用管道符号(|)连接多个过滤器, 多个过滤器可以链式调用,前一个过滤器的输出会被作为 后一个过滤器的输入。...,需要url编码为%2b使用,或者使用abs过滤器进行取绝对值 过滤器 dict()|join 字符拼接 {% set org=dict(po=a,p=a)|join%}{{org}} # pop

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