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非度量多维排列 NMDS (Non-metric multidimensional scaling)分析

NMDS的目标与PCA或PCoA类似 (一文读懂PCA分析 （原理、算法、解释和可视化）;一文学会PCA/PCoA相关统计检验(PERMANOVA)和可视化)，都是希望能在低维空间尽可能准确地展示样品在高维空间的关系...在多样本、物种数量多的情况下，NMDS模型能更准确地反映出距离矩阵的数值排序信息。因此当样本或者物种数量过多的时候使用NMDS会更加准确。...如果设置了previous.best参数，则以该参数传入的NMDS结果作为参考。随后metaMDS会设定多个随机起始点运行NMDS分析 (参数try和trymax可以设置最小和最大尝试次数)。...物种得分: 在最终NMDS结果中用函数wascores计算物种的加权得分。 实战NMDS分析 继续使用之前的测试数据（如何读入自己的数据见前文和抄代码的时候总是遇到原始数据应该长什么样的问题）。...stressplot(dune_nmds) 计算每个样品的拟合度，图中圈越小表示拟合度越高。

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    扩增子图表解读2散点图：组间整体差异分析(Beta多样性)

    目的意义 本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。...Beta多样性 Beat多样性是生态学概念，专指不同组或生态位间物种组成的差异。详见Wiki 分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析、PCoA分析，NMDS分析，CCA分析，RDA分析。...PCA和PCoA分析的区别：PCA分析是基于原始的物种组成矩阵所做的排序分析，而PCoA分析则是基于由物种组成计算得到的距离矩阵得出的。...2、同时使用物种和相关环境因子组成数据的排序叫作限制性排序(constrained ordination) 即寻找某一条件下，可最大限制解释这一条件的投影平面。...在生物学研究中，主要分为两大类，一种是物种距离(如常用Jaccard，Bray-Curtis)；另一种是基于进化的距离(Unifrac),基于进化的距离还包含权重(Weighted)和非权重(Unweight

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    生物信息技术-chap6 微生物群落分析

    3.物种多样性：群落中物种的数量和构成特点的多样性。4.生态多样性：微生物与其他生物也就是微生物环境的关系。...注释不到种水平宏基因组测序信息量更多，可物种注释后进行更加深入的研究。例如，通过特定的数据库比对进行基因功能的注释和代谢途径的分析等等。...16S测序中阈值常设定为97%（正好对应分类学中的种水平）***稀疏曲线：从每个样本种随机抽取一定数量的序列，来预测样本在一系列给定的测序深度。...***物种累积曲线6.4 物种的组成分析测序得到的序列经过物种注释之后，每一条序列都拥有了他们自己的物种名称，以此为基础，我们可以了解单个样本中微生物群落在不同分类水平上的物种组成，以及多个样品之间的差异...***四条曲线***β多样性常用的降维方法 主成分分析PCA主坐标分析PCoA非度量多维尺度分析NMDS原理：建立一个二维或三维的坐标轴，让原来多维空间的数据投影到低维空间中来排序：区分样本间的亲疏关系

    45200

    一文读懂微生物扩增子16s测序

    其目的是将物种之间的进化关系以及不同样本的物种分布丰度和最高分布样本的信息在一个视觉集中的环图中一次展示，其提供的信息量较其他图最为丰富。...物种相关性网络图B ○ 图中每一个点代表一个物种 ○点的大小表示与其他物种的关联关系的多少 ○ 其中与之有相关性的物种数越多，点的半径和字体越大 ○ 连线的粗细代表两物种之间相关性的大小 连线越粗...横坐标为重要性水平，纵坐标为按照重要性排序后的物种名称。上图反映了分类器中对分类效果起主要作用的菌属，按作用从大到小排列。...○ 冗余分析可以基于所有样品的OTU作图，也可以基于样品中优势物种作图； ○ 箭头射线：箭头分别代表不同的环境因子； ○ 夹角：环境因子之间的夹角为锐角时表示两个环境因子之间呈正相关关系，钝角时呈负相关关系...环境因子的射线越长，说明该影响因子的影响程度越大； ○ 不同颜色的点表示不同组别的样品或者同一组别不同时期的样品，图中的拉丁文代表物种名称，可以将关注的优势物种也纳入图中； ○ 环境因子数量要少于样本数量

    22.3K109

    wikipathway : 代谢通路专用数据库

    从图中，我们可以看到，有KEGG pathway, Wikipathway, REACTOME, Pathway Interaction Database 等数据库。...wikipathway 中的信息和kegg pathway 有所区别，kegg 的pathway 是跨物种的概念，而wikipathway 是针对每一个物种，收录其特定的pathway 信息。...比如说检索tp53 基因参与的pathway信息，按照上图所示，输入基因名称，然后点击Search 按钮，就可以看到如下所示的页面 ?...pathway 简单理解就是一些列的酶促反应，酶是基因的产物，而酶促反应的底物和产物都可以看做是代谢物； 在通路图中， 代谢物用蓝色表示， 基因产物用黑色表示， 代谢物A 到 代谢物B 用黑色箭头链接，...催化反应的蛋白酶（基因产物）用末端为圆形的箭头链接 比如下面这个： ?

    1.9K10

    Nature microbiology:全球污水处理厂细菌群落揭秘！

    结果 样本和大洲水平的稀释曲线 (1)活性污泥微生物群落的全球多样性程度如何不同模型拟合物种丰度分布。泊松对数正态模型最优，可解释99%的群落变化。 利用尺度定律估算全球WWTP的微生物数量。...挑出丰度的前0.1%作为高丰度物种； 在所有样本中超过80%都出现的物种定义为广泛出现的OTU； 在每个样本中序列占到80%以上，且高丰度，并且这种物种在超过一半的样本中都出现，这种物种被定义为频繁出现的高丰度物种...NMDS表明活性污泥的核心群落与其他生境没有重叠，说明活性污泥选择了一个独特的核心群落。 (3)活性污泥微生物群落是否具有纬向多样性梯度(LDG)中纬度丰度最高。曲线为基于最小二乘回归的多项式拟合。...蓝色和红色箭头分别代表显著的正、负相关。群落结构有基于Bray的PCoA的PC1轴代表。 随机森林分析检验了物种与温度的相关性。红色的对角线显示了完美预测的理论曲线。...，不论计算距离的方法、不论物种多样性还是系统发育多样性。

    1.2K31

    KEGG pathway 数据库

    从human的通路图中，我们也可以看出来，只有部分方框用绿色高亮显示。...结合hsa00020 来理解一下，在一张通路图中，有三种基本对象： 矩形代表KO 圆角矩形代表的是另外的通路图 圆形代表的是化学物质 箭头代表他们之间的相互作用关系，对于蛋白互作，基因表达模式的关联，酶的相互作用...，在箭头上又有不同的修饰符来表示不同的类型。...从图中可以看到，pathway 数据库种包含了7大类别，我们常说的代谢通路只是我们用的最多，最大的一类。...在一张通路图中，矩形代表ko,圆角矩形代表两外一张通路；我们可以从pathway 中，挖掘出基因的相互作用网络和pathway的相互作用网络。

    1.4K10

    一文学会PCAPCoA相关统计检验(PERMANOVA)和可视化

    比如，对宏基因组检测的物种丰度数据进行PCA/NMDS/PCoA降维可视化后，不同组的样品之间存在一些重叠，那怎么判断这些组之间的样品构成是否存在显著差别呢？...它的计算方式是不同组样品之间的距离（或距离的排序）平方和(图中黄色部分)除以同一组样品之间的距离（或距离的排序)平方和（图中蓝色部分），具体如下面公式。 更大的F值表示更强的组分离。...dune数据集描述 dune是一套包含了20个样品和30个物种丰度数据的统计表。其格式是常见OTU表转置后的格式，每一行是一个样品，每一列是一个物种 (检测指标)。...)", sep="")) + geom_point(size=4) + stat_ellipse(level=0.9) + theme_classic() + coord_fixed() 从NMDS...这与PCoA和NMDS的结果还是有些不一致的。那这个统计差异是怎么来的呢？

    10.4K74

    这个统计检验可用于判断PCAPCoA等的分群效果是否显著！

    了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么？ 下面我们看下PERMANOVA。 PERMANOVA是多元方差分析的非参数变体。它用来比较多组观测样本的统计指标值的异同。...原始假设 (null hypothesis)是每组样本在其检测指标构成的检测空间中的中心点 (centroid)和离散度dispersion无差别。...比如，对宏基因组检测的物种丰度数据进行PCA/NMDS/PCoA降维可视化后，不同组的样品之间存在一些重叠，那怎么判断这些组之间的样品构成是否存在显著差别呢？...如果检测出p值大于0.05，表示不同组的物种构成或相对丰度没有显著差异。...它的计算方式是不同组样品之间的距离（或距离的排序）平方和(图中黄色部分)除以同一组样品之间的距离（或距离的排序)平方和（图中蓝色部分），具体如下面公式。 更大的F值表示更强的组分离。

    1.6K10

    Gene Ontology-基因产物功能数据库

    每个GO是图中的一个节点，GO之间的连线表示图中的边的信息。不同GO之间的箭头是有方向的，代表特殊含义的，所以构成的网状结构叫做有向无环图。...由于GO是基于已有的生物学知识构建的，而这些认知是不断修正和完善的，所有会存在有的GO term被删除了，或者是和其他GO Term合并的情况。...对于调控关系而言，有正调控和负调控两种。 所有GO Terms的信息可以通过以下链接进行下载 http://www.geneontology.org/page/download-ontology ?...GO本身是一个跨物种的概念，官方提供的GO文件涵盖了大部分的物种的所有功能。...但是对于特定领域的物种来说，其功能只占整个GO的一部分，此时，可以从整个GO中抽取出对应的部分，构成一个子集，这个子集就叫做GO Slim, 在以下链接中，提供了不同领域的GO Slim。

    1.4K10

    MicrobiomeAnalyst | 零代码分析宏基因组数据

    •删除低质量或低置信度的特征•删除低丰度的特征•删除低变异的特征 包含六种不同的策略：基于丰度或基于一些统计值：平均值，中位数，IQR，标准差或变异系数。 过滤样本 ?...群落分析 3.1 Alpha 多样性分析 Alpha 多样性分析即一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映物种丰富度和均匀度的综合指标。...通过物种间距离比较两两样本在物种多样性方面的差异，其考虑了物种间的进化距离，指数越大表示样本间差异越大。分析结果通常分为加权（Weighted）和非加权（Unweighted）两种。...网站支持 5 种主流的距离算法，并可选用 PCoA 或 NMDS 进行可视化。也支持 3 种统计方法进行统计检验，包括 ANOSIM/adonis，PERMANOVA 和 PERMDISP。 ?...4.3 相关性分析 相关性分析可以识别生化过程或物种之间的关系。 ? 4.4 模式搜索 这里可以查看与感兴趣物种关联的物种之间相关系数，探究物种之间的关系。 ? 5.

    5.5K40

    Microbiome | 刘庆友陈卫华构建山羊肠道微生物基因组目录

    图中显示了山羊的示意图，突出显示了其胃肠道沿着胃肠道的箭头表示食物的流动方向。GIT位点旁边括号中的数字表示本研究获取的样本数量。...本研究将GIT位点分为四个部分，即胃（瘤胃、网胃、瓣胃和皱胃）、小肠（十二指肠、空肠和回肠）、大肠（盲肠和结肠）以及直肠（粪便样本）。部位名称旁边的数字表示其微生物数量的估计值。...例如，已有报道称Prevotella物种在纤维素消化中发挥了重要作用，并参与了牛瘤胃中淀粉、纤维素、半纤维素和果胶的转化，而Fibrobacter物种则与Prevotella物种一起参与纤维素消化。...例如，6月龄以上的山羊会从富含乳制品的饮食切换到富含纤维的饮食，这会导致甲烷产生菌和纤维素消化物种显著增加（图5e）；这对胃肠道微生物群的影响就像放养（富含草料的饮食）和圈养（富含青贮料的饮食）类型之间的影响一样...b）和地理位置（c）显著聚集 d Venn图和upset图显示了在不同因素（包括年龄、饲养方式、地理位置和胃肠道部位）之间差异相对丰度属的共有和特有关系，图中显示的属是在至少一个因素中存在差异的属 e

    20030

    经常提到的KEGG数据库是什么样子的

    关键词检索 可以直接在搜索框内输入想要查询的信号通路名称或者基因名称进行搜索。...我们以基因TP53为例，点击首页的KEGG PATHWAY进入类别页面，选择种属“人”，在输入框内输入基因名称“TP53”，点击search。前缀hsa是人类物种名称的缩写，至于如何查找物种缩写？...这样可以就得到在KEGG数据内人类的物种缩写为hsa。至于其它物种，方法是一样的。 ? TP53参与的通路具体如下图，按符合度从大到小排列。 ? 以第一个缩略图为例，我们具体来看一下。...+p：磷酸化 -p：去磷酸化 +u：泛素化 +g：糖基化 +m：甲基化 实箭头：反应及反应方向 虚箭头：此反应可以通过中间产物与其他途径发生联系 点击通路识别号hsa05220，则会出现该通路的具体相关信息...包括全基因组中的所有蛋白编码基因的氨基酸序列相似性的信息，这些信息是从KEGG中的GENES数据库计算得到的。

    2.1K31

    【UML 建模】UML建模语言入门 -- 静态图详解 类图 对象图 包图 静态图建模实战

    静态图概念 :类图,对象图,包图 是静态图; 静态图内容 : 静态图显示系统的静态结构, 显示事物种类的内部结构, 事物种类之间的相互关系; (3) 静态图性质 静态图永久性 : 静态图可能包含描述暂时行为...类图基本概述 建模起点 : 系统建模时, 通常从构造系统的基本事物开始, 包括构造这些基本事物的 基本属性 和行为; 通过关系认识系统 : 构造好基本事物之后, 考虑这些事物之间的 关系, 这样系统分析师就可以...; 类图中的通用元素 : 类图中还可以包含注解,约束, UML建模任何图都可以含有 注解 约束; 模型元素聚集 : 类图中可以包含包或子系统, 这使得模型元素聚集成了更大的模块;  3...., 那么依赖箭头指向接口; ---- 依赖实现类 : 如果依赖类依赖于接口实现类, 那么依赖箭头指向接口的实现类; 显示接口中的操作 : 接口使用普通类矩形符号, 只是在接口名称上方有...; 包和内部元素的关系 : 包拥有内部的元素, 这是一个组合关系, 如果包被删除, 其中的元素也随之删除; 4.

    2.1K30

    REDIportal:最大的人类RNA编辑位点数据库

    从2018年8月开始，该数据库也开始收录来自其他物种的RNA编辑位点信息。通过官网的搜索功能，可以方便的检索数据库，搜索页面如下 ? 目前只支持hg19的检索，可以根据染色体位置和基因名称进行检索。...分别根据组织类型和取样部位对结果进行限定。...和其他数据库类似，提供了RNA编辑位点的染色体信息，重复序列注释，基因注释等信息, 除了这些基本信息外，还提供了和其他数据库的link, 第一列的U代表UCSC基因组浏览器，dbSNP代表NCBI SNP...点击每个RNA编辑位点第一列的蓝色箭头，可以查看详细的信息，示意如下 ?...对于多个组织中同时检测到的RNA编辑位点，提供了heatmap和boxplot两种可视化方式，以便探究其组织特异性，上图中为heatmap的展现形式，boxplot的展现形式示意如下 ?

    1K20

    Matlab学习笔记

    在 MATLAB 中，边列表按列划分为源节点和目标节点。对于有向图，边的方向（从源到目标）很重要；但对于无向图，源节点和目标节点是可以互换的。...如果图具有节点名称（'A'），则还可以使用节点名称来表示图中的节点。因此，可以通过节点索引或节点名称来表示图中的已命名节点。...常用函数 图的常用函数如下： 函数 功能 addedge 在图中添加一条或多条边 rmedge 从图中删除一条或多条边 addnode 在图中添加一个或多个节点 rmnode 从图中删除一个或多个节点...删除节点 3、5 和 6,对图中剩余的六个节点重新进行编号，以反映新的节点数量。...使用 rmedge 删除节点 1 和节点 3 之间的边。。

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