从ggplotify包中获取as.ggplot()函数时出现奇怪的错误 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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R高级|cowplot包拼图（4）：ggdraw和draw_*

现在，我们来详细介绍一下添加图层的命令draw_*。 0、创建图片图片仍然使用第3期《R高级|cowplot包拼图（3）：overlap》中的图A和图B。...函数读取的图片 x、y、width、height、scale、hjust、vjust：前面都讲过 clip：截断，on或者off，在scale>1时起效，但很多时候不灵 interpolate：A logical...draw_image(logo, scale = 0.2, x=0.38, y=0.38) 还也可以先使用magick包中的...read_image读取图片，然后使用ggplotify包中as.ggplot命令将图片转成ggplot2图片，最后连续使用draw_plot画出 #读取本地图片 library(magick) logo...<-image_read('G:/logo.jpg') #转换为ggplot2图片 library(ggplotify) logo.ggas.ggplot(logo) #画图 ggdraw() +

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Python爬虫学习，记一次抓包获取js，从js函数中取数据的过程

大概看了下，是js加载的，而且数据在js函数中，很有意思，就分享出来给大家一起看看！...但是发现有个js的请求，点击请求，是一行js函数代码，我们将其复制到json的视图查看器中，然后格式化一下，看看结果发现里面有可能存在我们需要的内容，比如url、title、intro这3个参数，...猜测就是对应的新闻URL、标题、简介只是其内容，需要在进行处理一下，我们写到代码中看看开始写代码先导入库，因为最终需要从字符串中截取部分，所以用requests库获取请求，正则re匹配内容即可。...ps：上文所用的json查看器是第三方的网站，直接百度即可找到很多，当然也可以直接将上述抓包的内容修改，然后用json读取数据也是可以的！...基本代码没有多少，如果有看不清楚的小伙伴，可以私信我获取代码或者一起研究爬虫哦！

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Python爬虫学习，记一次抓包获取js，从js函数中取数据的过程

大概看了下，是js加载的，而且数据在js函数中，很有意思，就分享出来给大家一起看看！抓取目标 ?...但是发现有个js的请求，点击请求，是一行js函数代码，我们将其复制到json的视图查看器中，然后格式化一下，看看结果 ? ?...只是其内容，需要在进行处理一下，我们写到代码中看看开始写代码先导入库，因为最终需要从字符串中截取部分，所以用requests库获取请求，正则re匹配内容即可。然后我们先匹配出上述3项 ?...ps：上文所用的json查看器是第三方的网站，直接百度即可找到很多，当然也可以直接将上述抓包的内容修改，然后用json读取数据也是可以的！...基本代码没有多少，如果有看不清楚的小伙伴，可以私信我获取代码或者一起研究爬虫哦！

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转录组-样品表达总体分布及质控可视化

转录组-样品表达总体分布及质控可视化在拿到表达矩阵时我们常常会对其基因表达的总体分布（可选），以及质量控制进行可视化（必须）。这里总结记录相关代码。...sample_density.png",width = 800, height = 700, res=150)print(p3)dev.off()2 质量控制对表达矩阵质量控制可视化是转录组标准分析流程中必备的一步...log2(edgeR::cpm(symbol_matrix)+1)pro = 'test'2.1 单独的基因可视化这里可挑选感兴趣的基因进行可视化，这里的target_gene以表达矩阵中的第一个基因为例...bp=function(g){ #定义一个函数g，函数为{}里的内容 library(ggpubr) df=data.frame(expression = g,group = group_list...图exp=t(dat)#画PCA图时要求是行名时样本名，列名时探针名，因此此时需要转换exp=as.data.frame(exp)#将matrix转换为data.frame library("FactoMineR

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曾老板给的双胞胎数据集之谜

：简单探索一下这个数据，看下表型： ## 加载R包 library(AnnoProbe) library(GEOquery) library(ggplot2) library(ggstatsplot)...(limma) library(tidyverse) getOption('timeout') options(timeout=10000) options(scipen = 1000) ## 1.获取并且检查表达量矩阵...下载下面这两个文件，使用RMA标准化得到表达矩阵： GSE68468_RAW.tar GSE41258_RAW.tar 新线索：我发现这两个数据具有同一个奇怪的编号： GSE41258的： GSE68468...T)[,1] %in% plotid, ] p <- pheatmap(cor_sub, annotation_col = anno, display_numbers = T) library(ggplotify...) p as.ggplot(p) p 结果如下：根据这张图，我们基本上已经可以下结论，GSE41258 和 GSE68468就是同一个数据集！

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多个数据集的整合分析

，然后用RMA函数获取表达矩阵，分别对三个数据集进行了差异分析，然后对差异分析取交集作了后续的分析。...(timeout = 999999999) library(affy) library(GEOquery) library(oligo) getwd() if (F) { # 1.数据解压到新建的文件夹中.../Rawdata/GSE15471_RAW.tar", exdir = samPath)##解压原始文件到sampath文件夹中 setwd(samPath) list.files()##显示文件夹中的文件...) library(ggplotify) ##差异基因门槛： logFC_t=1 P.Value_t = 0.001 # gselist <- c("GSE15471", "GSE28735","GSE62452...col = col_fun, row_names_gp = gpar(fontsize=4), rect_gp = gpar(col = "white", lwd = 2) );p p1 as.ggplot

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ggplot2热图扩展包（ggalign）的细节

前面我们在人工智能大模型不会告诉你的热图绘制技巧演示了如何使用ggplot2热图扩展包（ggalign），可以快速替代之前的 pheatmap：比如我们可以先去geo数据库里面下载 GSE104171...) cowplot::plot_grid(as.ggplot(p1) , as.ggplot(p3), ncol=2) 可以看到，比较麻烦的把样品分成了两组：如果是ggalign就一句话： library...使用以下自定义布局： align_group()：将布局轴分组到具有组变量的面板中。 align_kmeans()：通过 kmeans 将布局轴分组到面板中。...原始矩阵的行和列名（仅在名称存在时出现） .row_index 和 .column_index: 原始矩阵的行和列索引。...除了ggplot2元件外，我们还可以在注释中添加任何align_*()函数，align_*()函数可以添加图表，也可以自定义布局，例如排序，聚类，分组等。

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GEO数据库挖掘

衡量每个通路中的基因在差异基因中是否足够多symbol是常说的基因名；entrezid 富集分析指定用，两者并非一一对应，损失/增加部分基因属于正常。...运行一个就行}else if(T){ # 第三种方法，使用字符串处理的函数获取分组 Group=ifelse(str_detect(pd$source_name_ch1,"control"),...A3：如果使用ggplot2画出来的图，可以加载patchwork包，如果是其他，可以使用plot_grid（）函数，具体如下3.3.1....，学好R语言慢慢发掘~4、问题数据和常见错误分析数据提交者的错：1.表达矩阵是空的；2.表达矩阵不完整；3.表达矩阵被标准化过；4.表达矩阵游错误或异常值自己的错误：1.用芯片流程分析转录组数据；2.忘记...log或多余log；3.分组错误；4.探针注释错误；5.id转换用错物种不可抗力：找不到探针注释；数据有错又找不到原始数据；找不到想要的实验设计

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生信技能树GEO数据挖掘直播配套笔记

("control",times=9)) Group = rep(c("RA","control"),times = c(13,9)) }else if(T){ # 第三种方法，使用字符串出理的函数获取分组...A：（1）PCA：加载FactoMineR和factoextra包，使用PCA（）和 fviz_pca_ind（）函数；数据：需要对exp矩阵进行t转换，将行名设置为样本名，列名设置为基因名，并转换成数据框的形式...需要加载ggplot2包 Q2：如何画基因的相关性图？...A3：如果使用ggplot2画出来的图，可以加载patchwork包，如果是其他，可以使用plot_grid（）函数，具体如下 rm(list = ls()) load(file = "step1output.Rdata...) volcano_plot +as.ggplot(heatmap_plot) # f as.ggplot(heatmap_plot) # ggsave(f,filename

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TwoSampleMR：孟德尔分析（二）

又是代码跟练哦~ 示例一：以BMI和冠心病为例加载包 library(TwoSampleMR) library(ggplot2) 获取暴露和结局数据 bmi_exp_dat <- extract_instruments...harmonise dat <- harmonise_data(bmi_exp_dat, chd_out_dat) 孟德尔随机化一旦暴露和结果数据被harmonised之后，我们就有了暴露和结果性状中每个工具...mr_meta_fixed") 系数比率法 res_single <- mr_singlesnp(dat, all_method = "mr_two_sample_ml") mr_singlesnp()函数也使用所有可用的...xlim = c(0, 4), ticks_at = c(0.5, 1, 2, 3), footnote = "") p1 ##样子还不错啊保存图片： require(ggplotify...) p2 as.ggplot(p2) class(p2) ggsave(p2,file="forest.pdf",width = 10,height = 10) 示例三：一个暴露对应多个结局

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R语言实现流式细胞数据分析

读取数据及可视化首先我们看下flowCore包中的读取数据的函数read.FCS和read.flowSet： ? ?...parameters(X)$name###获取X中的变量 keyword(X) ###获取文件的关键信息 ?...(p1), as.ggplot(p2),ncol = 2) ?...质量控制我们主要是看下flowClean中clean函数进行对flowdata类型的数据进行质量控制并获得质控之后的数据，当然这个函数有一个缺点，那就是细胞数必须大于30000，不然没法进行质控： ?...我们看下flowCore包中的数据的标准化需要用到函数transfom，我们直接看一个对数转换的实例： fs <-read.flowSet(path=system.file("extdata", "compdata

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如何进行批量差异分析并绘制其火山图及拼图

重点强调，SC与SN代表「两个部位」哈，文中展示的图也是按照两个部位分为上半部分（SC部位4组4副图）与下半部分（SN组4组4副图）正式分析 1.清空环境，加载R包 rm(list = ls())...7 17 ## Narf 927 761 3.自定义针对单样本的差异分析函数...]] ## ## down normal up ## 453 17236 39 ## ## [[4]][[4]] ## NULL 5.自定义差异分析结果绘制火山图的函数...，12副图的结果同样在下面的代码中以拼图的形式展现 C=C5 library(cowplot) b=plot_grid(plotlist = c(C[[1]],C[[2]],C[[3]],C[[4...12副火山图的拼图其实有点大，如果不清楚的话，自身探究时可以将图片保存大些即可。

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生信数据分析可靠与否是一个伪命题

数据分析有错是基本上不可能的，基本上都是新手才会翻车，比如表达量矩阵的格式，是否取多次log会影响变化倍数这个指标，以及上下调弄反的，而且这些错误很容易检验，不存在实验室和地理位置特异性。...比如前两天我们的马拉松授课交流群就有学员提到了他在复现一个中山大学的昼夜节律相关数据挖掘文章的时候出现了源头的背景知识冲突。...如果大家根本就不是从同一个基因列表开始，那凭什么保证这些数据挖掘文章的可靠性和合理性呢？...还有 RcisTarget包里面的motifAnnotations_hgnc数据，也有自己的转录因子基因合辑。...3.此外细胞确实相对频繁地切换其功能，淋巴结中的T细胞可以“激活”以对抗感染，我们可以称这种瞬态细胞状态为新的“细胞类型”吗？

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手把手教你学会风险因子关联图绘制

各位科研芝士的小伙伴，今天教大家绘制一个生信文章里经常出现的图---风险因子关联图： ? 看到这张图是不是眼前一亮的感觉，觉得你的预后类型文章就差这一张图了呢？...01 欲画此图，必装其包, 安装所加载的包，直接install和library即可 ?...接着采用ggplot2绘制，绘制的代码如下，可以看到我们在设置形状时为geom_point： ? 产生的图形如下： ?...06 组合骚操作接着我们需要将这三张图拼成一列，我们接着cowplot工具包中的plot_grid 函数来实现.由于pheatmap绘制出的p1对象不是ggplot2格式对象，因此我们需要借助ggplotify...包进行转换成ggplot，代码如下： ?

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初探mRNA、lncRNA联合分析之下游

那么转录本表达量差异分析和我们常见的基因有什么区别呢？ ... 这篇文章虽然作者用的不是stringtie但其从同一数据集获得的差异表达结果中转录本确实更少 ......，列名时探针名，因此此时需要转换 exp=as.data.frame(exp)#将matrix转换为data.frame library("FactoMineR")#画主成分分析图需要加载这两个包...) p1 % as.ggplot() p2 % as.ggplot...100的边自动被过滤掉，颜色为红色 abline(h=100,col="red") dev.off() } # 可看出拐点大致在power为16时出现，且各项数值基本满足挑选标准，因此设定power...# 在这里，使用dim(textMatrix)函数来设置textMatrix的维度， # 其行数和列数与模块与表型相关性的矩阵相同，以确保文本正确地添加到每个网格中。

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8种方法可视化你的单细胞基因集打分

这个过程中，我们需要考虑不同分组中样本构成的影响； GSVA：首先需要对所有样本中每个基因进行累积分布密度函数的核估计。...同样的，这个过程容易受样本构成的影响； AddModuleScore：Seurat包中的AddModuleScore函数，需要先计算基因集中所有基因的平均值，再根据平均值把表达矩阵切割成若干份，然后从切割后的每一份中随机抽取对照基因...2.构建基因集：为了方便用户获取MSigDB数据库中预先定义好的基因集，我们内置了MSigDB包进行基因集的获取。同时，我们也支持多个物种的基因集获取，以及多种基因格式的表达矩阵的输入。...最后，为了方便用户将可视化结果与其他的ggplot2对象进行拼图操作，我们也通过ggplotify包把输出结果转换为ggplot2对象。...加载R包这一步出错的话，要看一下前面的包有没有装好 library(UCell) library(irGSEA) 4.计算富集分数当你的ncore设置大于1的时候，发生下面的错误：Error (Valid

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JavaScript进阶-01

尽可能少的声明全局变量，防止全局变量被污染 JavaScript 中的作用域是程序被执行时的底层机制，了解这一机制有助于规范代码书写习惯，避免因作用域导致的语法错误。...相同作用域链中按着从小到大的规则查找变量子作用域能够访问父作用域，父级作用域无法访问子级作用域 1.4 闭包闭包是一种比较特殊和函数，使用闭包能够访问函数作用域中的变量。...从代码形式上看闭包是一个做为返回值的函数，如下代码所示： function foo() { let i = 0; // 函数内部分函数 function...foo(); fn(); // 1 总结：闭包本质仍是函数，只不是从函数内部返回的闭包能够创建外部可访问的隔离作用域，避免全局变量污染过度使用闭包可能造成内存泄漏注...声明的变量不存在变量提升，推荐使用 let 变量提升出现在相同作用域当中实际开发中推荐先声明再访问变量注：关于变量提升的原理分析会涉及较为复杂的词法分析等知识，而开发中使用 let 可以轻松规避变量的提升

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差异分析不是这样做的……

毕竟，log2FC中的FC即 fold change，表示两个样本/组间表达量的比值，对其取以2为底的对数之后才是log2FC。...举几个例子：基因A 在肿瘤和正常组织中的表达量分别为2和4，那么比值为2，即FC=2，此时log2FC=1；基因B 在肿瘤和正常组织中的表达量均为2，此时比值为1，即FC=1，此时log2FC=0；...exprs(eSet1[[1]]) exp1[1:4,1:4] range(exp1) # [1] 0.01 1208.00 exp1 <- log2(exp1+1) range(exp1) 有点惊讶这样的错误编辑竟然没有发现...，而且还大大方方地出现在文章正文中，哪怕作为补充材料出现都值得质疑吧？...~ PS：我们并不是为了针对文章作者，而是仅就文章中的问题作出合理的质疑。当然，我们的观点可能并不正确，希望大家从学术讨论的角度出发 peace & love

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了解 Swift 的 Result 类型

如果您还记得的话，我说完成闭包将把data或error设置为一个值——不能两者皆有，也不能两者都没有，因为这两种情况不会一起出现。...取而代之的是，我们需要使我们的方法接受两个参数：一个用于要获取的URL，另一个是将用值调用的完成闭包。这意味着该方法本身不返回任何内容。它的数据通过完成关闭传递回去，将来会在某个时候调用。...这里有一个很小的复杂性，尽管我之前已经简短地提到了它，但它变得很重要。当我们将闭包传递给函数时，Swift需要知道是立即使用它还是以后使用它。如果立即使用默认值——那么Swift很乐意运行闭包。...如果我们从请求中返回错误，我们将调用 completion(.failure(.requestFailed))。...如果我们以某种方式无法获取数据或出现错误，则我们将调用 completion(.failure(.unknown))。唯一的新事物是如何将Data实例转换为字符串。

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JavaScript 开发中常见错误解决小总结

，这对我们来说无疑是一种挫折，在不知如何着手解决错误的时，只能反覆地检查自己的代码，看看是不是有什么奇怪的地方，有时就算停在了错误地方也往往不知是什么意思，会因此花费大量的时间。...❝注意：JavaScript 是属于同步的编程语言，如果出现错误就会造成后面的代码无法运行，当红字没有解决时，都有可能造成接下来的代码行错误或是无法继续运行。...); 语法解析错误：未预期的结束，这个例子中缺少结尾的大括号 }，在编写代码时尽可能的维持正确的锁紧，将代码排列整齐之后更容易找到错误。...还有另一种很常见的情况，当引用外部包时出现 “包名 + is not defined”，这种情况通常是外部资源没有被正确载入，应该确保该资源被正确的引入。...这类错误也很常见，却不容易找到出错的原因，其主要原因是在递归时超过了环境的限制（使用框架时也很常见），如果遇到这错误建议改写当前调用函数的方式。

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