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数据挖掘—疾病靶点获取、批量读取差异基因以及Reduce函数的使用

数据挖掘—疾病靶点获取、批量读取差异基因以及Reduce函数的使用1 疾病靶点获取数据库分析脓毒症肺损伤的疾病靶点,获取疾病相关靶点,除了从genecard、omim、disgnet等疾病数据库中搜索,...这里记录下在GEO数据库中获取靶点的相关操作。一般找到合适的数据集后,我们可以拿到基因表达矩阵,做常规的差异基因表达分析,然后把差异基因作为疾病靶点。...acc=GSE237861),进行并集操作(为了后续研究拿到足够多的基因,这里取了并集),这里我也疑惑作者单个样本是怎么获取差异基因的。...2 批量读取差异基因上述单个文件如下图所示需要对这些文件每个做一下操作,把满足logFC>1或logFC获取每个病人关于肺的差异基因tmp1 =...3 Reduce函数的使用现在想把gene_list中的每个元素中的基因拿出来,做一个并集的操作,可以直接使用Reduce函数# 计算所有 sepsis 列表的并集gene_intersection <

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用 Lag-Llama 进行时间序列预测实战

通过添加“Lag”作为前缀,该模型使用时间序列的滞后项作为协变量,以捕获时间依赖性,而不假设线性或平稳性。 时间序列数据和语言数据之间显然存在差异。...输入 - 滞后协变量和日期特征 Lag-Llama 的架构 概率预测 零点学习和少点学习 使用 Lag-Llama 预测沃尔玛每周商店销售额 评估 - 连续排序概率得分 (CRPS) Lag-Llama...与此相反,FSL假设模型可以从目标领域或任务中获取少量标注数据。...CRPS范围从0到正无穷大,当预测的累积分布函数(CDF)与观测结果完全吻合时,CRPS为0,我们希望CRPS越低越好。...如果 x≥y ,它的值为 1.0,否则为 0。它定义了每个预测概率是否超过观察结果。海维塞德阶跃函数简单来说就是 公式中的整合意味着评分考虑了整个潜在结果范围及其相关概率。

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    python3用ARIMA模型进行时间序列预测

    一种模型,它使用观察值和一些滞后观察值之间的依赖关系。 I:  综合。为了使时间序列平稳,使用原始观测值的差异(例如,从上一个时间步长的观测值中减去观测值)。 MA:  移动平均。...下面是使用自定义函数解析日期时间字段的加载销售数据集的示例。数据集以任意年份为基准,在这种情况下为1900。...首先,我们拟合ARIMA(5,1,0)模型。这会将自回归的滞后值设置为5,使用1的差分阶数使时间序列平稳,并使用0的移动平均模型。 拟合模型时,会提供许多有关线性回归模型拟合的调试信息。...或者,我们可以通过使用Forecast()  函数避免使用所有这些规范,该  函数使用模型执行一步式预测。...此过程使用时间序列分析和诊断来发现ARIMA模型的良好参数。 总而言之,此过程的步骤如下: 模型识别。使用图和汇总统计信息来识别趋势,季节性和自回归元素,以了解差异量和所需滞后的大小。 参数估计。

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    R语言中ARMA,ARIMA(Box-Jenkins),SARIMA和ARIMAX模型用于预测时间序列数据

    例如,后轴运算符可用于计算的时间序列值的滞后差异ÿy经由yi−Bk(yi),∀i∈k+1,…,tyi−Bk(yi),∀i∈k+1,…,t其中kk表示的差异滞后。...对于k=1k=1,我们获得普通的成对差异,而对于k=2k=2我们获得相对于前任先前的成对差异。让我们考虑R中的一个例子。 使用R,我们可以使用diff函数计算滞后差异。...函数的第二个参数表示所需的滞后kk,默认设置为k=1k=1。...如果我们不需要自定义绘图,我们可以使用以下forecast函数更轻松地获取预测和相应的可视化: forecast <- forecast(A, h = 60) # 预测未来5年 plot(forecast...冰淇淋销售在夏季达到顶峰。 ? 由于季节性趋势,我们可能适合ARIMA(1,0,0)(1,0,0)模型。但是,由于我们知道温度和外生变量的收入,因此它们可以解释数据的趋势: ?

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    python3用ARIMA模型进行时间序列预测

    一种模型,它使用观察值和一些滞后观察值之间的依赖关系。 I: _综合_。为了使时间序列平稳,使用原始观测值的差异(例如,从上一个时间步长的观测值中减去观测值)。 MA: _移动平均_。...下面是使用自定义函数解析日期时间字段的加载销售数据集的示例。数据集以任意年份为基准,在这种情况下为1900。...首先,我们拟合ARIMA(5,1,0)模型。这会将自回归的滞后值设置为5,使用1的差分阶数使时间序列平稳,并使用0的移动平均模型。 拟合模型时,会提供许多有关线性回归模型拟合的调试信息。...或者,我们可以通过使用Forecast() 函数避免使用所有这些规范,该 函数使用模型执行一步式预测。...此过程使用时间序列分析和诊断来发现ARIMA模型的良好参数。 总而言之,此过程的步骤如下: 模型识别。使用图和汇总统计信息来识别趋势,季节性和自回归元素,以了解差异量和所需滞后的大小。 参数估计。

    1.7K20

    Python时间序列分析全面指南(附代码)

    如何获取平稳的时间序列? 10. 如何检验平稳性? 11. 白噪音和平稳序列的差异是什么? 12. 如何去除时间序列的线性分量? 13. 如何消除时间序列的季节性? 14....什么是自回归和偏自回归函数? 17. 如何计算偏自回归函数? 18. 滞后图 19. 如何估计时间序列的预测能力? 20. 为什么以及怎样使时间序列平滑? 21....白噪音和平稳序列的差异是什么? 如平稳序列,白噪音也不是时间的函数,它的均值和方差并不随时间变化。但是它与平稳序列的差异在于,白噪音完全随机,均值为0。 无论怎样,在白噪音当中是没有特定模式的。...什么是自相关和偏自相关函数? 自相关是序列和自己滞后量的简单相关。如果序列显著自相关,均值和序列之前的值(滞后量)可能对预测当前值有帮助。...怎样计算偏自相关函数? 怎样计算偏自相关呢? 序列滞后量(k)的偏自相关是Y的自回归方程中滞后量的系数。Y的自回归方程就是Y及其滞后量作为预测项的线性回归。

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    独家 | Python时间序列分析:一项基于案例的全面指南

    如何获取平稳的时间序列? 10. 如何检验平稳性? 11. 白噪音和平稳序列的差异是什么? 12. 如何去除时间序列的线性分量? 13. 如何消除时间序列的季节性? 14....什么是自回归和偏自回归函数? 17. 如何计算偏自回归函数? 18. 滞后图 19. 如何估计时间序列的预测能力? 20. 为什么以及怎样使时间序列平滑? 21....白噪音和平稳序列的差异是什么? 如平稳序列,白噪音也不是时间的函数,它的均值和方差并不随时间变化。但是它与平稳序列的差异在于,白噪音完全随机,均值为0。 无论怎样,在白噪音当中是没有特定模式的。...什么是自相关和偏自相关函数? 自相关是序列和自己滞后量的简单相关。如果序列显著自相关,均值和序列之前的值(滞后量)可能对预测当前值有帮助。...自相关函数 和 偏自相关函数 17. 怎样计算偏自相关函数? 怎样计算偏自相关呢? 序列滞后量(k)的偏自相关是Y的自回归方程中滞后量的系数。Y的自回归方程就是Y及其滞后量作为预测项的线性回归。

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    AI 创作日记 | 解码新零售基因,DeepSeek 树状推理机制如何颠覆传统决策逻辑

    3、响应滞后与成本高企线性流程导致调拨决策滞后于市场变化。例如,某快时尚品牌季末调拨需3天完成,而竞品通过智能系统仅需10分钟。...决策树动态生长机制主推理路径:基于历史销售数据的常规调拨模型。...self.children[branch].evaluate(context)核心差异:动态条件函数支持实时数据注入节点间形成可逆推理网络多路径结果并行计算与融合2.2 树状推理机制的基本概念树状推理机制是一种基于树结构的推理方法...结合销售预测计算动作优先级 return {'transfer_out': 0.8, 'transfer_in': 0.6, 'hold': 0.3}[action]代码解析:通过递归生成最大深度为...R: 风险系数(0-1) α+β+γ=1 动态权重根据策略调整4.3.2 多路径价值评估函数设计import numpy as npdef evaluate_path(node): """多路径价值评估函数

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    使用R语言进行时间序列(arima,指数平滑)分析

    为了对未包含在原始时间序列中的未来时间进行预测,我们在“预测”包中使用“forecast.HoltWinters()”函数。例如,纪念品销售的原始数据是从1987年1月到1993年12月。...为了绘制英语国王死亡时间的一次差异时间序列的滞后1-20的部分相关图,并获得部分自相关的值,我们使用“pacf()”函数,键入: > pacf(kingtimeseriesdiff1, lag.max=...由于在滞后1之后相关图为零,并且在滞后3之后部分相关图变为零,这意味着对于第一差异的时间序列,以下ARMA(自回归移动平均)模型是可能的: ARMA(3,0)模型,即阶数为p = 3的自回归模型,因为部分自相关图在滞后...由于ARMA(0,1)模型(p = 0,q = 1)被认为是英国国王死亡年龄的第一个差异的时间序列的最佳候选模型,那么原始的时间序列死亡年龄可以使用ARIMA(0,1,1)模型建模(p = 0,d =...)模型拟合到我们的时间序列,则意味着我们将ARMA(0,1)模型拟合到第一个差异的时间序列。

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    数势科技:解锁数据分析 Agent 的智能密码(1430)

    以某零售企业为例,不同区域、门店的销售数据统计口径繁杂,“销售额” 可能涵盖不同促销活动、支付方式下的金额,过往分析时各部门常因理解差异争执不休。...以往,品牌虽积累海量销售数据,但各门店、区域销售趋势分析滞后,新品推广凭经验 “盲打”,常造成资源浪费。引入 Agent 后,它整合线上线下订单、会员、营销活动等数据,构建全景消费画像。...calculated_results = [] for token in tokens: if token in semantic_mapping: # 这里假设已经有相应的数据获取和计算函数...,比如从数据库获取数据并计算指标值 if token == "total_sales": # 模拟从数据库获取销售数据并计算销售总额..." # 函数用于调度多个数据分析任务并获取结果 def execute_tasks(): with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor() as executor

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    Python中的ARIMA模型、SARIMA模型和SARIMAX模型对时间序列预测

    ARIMA是一类模型,可以根据自身的过去值(即自身的滞后和滞后的预测误差)“解释”给定的时间序列,因此可以使用方程式预测未来价值。...也就是说,Yt是“ Yt滞后”的函数。 同样,纯  移动平均线(仅MA)模型  是Yt仅取决于滞后预测误差的模型。 误差项是各个滞后的自回归模型的误差。...如果您的时间序列定义了季节性,那么,请使用季节性差异的SARIMA。 季节性差异与常规差异相似,但是您可以从上一季节中减去该值,而不是减去连续项。...并且总的差异'd + D'永远不会超过2。如果模型具有季节性成分,请尝试仅保留SAR或SMA项。 让我们在药物销售数据集上建立一个SARIMA模型 。...季节性差异 在应用通常的差异(滞后1)之后,季节性峰值是完整的。鉴于此,应在季节性差异后进行纠正。 让我们建立使用SARIMA模型。

    9.9K30

    干货 | 20个教程,掌握时间序列的特征分析(附代码)

    首先我们来看 panda 包里面的 read_csv() 函数,它可以将时间序列数据集(关于澳大利亚药物销售的 csv 文件)读取为 pandas 数据框。...不过,随着年份的变化,药品销售总体呈上升趋势。你可以选择使用箱型图将这一趋势进行可视化,可以方便看出每一年的变化。同样地,你也可以按月份绘制箱型图,来观察每个月的变化。...同样,在月份的箱线图中,十二月和一月的药品销售额明显更高,这是因为处于假期折扣季。 到目前为止,我们了解了通过相似性来观察时间序列的模式,接下来,如何发现这些常见模式中的差异呢?...因此,季节性的类型由时钟或日历决定: 一天中的小时 月份中的日期 星期 月份 年份 不过,如果你想对季节性做一个明确的检验,可以使用自相关函数 (ACF) 图,接下来的部分会做相关详细介绍。...药品销售滞后图 ? 太阳黑子滞后图 20、如何评估时间序列的可预测性? 一个时间序列的模式越有规律,就越容易预测。可以用近似熵来量化时间序列的规律性和波动的不可预测性。

    6.5K12

    时间序列和ARIMA模型预测拖拉机销售的制造案例研究

    步骤2:差分数据使数据在平均值上保持不变(删除趋势) 用于绘制差异系列的R代码和输出显示如下: plot(diff(data),ylab='Differenced Tractor Sales') 好的,...此外,在滞后12处的残差中存在可用的季节性分量(由滞后12处的尖峰表示)。这是有道理的,因为我们正在分析由于拖拉机销售模式而往往具有12个月季节性的月度数据。...在上述最佳拟合模型中存在滞后12的附加差分。此外,最佳拟合模型具有1阶的MA值。此外,存在具有阶数1的滞后12的季节性MA。...步骤7:使用最合适的 ARIMA模型预测销售情况 下一步是通过上述模型预测未来3年(即2015年,2016年和2017年)的拖拉机销量。以下R代码为我们完成了这项工作。...步骤8:为ACIM和PACF绘制ARIMA模型的残差 最后,让我们创建一个ACF和PACF的最佳拟合ARIMA模型残差的图,即ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]。以下是相同的R代码。

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    R语言时间序列和ARIMA模型预测拖拉机销售的制造案例研究

    第2步:差分数据使数据在平均值上保持不变(删除趋势) 用于绘制差异系列的R代码和输出显示如下: plot(diff(data),ylab='Differenced Tractor Sales') 好的,...此外,在滞后12处的残差中存在可用的季节性分量(由滞后12处的尖峰表示)。这是有道理的,因为我们正在分析由于拖拉机销售模式而往往具有12个月季节性的月度数据。...在上述最佳拟合模型中存在滞后12的附加差分。此外,最佳拟合模型具有1阶的MA值。此外,存在具有阶数1的滞后12的季节性MA。...第6步:使用最合适的 ARIMA模型预测销售情况 下一步是通过上述模型预测未来3年(即2015年,2016年和2017年)的拖拉机销量。以下R代码为我们完成了这项工作。...步骤7:为ACIM和PACF绘制ARIMA模型的残差 最后,让我们创建一个ACF和PACF的最佳拟合ARIMA模型残差的图,即ARIMA(0,1,1)(0,1,1)[12]。以下是相同的R代码。

    1.8K10

    如何使用Python超参数的网格搜索ARIMA模型

    存储预测结果; 获取并存储实际观察结果。 计算与预期值的误差。...error error = mean_squared_error(test, predictions) return error 现在我们已经知道如何评估一组ARIMA超参数,那接下来让我们来看看如何重复调用这个函数来对参数网格进行评估...我们将从洗发水销售数据集开始。 洗发水销售案例研究 洗发水销售数据集包括了3年内洗发水的月销售数量。 这些数据的单位是一个销售计数,有36个数据点。...所以我们可以使用自定义的日期分析函数加载数据和基准年(从1900年开始),如下所示: # load dataset def parser(x): return datetime.strptime...我们将尝试一套滞后值(p)和几个差异迭代(d)和残差滞后值(q)。

    6.8K51

    用Python的长短期记忆神经网络进行时间序列预测

    计算将使用均方根误差(RMSE),因为它会惩罚较大的错误,并得出与预测数据相同单位的分数,即月度洗发水销售额。...持续性预测是使用前一时间步(t-1)的观测值预测当前时间步(t)的观测值。 我们可以通过从训练数据和历史积累的历史数据中获取最后一个观测数据,并用它预测当前的时间步长来实现这一点。...下面的代码定义了一个名为timeseries_to_supervised()的辅助函数。它需要一个原始时间序列数据的NumPy数组和一个移位序列的滞后或数来创建并用作输入。...需要进行实验来观察是否包括滞后观测。 输入滞后功能。滞后观察可以被包括作为输入特征。需要实验来观察包括滞后特征是否提供任何好处,与AR(k)线性模型不同。 输入错误系列。...本教程中使用了有状态的LSTM。结果应该与无状态的LSTM配置进行比较。 统计学意义。多次重复实验协议可以被进一步扩展以包括统计学意义测试,来证明不同构型的RMSE结果之间的差异是否具有统计学意义。

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    AI 创作日记 | 实时预测与动态定价,DeepSeek 在新零售中的落地实践

    predicted_sales# 预测销售函数def predict_sales(sales_data, market_trend, seasonality): # 使用机器学习模型进行预测...调用 predict_sales 函数获取预测的销售量。返回预测的销售量。predict_sales 函数:使用机器学习模型预测未来的销售量。调用 train_model 函数训练模型。...调用模型的 predict 方法获取预测的销售量。返回预测的销售量。train_model 函数:假设的机器学习模型训练函数。...调用 calculate_optimal_price 函数获取最优价格。返回最优价格。calculate_optimal_price 函数:使用优化算法计算最优价格。...人工定价滞后:店员通常在闭店前2小时统一打折,错过销售黄金期2. 价格策略僵化:固定折扣率(如"买一送一")导致利润流失3.

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    R语言中的神经网络预测时间序列:多层感知器(MLP)和极限学习机(ELM)数据分析报告

    如果 difforder=0 不执行任何差分。对于 diff=1,执行一阶差分。同样,如果 difforder=12 执行12阶差分。如果时间序列是具有季节性周期12的季节性序列,则这是季节性差异。...如果您只想使用参数,但要对网络进行训练,则可以使用参数 retrain=TRUE。 观察两个设置之间的样本内MSE的差异。 最后,您可以使用省略号将参数直接传递给用于训练网络的 函数 ...。...要生成预测,我们使用函数forecast(),该函数 需要训练的网络对象和预测范围 h。 print(frc) plot(frc) 预测图以灰色提供了所有集合的预测。...z <- 1:(length()+24) # 我为预测增加了24个额外的观测值 z <- cbind(z) # 把它转换成一个列数 # 添加一个滞后0的回归因子,并强制它留在模型中...plot(fit4) 为了包括更多的滞后,我们扩展了 xreg.lags: difforder=0,xreg=z,xreg.lags=list(1:12) 观察到网络中未包含任何变量。

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    基于时间图神经网络多的产品需求预测:跨序列依赖性建模实战指南

    在每层后使用ReLU激活函数引入非线性;堆叠K层以捕获最多K-hop的结构信息。 优化器采用学习率为3×10^{-4}的AdamW。正则化包括对σ(Z)的L₁惩罚以剪枝弱边并强制稀疏性。...通过sigmoid函数映射到[0,1]区间的概率: 图在初始时刻是密集的,但通过添加L₁惩罚: 在梯度下降过程中将弱边推向零。效果是发现仅有少数真实交互关系(例如"SKU-7 ⟶ SKU-10")。...时间卷积处理 将更新后的30×64矩阵堆叠成形状(H, 30)并输入扩张1-D卷积核: 扩张意味着卷积核同时观察滞后0, 2, 4的时间点;堆叠扩张因子(2, 4, 8, …)使网络能够在无需深度递归的情况下捕获月度节律...多步预测的线性投影 全连接层将z映射到H = 7个标量: 由于损失函数对真实50-SKU张量进行平均,ŷ表示所有SKU的预期7天平均销售,这是许多规划师关注的聚合关键绩效指标。...) A = A * (1 - torch.eye(A.size(0))) # 移除自环 return A def l1_loss(self):

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    时序分析与预测完全指南

    预测未来是困难的 自相关 通俗地说,自相关是观测值之间的相似度,它是观测值之间时间滞后的函数。 ? 自相关示例 上面是一个自相关的例子。...这是有意义的,因为当平滑因子接近 0 时,我们接近移动平均模型。 双指数平滑 当时间序列中存在趋势时,使用双指数平滑。在这种情况下,我们使用这种技术,它只是指数平滑的两次递归使用。...这需要一个参数 q,它代表自相关图上那些滞后不显著的最大滞后。 下图中,q 为 4。 ? 自相关图示例 之后,我们添加整合顺序 I(d)。参数 d 表示使序列平稳所需的差异数。...为此,我们将使用一个辅助函数,该函数将在指定的时间窗口上运行移动平均模型,并绘制结果平滑曲线: def plot_moving_average(series, window, plot_intervals...因此,为了消除高度自相关并使过程稳定,让我们取第一个差异(代码块中的第 23 行)。我们简单地用一天的滞后时间减去时间序列,得到: ? 令人惊叹的!我们的序列现在是平稳的,可以开始建模了!

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