从ggplot上的data.frame排序 - 腾讯云开发者社区

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ggplot2饼图和图注顺序不一致如何解决

不知道大家用ggplot2绘制饼图的时候有没有遇到过饼图上展示的顺序和图注上展示的顺序不一致的情况。今天小编就来跟大家一起来探讨一下这个问题。...问题其实出在name的levels上，饼图默认会根据name的levels来按逆时针绘制。我们从堆积柱形图上可以发现，程序会默认按字母顺序来对name进行排序，这也是因子levels的默认排序方法。...所以这样得到的饼图的顺序实际上是apple，banana，cherry......而图注的顺序跟name本身的顺序一致为apple，pear，orange.........修改图注中的顺序，使其跟原来name的levels的顺序一致 library(dplyr) data=data.frame(name=c("apple","pear","orange","banana...按所占百分比排序之后再绘制饼图的代码如下

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ATACseq 数据分析全流程实战（三）：课后习题

@download/ENCFF053CGD.bam 当然我们也可以用前面的数据进行分析：ATACseq_50k_Rep2 sample GEO - GSM1155958 ATAC-seq预处理 1.从read1...进行排序并构建索引这个在前面已经做过了，比较简单： # 提取参考基因组fa library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) mainChromosomes <- paste0...output_file = outBAM, nthreads=64,type=1, unique=TRUE,maxFragLength = 2000) # 对bam进行排序并构建索引...Rsamtools) sortBam(outBAM,"Sorted_TcellReg_ATAC") indexBam("Sorted_TcellReg_ATAC.bam") 4.使用bam文件，提取10号染色体上的...fragment，并用ggplot2绘制其长度分布 library(Rsamtools) library(ggplot2) # bam构建索引，可跳过 indexBam("Sorted_TcellReg_ATAC.bam

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《数据结构——排序（上）》从扑克牌到分治法：插入排序与希尔排序的深度剖析

排序算法系列上篇：本文将带大家从最基础的插入排序开始，逐步深入到希尔排序，通过扑克牌整理的直观类比，结合真实代码实现和调试经验，彻底掌握这两种排序算法的核心思想与工程应用。...直接插入排序：扑克牌整理的艺术 2.1 基本思想直接插入排序就像我们整理扑克牌的过程：假设左手已经拿了一部分有序的牌，右手从牌堆中取出一张新牌，然后从右向左依次比较，找到合适的位置插入，使得左手的牌始终保持有序...具体步骤：从第一个元素开始，该元素可以认为已经被排序取出下一个元素，在已经排序的元素序列中从后向前扫描如果该元素（已排序）大于新元素，将该元素移到下一位置重复步骤3，直到找到已排序的元素小于或者等于新元素的位置...tmp = a[end + 1]; // 待插入的元素 // 从后向前比较，找到插入位置 while (end >= 0) {...近乎有序的数据：当数组大部分已经有序时，效率接近O(N) 在线排序：数据是逐步到达的，需要动态维护有序性 2.5 小提醒：边界条件的陷阱上数据结构课时，我第一次实现插入排序遇到了一个经典bug。

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pandas按照指定的列排序、paste命令指定分隔符、ggplot2添加拟合曲线

pandas 按照指定的列排序 aa = {'AA':[1,2,3],"BB":[4,5,6],"CC":['A_3','A_1',"A_2"]} df = pd.DataFrame(aa) df.sort_values...1就按每行算，如果是二就用每列算 ggplot2添加拟合曲线使用geom_smooth()函数添加二次方程的拟合曲线 library(ggplot2) x<-seq(-2,2,by=0.05) y<...-x^2 dfdata.frame(a=x,b=y) help(package="ggplot2") ggplot(df,aes(x=a,y=b))+ geom_point()+ geom_smooth...0.05) y1<-x1^2 df1data.frame(a=x1,b=y1) ggplot(df,aes(x=a,y=b))+ geom_point()+ geom_line(data=df1...(x=x,y=y) x1<-seq(-5,25,by=0.5) y1<- 0.2*exp(0.079*x1)+0.05 df1data.frame(x=x1,y=y1) ggplot(df,aes

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「R」绘制分组排序点图

使用如果读者仅仅想使用，请从 Gitee 上安装 sigminer 包，或者拷贝本文最后的函数： remotes::install_git("https://gitee.com/ShixiangWang...下面是一个使用示例，通过构建一个示例数据进行绘图，展示如何传入分组变量和值变量、分组标签位置、排序以及点的透明度等： set.seed(1234) data data.frame( yval...图中的红色线段代表数据的中位数。也就是从图中我们可以看到每个具体排序后的样本值，以及整体的分布情况。...使用 ggplot2 实现这个图我遇到了不少难点，在实现的过程中除了深入理解了 ggplot2，我也同时感受到了它的灵活和限制。...难度有以下几点，感兴趣的读者不妨带着这些问题阅读源代码：怎么对点排序，构建绘图坐标？怎么对不同的 panel 展示不同的背景颜色？theme() 中的选项都不支持向量化，所以必须另辟蹊径。

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R语言ggplot2零散笔记~坐标轴放到右边更改绘图边界数据分组排序

ggplot2作图将Y轴的标签放到右边正常坐标轴都是位于左边和下边，如果要改成上边或者右边可以使用如下代码正常 library(ggplot2) dfdata.frame(x=1:10,y=1:...image.png ggplot2 title放中间 library(ggplot2) ggplot()+ geom_point(aes(x=1,y=1))+ labs(title=expression...image.png ggplot2更改绘图边界 library(ggplot2) ggplot()+ geom_point(aes(x=1,y=1))+ labs(title=expression...image.png 四个位置控制的分别是上右下左数据分组排序 > dfdata.frame(group=c("A","A","A","B","B","B"), +.../Some_data/pra.txt",header=F,sep=" ") df%>% separate_rows(V2,sep=",") 欢迎大家关注我的公众号小明的数据分析笔记本

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R绘图笔记 | 柱状图绘制

#排序方法1：基于数据框data.frame library(dplyr) data1.a<-arrange(data1,desc(gene1)) data1.a$sample data.frame(gene = rownames(data),data) data2 <- melt(data2, id.vars=c("gene")) ggplot(data2,...2.双序列图的绘制 library(reshape2) data4 data.frame(Gene = c("gene1","gene2","gene3"),...按CTRL组排序。...aes() 内部完成的，而颜色的重新设定是在 aes() 外部完成的 ggplot(data8)+ geom_rect(aes(xmin=xmin,xmax=xmax,ymin=0,ymax=Count

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R语言绘图 | 调整ggplot2坐标轴标签排列顺序

"ggplot2"是我们常用的绘图包，但是使用ggplot2绘图时，输出的坐标轴标签总是按照字母排序，无法使用我们输入文件中排列的顺序。今天小编就教大家解决这一问题。...## 生成示例数据 x <- c("B","A","D","C","E") y <- c(5,6,7,8,9) df data.frame(x = x , y = y) ## 绘制条形图 library...("ggplot2") ggplot(data=df,aes(x=x,y=y)) + geom_bar(stat="identity") ?...我们可以看到，虽然我们生成的数据是按照"B","A","D","C","E"排序的，但是ggplot2输出的图依然是按照字母进行排序的。...如图所示，X轴标签的顺序被调整过来啦！

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排序算法之从冒泡排序所想到的

最佳：O(n)，在序列一開始就是正序的时候取得 3、实现及优化。...int i, int j){ arr[i] = arr[i]^arr[j]; arr[j] = arr[i]^arr[j]; arr[i] = arr[i]^arr[j]; } /** * 冒泡排序的第一种方式.../** * 冒泡排序的另外一种方式:採用"扫描一遍以后,假如没有发生交换,即是达到了有序状态"的特点进行优化 */ void bubblesort2(int arr[],int n){ int...> arr[j+1]){ swap3(arr,j,j+1); flag = true;//用来标记这一次是否发生了交换 } } --k; } } /** * 冒泡排序的第三种方式...:在另外一种的基础上,用于处理"假如有100个数据,假如后90个都已经有序的情况" */ void bubblesort3(int arr[],int n){ int k; int flag =

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数据清洗过程中常见的排序和去重操作

数据操作中排序和去重是比较常见的数据操作，本专题对排序和去重做专门介绍，并且给出一种不常用却比较有启发意义的示例：多列无序去重目录 1 排序 1.1 sort 单列排序返回值 1.2 order...总结：order先对数值排序，然后返回排序后各数值的索引 #order相关语法 order(..., na.last = TRUE, decreasing = FALSE, method...[1] 5.0 6.5 4.0 6.5 10.0 8.0 2.0 1.0 3.0 9.0 1.4 arrage 多列排序总结：arrange是dplyr包中的排序函数，可对数据框以列的形式进行因子排序...1.5.2 比如ggplot中绘条形图使x轴按y轴数值大小排序说明：reorder函数具有对排序变量的因子化作用 > attach(mtcars) > str(reorder(gear,disp))...='')) #对逐行排序合并的结果进行去重，返回索引向量，然后（反向！）

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房上的猫：经典排序算法 - 冒泡排序Bubble sort

原理是临近的数字两两进行比较,按照从小到大或者从大到小的顺序进行交换,这样一趟过去后,最大或最小的数字被交换到了最后一位,然后再从头开始进行两两比较交换,直到倒数第二位时结束,以此类推例子为从小到大排序..., 原始待排序数组| 6 | 2 | 4 | 1 | 5 | 9 | 第一趟排序(外循环) 第一次两两比较6 > 2交换(内循环) 交换前状态| 6 | 2 | 4 | 1 | 5 | 9 | 交换后状态...| 5 | 6 | 9 | 第五次两两比较,6 < 9不交换交换前状态| 2 | 4 | 1 | 5 | 6 | 9 | 交换后状态| 2 | 4 | 1 | 5 | 6 | 9 | 第二趟排序...| 5 | 6 | 9 | 第四次两两比较,5 < 6不交换交换前状态| 2 | 1 | 4 | 5 | 6 | 9 | 交换后状态| 2 | 1 | 4 | 5 | 6 | 9 | 第三趟排序...(外循环)无交换第五趟排序(外循环)无交换排序完毕,输出最终结果1 2 4 5 6 9 动态图演示： ?

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合并和排序 Linux 上的文件

在 Linux 上合并和排序文本的方法有很多种，但如何去处理它取决于你试图做什么：你是只想将多个文件的内容放入一个文件中，还是以某种方式组织它，让它更易于使用。...在 Linux 上，一个名为 filea 的文件将排在名为 fileA 的文件的前面，但会在 file7 的后面。...合并和排序文件 Linux 提供了一些有趣的方式来对合并之前或之后的文件内容进行排序。...按字母对内容进行排序如果要对合并的文件内容进行排序，那么可以使用以下命令对整体内容进行排序： $ cat myfile.1 myfile.2 myfile.3 | sort > newfile 如果要按文件对内容进行分组...对内容进行排序有帮助，而且可能更容易管理，但只要顺序一致，就不需要这么做。总结在 Linux 上，你有很多可以合并和排序存储在单独文件中的数据的方式。这些方法可以使原本繁琐的任务变得异常简单。

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合并和排序 Linux 上的文件

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Day07 生信马拉松-数据整理中的R

, Sepal.Length) #从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length)) #从大到小排序 2.2 distinct，数据框按照某一列去重复 distinct...select() 筛选行的函数filter() 2.4.2 多重嵌套，代码不易读 pheatmap::pheatmap(head(as.matrix(select(iris,-5)),50)) # 从最里面的...中的第一列 ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失图片图片 step2 把原来的行名转变为第一列图片 step3 宽变长...：test、gene、count数均在一行上（将上图的宽数据变为长数据）图片 6.2实操代码 6.2.1 如何生成一个matrix set.seed(10086) #设置种子数使随机生成的数固定 exp...a = colnames(y) b = x$file_name k = match(a,b);k # match(a,b)的意思是a里的每个元素在b的第几个位置上。

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温故而知新，ggplot2 饼图的几点笔记

对于平面内任何一点 M，用 ρ 表示线段 OM 的长度（有时也用 r 表示），θ 表示从 Ox 到 OM 的角度，ρ 叫做点 M 的极径，θ 叫做点 M 的极角，有序数对 (ρ, θ) 就叫点 M 的极坐标...我在网络上查了一下，比较少看到关于 coord_polar() 原理的介绍，只是在 ggplot2 的 Tidyverse 上发现了几个例子。...library(ggpubr) library(ggplot2) df data.frame(name = c("A", "B", "C"), value = c(10, 50, 30)) p...# Load ggplot2 library(ggplot2) # Create Data data data.frame(group=LETTERS[1:5], value=c(13,7,9,21,2....tidyverse.org/reference/scale_brewer.html 结合图片中反向对应的关系，在 A 区块上中间位置填充上对应的文字 "Num:90"，它的坐标因该是 sum(dat

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kaggle案例重复：科比的投篮选择之二

一个简单的小例子理解这两个函数的用法 dfdata.frame(First=c("A","A","A","B","B","B"), Second=c(1,2,1,4,5,6...这里又涉及一个小知识点：从小到大排序使用 reorder()函数。...小例子： dfdata.frame(First=LETTERS[1:5], Second=c(1,4,5,3,2)) p1ggplot(df,aes(x=First...那么从大到小排序呢？...每个赛季的命中率 shots%>% group_by(season)%>% summarise(Accuracy=mean(shot_made_flag))%>% ggplot(aes(x=

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ggplot2：堆叠柱状图

# 每个样本的累加值不相等，不能直接用来做百分比柱状图，需要转换下 # 不过这段仅仅是为了作图好看，已经准备好数据的可以不看下面的处理 data_percent = data.frame() # 建立空数据框...四、观测值和样本排序然后是排序的问题，如果我想调整不同类型柱子的顺序，让他们按大小排序，可以用factor 函数 order_x = apply( data_percent[,1:7], 2, sum...# 看一下，是从大到小排着的 # 此时 data_plot数据框里面的 attitude 就按照给定的 levels 排序了 data_plotattitude = factor(data_plotattitude..., levels = names(order_x) , ordered = T ) # 看下排序对不对 p2 = ggplot( data_plot,aes(x = name, weight =...# 还可以给样本排序，同样的道理 data_plotname = factor(data_plotname, levels = name , ordered = T ) p3 = ggplot

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跟小新老师学转录组的第五天

功能注释利用GO/KEGG注释给这些基因赋以“功能标签” 功能注释：查询感兴趣的基因/基因集合参与哪些可能的生命过程，起到了什么作用 1.差异分析筛选基因：MAOA(按照FC排序取top10)（NCBI-GeneID...• 这些功能具有概念上的交叠现象，不利于进一步的精细分析，所以研究人员希望对得到的功能结点加以过滤和筛选，以便获得更有意义的功能信息。...• 富集分析方法通常是分析一组基因在某个功能结点上是否过出现(over-presentation)。由单个基因的注释分析发展到大基因集合的成组分析。...(org.Hs.eg.db) library(GSEABase) library(ggplot2) library(tidyverse) packageVersion("clusterProfiler"...(ego_BP) ego_CC data.frame(ego_CC) ego_MF data.frame(ego_MF) write.csv(ego_BP,'result/6.enrichGO_BP.csv

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R语言ggplot2散点图如何使用更多的形状

在 primitive.R 代码中 plxy 就是一个形状的数据，第一列是x，第二列是y 比如上图中28的形状 square diamond 把中心掏出一正方形的空白 data.frame(x=c(0,...data.frame(x=c(x1,x2+1,-x1,-x2-1), y=c(y1,-y2,-y1-1,y2)) %>% ggplot(aes(x=x,y=y))+...geom_polygon(fill="white",color="black") ggplot(data=data.frame(x=1:5,y=2,group=c("A","A","A","B","B...fill=group), show.legend = FALSE)+ theme_bw()+ theme(panel.grid = element_blank()) 基本上能构造出形状的坐标...，就能够把这个形状用于ggplot2的散点图中

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CUT&Tag 数据处理和分析教程（8）

SEACR call Peak SEACR（用于 CUT&RUN 的稀疏富集分析工具包）专为从染色质分析数据中识别峰值和富集区域而设计。...SEACR 以双末端测序生成的 bedGraph 文件为输入，将峰值定义为连续的碱基对覆盖区域，这些区域不会与 IgG 控制数据中标记的背景信号区域重叠。...peakWidth = data.frame(width = peakInfo$width, peakType = type, Histone = histInfo[1], Replicate = histInfo...按照每个峰值区域的信号强度排序，选取前 1% 的峰值作为高可信度的位点。...、峰的宽度、峰的可重复性以及 FRiPs（峰区片段比例）。

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ggplot2饼图和图注顺序不一致如何解决

ATACseq 数据分析全流程实战（三）：课后习题

《数据结构——排序（上）》从扑克牌到分治法：插入排序与希尔排序的深度剖析

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「R」绘制分组排序点图

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合并和排序 Linux 上的文件

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