目前我发现想要用bsub命令指定在特定的conda虚拟环境中运行脚本有两种办法：1. 在运行目标命令前使用source命令加载虚拟环境。...例如下面要运行base环境中的spades.py命令：#BSUB -q 5220r#BSUB -n 1,48#BSUB -J spades_hq#BSUB -o spades_hq.out#BSUB -...运行spades.py 使用bsub...使用conda run命令指定目标环境，但此方法仍在开发中，使用需谨慎。...要实现同上的效果，如下：#BSUB -q 722080tiib#BSUB -n 1,48#BSUB -J spades_clean#BSUB -o spades_clean.out#BSUB -e spades_clean.errconda
-n rna创建名为rna的conda小环境-n： 指定环境名称conda activate rna启动rna这个conda小环境conda deactivate退出rna这个conda小环境安装软件需要在特定小环境中安装软件...命令 可以对文件的属性加权限脚本编程变量：环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号• 环境变量：用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量• 状态变量：...脚本：为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都会以 .sh 为后缀名其他脚本：在Linux中使用其他编程语言，需要在 shebang(释伴) 中定义解释器，Python 是 python/python2.../python3， R 语言是 Rscript，用 which 命令找到解释器位置shebang扩展：如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异?...shebang的通用写法:• #!/usr/bin/env bash• #!/usr/bin/env python• #!
/usr/bin/env python 背景 在 Linux 和 macOS 等类 Unix 系统中，命令行运行脚本时需声明该脚本使用哪种解释器。首行的 “shebang” 用于此目的。...为 shebang，后跟解释器路径，一般放在文件首行。 • /usr/bin/env 用于按当前环境 PATH 查找并调用指定解释器。...• “python” 告诉系统用 Python 解释此脚本，无需关心具体安装路径。 • 这种写法适配不同环境、虚拟环境、conda、pyenv 等，增强跨平台兼容性。 示例 #!.../usr/bin/python，假定解释器在此目录，但不同系统、环境下路径不固定。 推荐写法 • 建议使用 #!.../usr/bin/env python3 明确指定 python3，避免 python2/3 混淆。例如： #!/usr/bin/env python3 • 避免硬编码绝对路径，增强脚本适用性。
shell脚本编程——使用LinuxLinux系统环境文件系统结构一切皆文件。...#axel：多线程下载工具，也需要用conda进行安装ps -efjobs #只在命令运行的当前窗口起效变量环境变量、位置参数变量、状态变量、自定义变量，调用时须在变量前加$环境变量用于储存有关shell...是Linux的Shebang符号，指定解释器其它脚本：在Linux中使用其他编程语言，需要在shebang中定义解释器。...Python是python/python2/python3，R语言是Rscript，可用which命令找到解释器位置Shebang扩展如何解决不同平台或不同设备下的差异shebang的通用写法：#!.../usr/bin/env Rscript##env的位置相对固定，使用env去调用当前环境下的解释器shell脚本修改文件权限后可直接通过路径调用（充当command）保存运行日志bash test.sh
vim编辑器 复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片 shebang扩展:如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异...shebang的通用写法: • #!/usr/bin/env bash #用env调用 • #!/usr/bin/env python • #!...(base) Mar402 20:35:23 ~ $ conda activate R4 (R4) Mar402 20:35:44 ~ #在不同的环境下 Rscript不一样 $ which Rscript...，是因为conda已经将PATH改了 想把脚本当成命令使用 （满足三个条件） (R4) Mar402 21:01:29 ~ $ vim file1.sh #条件1 存在这个文件 (R4) Mar402...2>&1 保存输出脚本输出（log）实例 pic4 建议第四种 第四种对的运行和错的运行都保存了，而且有上下文 图片 任务提交（重点）pic5 图片 图片 其他编程课看ppt 超牛学习链接 https
也有看法认为，shebang名字中的sh来自于默认shell————Bourne shell的名称，sh，因为常常使用shebang调用之。...它们只认shebang，不认识的时候会被默认当成shell脚本。举例，下面的python代码如果没有加shebang： print('hello world') 普通执行： $ ....从上面的写法中可以看到，都指定了bash或者sh的路径，但是不同的系统中，它们的路径可能不一样，而为了移植性考虑，建议选择第一种写法，它使用的是环境变量中配置的bash路径，而不是像其他写法那样，属于写死的路径...这一点用于Python或者其他脚本语言也是成立的： #!.../usr/bin/env python3 print("hello 公众号编程珠玑") 总结 对于脚本类程序，shebang是必要的，因为它告诉系统应该如何来解释运行程序，当然你也可以运行时指定，但总归不是万全之策
#查看家目录的总结，~可以被其他文件夹名代替top #查看系统进程和任务，按q或者ctrl+C退出htop #可以达到相同的效果，但是需要用conda安装htop -u #可以只看某一个用户名的使用情况内容二...$aecho "This is a $a"#This is a gene单引号：变量不会被解释双引号：变量会被解释2.环境变量3.状态变量用于记录命令的运行结果，常用的是$?...脚本首行的 #!...符号是Linux的Shebang符号，指定解释器，一般用bash#!.../bin/bash但作为文件而言，有没有这一行不影响脚本的使用但当做命令来用在Linux在使用其他编程语言，需要在shebang中定义解释器，Python是python、python2、python3，
更标准的情况，在shell脚本的第一行写上 #!/bin/bash。脚本首行的 #！ 是Linux的shebang符号，指定解释器。...（2）其他脚本：在Linux中使用其他编程语言，需要在 shebang(释伴) 中定义解释器，Python 是 python/python2/python3， R 语言是 Rscript，用 which...shebang扩展：如何解决不同的平台或者不同的设备下的差异?shebang的通用写法: #!/usr/bin/env bash #!/usr/bin/env python #!.../usr/bin/env Rscriptenv的位置相对固定, 让env去调用当前环境下的编译器。...，单独使用是挂在当前窗口的后台。
可以使用conda的虚拟环境 #创建虚拟环境 conda create -n aotu python=3.6 #激活虚拟环境 conda activate aotu # 安装必要的依赖 pip...各种路径错误导致的问题 很多人在拼接路径的时候喜欢使用+来拼接路径字符串，这会导致在打包后出现各种资源无法访问的错误，且不好排查，建议多使用os.path的各种方法来处理路径。.../input文件夹，那就要放在跟input平级的文件夹上 5.3 windows打包会将所有之前的依赖统统整上 windows建议使用新建虚拟环境进行打包，新建的envs中只install你的python...笔者做了测试，使用你本来的虚拟环境会把原来的包都打在一块，有300M左右，而新建的envs打包只有50M；Linux系统可以随意安装python库，封装的时候会按照python导入的包去封装，不会将环境内所有...-D *.spec 5.6 模块找不到的问题解决办法 参考：使用pyinstaller将python程序打包成exe执行文件时遇到模块找不到的问题 解决办法是：打包时加入你自编模块(或第三方模块所在文件夹路径
、电话、QQ、邮件 如果查询到指定的名片，用户可以选择 修改 或者 删除 名片 步骤 框架搭建 新增名片 显示所有名片 查询名片 查询成功后修改、删除名片 让 Python 程序能够直接运行 01....针对 列表 判断，避免使用 or 拼接复杂的逻辑条件 没有使用 int 转换用户输入，可以避免 一旦用户输入的不是数字，导致程序运行出错 pass pass 就是一个空语句，不做任何事情，一般用做占位语句...这个符号叫做 Shebang 或者 Sha-bang Shebang 通常在 Unix 系统脚本的中 第一行开头 使用 指明 执行这个脚本文件 的 解释程序 使用 Shebang 的步骤 使用 which...查询 python3 解释器所在路径 $ which python3 修改要运行的 主 python 文件，在第一行增加以下内容 #!.../usr/bin/python3 修改 主 python 文件 的文件权限，增加执行权限 $ chmod +x cards_main.py 在需要时执行程序即可 ./cards_main.py
它的作用是指定将要执行的脚本的解释器，也就是说它规定了接下来的所有代码要由谁来解释。例如，#!/bin/sh 的意思就是用sh shell来执行这个脚本。.../usr/bin/env python中所示，python在这里是env的参数，env在环境变量中寻找名叫python的程序，然后用它来执行某个第一行写了这段代码的程序。另外，"#!"...类似于Shebang，这段代码前面虽然有注释符号"#"，但是却有着特定的功能。它的作用是声明所在的Python文件使用哪种编码方式。...要写在第一行，编码声明也规定要写在第一行（当第一行没有Shebang 时）或第二行。...· 以上规定来自于PEP（Python Enhancement Proposals），PEP 是由Python 社区提议和维护的，可以看作是Python 的编码规范。
.NET 10 Preview 5 带来的C# 文件脚本化运行，在 Linux/Unix 系统中通过 #!.../usr/bin/dotnet run 支持 Shebang（Hashbang） 的详细说明： ⚙️ 一、Shebang 的原理与作用 基本定义 Shebang（又称 Hashbang）是脚本文件开头的特殊标记...作用：告知操作系统使用指定程序执行脚本，无需显式调用解释器。 示例： #!...; 运行机制 当直接执行脚本（如 ./hello.cs）时，系统读取首行 Shebang，调用 /usr/bin/dotnet run 解释文件内容。...二、在 C# 中使用 Shebang 的方法（.NET 10 支持） 步骤详解 添加 Shebang 声明 在 C# 文件首行写入： #!
当一个脚本文件的第一行包含了shebang，操作系统在执行该文件时会将该路径后的所有参数传递给指定的解释器，让它来解释执行该脚本。...当系统运行一个脚本时，首先会检查脚本的shebang行，然后找到指定的解释器，并把脚本传递给它执行。如果shebang行不存在或格式不正确，系统会将脚本视为普通文本文件，并无法执行脚本。...常见的解释器包括Bash shell、Python、Perl等，可以使用对应的路径来指定解释器。例如，#!/usr/bin/python 表示使用Python解释器来执行脚本。...fi以上是Shell脚本的基础知识，掌握了这些知识可以编写简单的脚本来自动化执行任务，进一步学习可以掌握Shell脚本的高级用法，例如正则表达式、管道、重定向、进程控制等。2....在shell脚本中，可以使用$VAR的形式来访问环境变量。例如：#!
这基本上用脚本的编写语言来注释脚本，因此您不必自己了解或记住。 所以：这不是必须的，但这是一个很好的技巧。 您也可以始终通过指定或来强制脚本以特定语言运行。...您可以通过重新运行上面的脚本而不删除目录来观察此行为rnaseq/-该mkdir命令将打印错误，因为目录仍然存在，但是每个shell脚本的一个很好的补充就是使它在第一个错误时失败。...然后，如果snakemake再次运行，您将发现它不需要执行任何操作-所有文件都是“最新的”。 添加环境 在整个研讨会中，我们一直在使用conda环境。...我们展示了您必须使用来在Bioconda课程中导出塔拉环境 conda env export -n tara -f $PROJECT/tara_conda_environment.yaml我们也可以在snakemake...规则中使用此环境！
所以推荐使用普通用户登录系统（使用$来表明这种身份，root登录时要使用#）， 然后借助sudo这类工具来运行特权命令。 使用sudo 这种形式执行命令的效果和root一样。...运行脚本的两种方式 将脚本作为bash的命令行参数 将脚本作为命令行参数时的运行方式如下（#号后面的文本是注释，不必输入到命令行中）： $ bash script.sh #假设脚本位于当前目录下 或者...$ bash /home/path/script.sh #使用script.sh的完整路径 如果将脚本作为bash的命令行参数来运行，那么就用不着脚本中的shebang了。...---- 授予脚本执行权限，将其变为可执行文件 要是有需要的话，可以利用shebang来实现脚本的独立运行。对此必须设置脚本的可执行权限，这样它就可以使用位于#!之后的解释器路径来运行了。...这组命令来自位于用户主目录中的脚本文件~/.bashrc（对于登录shell则是~/.bash_profile）。
安装 推荐使用conda创建python3环境安装 ❝conda install -c bioconda snakemake ❞ 命令与规则 组成规则 rule test: input:...rule 每个rule定义流程中的每一步，相当于一个脚本。.../07/yaml.html 执行 默认在当前目录下直接使用 ❝snakemake ❞ 运行当前目录下的snakefile ❝ -s 指定Snakefile， -n 不真正执行， -p 输出要执行的...shell命令 -r 输出每条rule执行的原因,默认FALSE -j 指定运行的核数，若不指定，则使用最大的核数 -f 重新运行第一条rule或指定的rule -F 重新运行所有的rule，不管是否已经有输出结果...rule的前后关系 流程的自动部署 在其他环境下同样使用相同的流程 全局环境 导出conda环境 conda支持到处目前环境下所有的依赖信息，导出为yaml格式 ❝ conda env export
用conda 来指定特定conda环境，用threads 来限定线程数， log 来指定输出日志。.../envs/test.yaml"， 然后rule中运行的程序会自动激活conda环境，使用环境中的程序来运行。该分析流程中， 所需的软件都能通过conda 安装，包括R包。.../scripts/make_report.Rmd" input 来确定rule make_report能在其他rule运行完后再运行, output 来指定生成的报告文件名， conda指定运行环境 params...Linux(2019更新版)》 因为大家使用时，可能遇到一些问题： 使用conda 环境时，可能遇到类似这样的错误 subprocess.CalledProcessError: Command 'conda...-4-10-3-and-snakemake-5-conda-exe-problem 使用yaml配置安装conda环境时，自动安装的依赖包可能用不了，可以更换环境或者手动重新安装 一些snakemake
1 Shell 脚本Shell 脚本是运行在 shell 环境中的脚本语言，用于自动执行重复性任务、管理系统配置、以及通过编写脚本和运行脚本来执行一系列命令。.../bin/bash，它指定了执行脚本的解释器，通常是 bash。执行脚本时，内核会读取 shebang，并使用该解释器执行脚本。...shebang 指定的 shell 执行脚本：第一种方式，使用 sh 命令：sh script_file.sh第二种方式，通过相对路径或绝对路径：首先为脚本文件添加可执行权限chmod +x script_file.sh...，为脚本提供运行时所需的参数。...set -x 类似于调试模式，先打印正在执行的命令，然后显示命令的输出结果。set -e 当出现非零退出代码时，立即退出脚本。在使用管道命令时，例如 sdfdsf | echo 'vish'。
当你使用Conda创建或管理环境时，Conda会自动安装setuptools作为一个必要的依赖项。这样可以确保在使用Conda安装其他软件包时，setuptools可用于正确构建和安装它们。...因此，当你尝试从Conda环境中移除setuptools时，Conda会阻止这个操作并显示上述的错误信息，以确保环境的稳定性。...首先，我们可以在命令行中创建一个新的Conda环境，例如命名为dl_env，并指定Python版本为3.8：shellCopy codeconda create --name dl_env python...管理和安装依赖项：setuptools 允许你指定包的依赖项，以确保依赖的软件包也能同时安装。这样可以避免在使用你的软件包时出现依赖缺失的问题。...生成和安装可执行文件：使用 setuptools，你可以将 Python 脚本转换为可执行文件，并安装到系统路径中，从而方便用户在命令行中直接运行你的程序。
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