从R中的PCA坐标创建热图 - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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如何在R中创建日历热图

首先，我们运行Paul Bleicher创建的calendarHeat函数以显示日历热图。其次，我们创建一些随机的时间序列数据。最后，我们在两个调色板中绘制时间序列。...Sessions") calendarHeat(df$dates, df$sessions, varname = "Sessions", ncolors = 99, color = "r2b...values, ncolors=99, color="r2g...CA0020") #red to blue r2g...red to green w2b <- c("#045A8D", "#2B8CBE", "#74A9CF", "#BDC9E1", "#F1EEF6") #white to blue g2r

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多分组的PCA图和top基因热图

多分组的PCA图和top基因热图在转录组和蛋白组的差异分析中，我们常常在质控阶段需要做一下样本的PCA图和标准差top 基因的表达，来评价组内差异和组间差异。...以前主要做的二分组的比较，要想把多个分组的信息放在一张PCA图或者热图上，只需修改下Group值就行。...图----Group PCA(dat, graph = FALSE)p1 pca_ind(dat.pca, geom.ind = "point", # show points...# 2.top 1000 sd 热图---- g = names(tail(sort(apply(exp,1,sd)),200)) #day7-apply的思考题n = exp[g,]library(pheatmap

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R中轻松绘制聚类热图

论文关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后更新的绘图文档代码，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggtreeExtra

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R中绘制环状聚类热图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释，本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现，主要通过「ggtreeExtra」来实现，聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关的数据...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」，加群的观众老爷可自行下载，有需要的朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 关于永久群内容的说明 ❝给予长期支持我们的忠实读者们一个特别待遇：凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档的朋友们，「将自动获得2024年及以后的绘图资料和代码更新，无需额外付费。」...目前这两年的会员文档已累记卖出1500+，质量方面各位无需担忧**。简要概括就是只要购买任意1年的会员内容，2024及后期公众号所更新的绘图文档均会在已经加入的会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

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R中轻松绘制树状热图的若干方法

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍如何在R中绘制树状热图，通过「sourmashconsumr」 & 「metacoder」两个R包的案例来进行介绍，更多详细的内容请参考作者官方文档。..., groups = metadata) 设置随机种子 set.seed(1) 绘制树状图热图...layout = "davidson-harel", initial_layout = "reingold-tilford") 进行组间比较，并绘制树状热图...tax_data进行处理 obj$data$tax_data <- zero_low_counts(obj, dataset = "tax_data", min_count = 5) 检查没有reads的行...calc_n_samples(obj, "tax_abund", groups = hmp_samples$body_site, cols = hmp_samples$sample_id) 绘制树状图热图

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R语言复杂热图的绘制

大家对热图应该都不陌生，但是混合的复杂热图在我们的应用中并不是太多见。今天给大家介绍一个绘制复杂热图的R包ComplexHeatmap。...首先我们看下安装和载入，其安装通过bioconductor安装： source("https://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("ComplexHeatmap...matrix(rnorm(40, -2), 4,10)) rownames(mat) = paste0("R", 1:12) colnames(mat) = paste0("C", 1:10) Heatmap...#下面是中间的热图提供数据，此处直接可以不绘制热图只绘制我们想要结合在一起的图。...其中主要的函数是： oncoPrint（）其为绘制热图的核心函数，其主要可以对热图的中的cell进行分割，更加细致显示数据的分布。其主要参数如下： ?

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R中优雅的可视化WGCNA模块热图

欢迎关注R语言数据分析指南加载R包 library(tidyverse) library(ggthemes) library(magrittr) library(WGCNA) library(linkET...# 转置 datExpr0 <- t(gene_exp) # 缺失数据及无波动数据过滤 gsg 的缺失数据比例阈值...datExpr <- datExpr0[gsg$goodSamples, gsg$goodGenes] WGCNA绘制模块热图 MEs2 % dplyr::select(1:20)...zlim = c(-1,1), main = paste("Module-trait relationships")) 绘制模块热图...2)) + scale_colour_manual(values = color_pal(3)) + guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r"

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R语言学习 - 热图美化（数值标准化和调整坐标轴顺序）

温故知新 R语言 - 入门环境Rstudio R语言 - 热图绘制 (heatmap) R语言 - 基础概念和矩阵操作 R语言 - 热图简化热图美化上一期的绘图命令中，最后一行的操作抹去了之前设定的横轴标记的旋转...，最后出来的图比较难看。...上图的测试数据，数值的分布比较均一，相差不是太大，但是Gene_4和Gene_5由于整体的值低于其它的基因，从颜色上看，不仔细看，看不出差别。...实际应用中，异常值的出现会毁掉一张热图，如下是一个例子。...这也是ggplot2中调整图例或横纵轴字符顺序的常用方式。

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如何在 seaborn 中创建三角相关热图？

在本教程中，我们将学习在 seaborn 中创建三角形相关热图;顾名思义，相关性是一种度量，用于显示变量的相关程度。相关热图是一种表示数值变量之间关系的图。...它提供了几个图来表示数据。在熊猫的帮助下，我们可以创造有吸引力的情节。在本教程中，我们将说明三个创建三角形热图的示例。最后，我们将学习如何使用 Seaborn 库来创建令人惊叹的信息丰富的热图。...语法这是创建三角形相关热图的语法。...sns.heatmap（）创建了一个热图。...使用Seaborn创建热图对于必须探索和理解大型数据集中的相关性的数据科学家和分析师非常有用。借助这些热图，数据科学家和分析师可以深入了解他们的数据，并根据他们的发现做出明智的决策。

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浅谈R中相关性网络热图绘制小细节

❝最近在绘制相关性网络热图的时候突然有一个小的发现，可以使用相关性热图的数据来结合「linkET」来绘图，以前一直认为为必须使用「mantel_test」才行；果然绘图还得多思考；本节就来通过一个案例将两份数据结合起来进行绘图...；加载R包 library(tidyverse) library(linkET) library(RColorBrewer) library(ggtext) library(magrittr) library...,"p","p_signif")) 转换数据格式 ❝在此处以前一直以为必须使用「linkET::mantel_test」函数生成特定格式才能用于后面绘图，直到某次看了数据才明白导入外部的相关性分析数据也能用于后期绘图...；此处的范围可根据需要自定义 ❞ cordata % left_join(....(-Inf, 0.01, 0.05, Inf), labels = c("= 0.05"))) 绘制相关性网络图

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R tips：使用shiny和plotly获得umap图的点坐标

有的时候需要获取单细胞umap图中的部分点的坐标，并对其进行后续操作。本文提供一种方法用于实现这个目的。以Seruat的pbmc数据为例。 1....查看umap plot，检查需要去除的点 pbmc_small % RunUMAP(dims = 1:10) DimPlot(pbmc_small) 查看降维图...，并考虑获得右上角的点的坐标。...在shiny页面圈选感兴趣的区域在shiny页面，使用套索工具圈选感兴趣的区域，程序会自动将选区边界坐标导出到家目录中的lassso_boundary.rds文件中。 5....，并在umap中展示套索选区和选中的点。

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R中坐标轴截断的不同实现方式

本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...= "height", main="test image") ## ylim -282.7 231 axis.break(2,90,breakcol="snow",style="gap")##去掉中间的那两道横线...• 其他案例（官方里面的案例）：可将利用horiz=TRUE将图横着画。...首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。

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R中坐标轴截断的不同实现方式

本文在做学术论文中，正好想做一下把y轴一些数据进行截断的效果。通过网上检索，整理了一下两种方式构建坐标轴截断图。...下面两第一个图是未加axis.break()的结果，第二幅是加了该参数的结果。...• 其他案例（官方里面的案例）：可将利用horiz=TRUE将图横着画。...首先随机构造一个数据，，我们想把y为7~17的数数据进行截断。思路是：构造一列：type，把小于7的命名为“samll”，大于17的命名为“big”，然后利用facet效果构建图。...参考资料： R语言作图——坐标轴截断画图 http://blog.sina.com.cn/s/blog_6a4ee1ad0102x5at.html ggplot坐标轴截断 https://www.jianshu.com

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超详细的R语言热图绘制之complexheatmap：01

ComplexHeatmap包可提供灵活的热图展示及高度自定义的注释图形。 1.1 设计理念一个完整的热图由热图主体和热图组件构成。...热图列表由多个热图主体和热图注释组成，但不同的热图主体和注释被有序排列，使得彼此之间具有较好的可比性。...单个热图介绍单个热图的组成 3. 热图注释热图注释概念，如何绘制简单注释和复杂注释，简单注释和复杂注释的不同 4. 热图列表如何绘制多个热图和注释，它们的位置排布是怎样安排的 5....和其他R包交互 11. 交互式热图 12....但是此方法对异常值不友好，因为映射总是从矩阵中的最小值开始，以最大值结束。

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R优雅的给环状热图添加显著性标记

欢迎关注R语言数据分析指南官方文档 ❝https://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/ggtreeExtra/inst/doc/ggtreeExtra.html...❞ 关注下方公众号下回更新不迷路加载R包 library(ggtreeExtra) library(ggtree) library(treeio) library(tidyverse) library...[3-6-]+"))) 可视化距离矩阵 p % ggtree(layout="fan", open.angle=10) 绘制环状热图 p + new_scale_fill

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【科研猫·绘图】今夏最热的“热图”（带R代码分享）

如何做出一张完美的热图，是居家旅行（科研写作），拜访亲朋好友（征服editor和reviewer的心）必备技能。本次教程，我们将为大家详细讲述如何使用R语言绘制高大上的热图。 ?...什么是热图，比如上图是来源于两篇CNS级别文章中截取下来的主图，一眼看去，一张合格的热图主要由四大部分组成，一个是像浴室瓷砖一样的小色块铺成的色板，也可以称作热图本身，是热图必不可少的部分，一个是色板上面的聚类树...热图的本质是表现数值矩阵，色板中的每个方格都是一个数值，按照色彩变化尺的要求，根据数值大小显示出不同颜色。...本次教程介绍pheatmap这个R包，此包功能强大，制作热图方便给力。 1. pheatmap包安装及加载我们先在R上安装pheatmap这个包，首先打开Rstudio。 ? 2....使用color颜色更改颜色变化尺之后的热图会更好看啦。我们可以参考文章中的绘图颜色，这样会让我们的热图更富有视觉效果。 ?

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ggplot画图：y坐标从0开始，去除x横坐标与柱状图之间的间隙

[toc] 直接看图解释 image.png 由上图，我们可以看到，1）x横坐标与柱状图有一些距离，那么现在我们要去掉这个距离。怎么办?，2）还发现，y坐标与柱状图也是有距离的。咋去除？...1.横坐标从0开始首先将gear与carb转成factor # libraries library(ggthemes) library(tidyverse) df=mtcars %>% mutate(...0.65) # start from 0 in x-axis p + scale_y_continuous(expand = c(0,0),limits = c(0,30)) image.png 2.纵坐标从...0开始这里有些trick，因为factor为横坐标，但是加载scale_x_continuous出错，所以在scale_x_continuous里面，自定义x-labels。...labels = c(3,4,5)) p image.png image.png 2.去除网格线与legend scale_fill_manual可以更改柱状图的颜色

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主成分分析（PCA)在R 及 Python中的实战指南

这种主导普遍存在是因为变量有相关的高方差。当变量被缩放后，我们便能够在二维空间中更好地表示变量。在Python & R中应用主成分分析方法（带有代码注解） ▼ 要选多少主成分？...换句话说，利用主成分分析算法，我们将预测值从44个降到30个，而不影响说明的方差。这就是主成分分析算法的强大之处。让我们通过绘制一个累计方差图做确认核查。它将向我们展示成分数量的清晰画面。...让我们在R中做一下： #加上带主成分的训练集 > train.data 的分数排行榜感到高兴。试试用下随机森林。对于Python用户：为了在Python中运行主成分分析，只需从sklearn库导入主成分分析。...和上文提到的对R用户的解释是一样的。当然，用Python的结果是用R后派生出来的。Python中所用的数据集是清洗后的版本，缺失值已经被补上，分类变量被转换成数值型。

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R中优雅的绘制物种冲积图

最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer) library...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus, stratum...= Genus)) + # 创建绘图对象，设置x轴、y轴、alluvium和stratum变量为name、value、Genus geom_alluvium(aes(fill = Genus),...、大小，颜色为黑色 axis.title.y = element_text(margin = margin(r = 10), size = 11, color = "black"), # 设置

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R中优雅的绘制物种冲积图

欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友问R中绘制冲积图的代码，其本质仍然是条形图只是添加了样本间的连线；案例要求按列计算每个样本的相对丰度跟往常有所不同。...下面小编就来简单介绍一下代码 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggsci) library(magrittr) library(reshape) library(RColorBrewer...,read_tsv("group.xls"),by=c("name"="sample")) 绘制冲积图 ggplot(plot, aes(name, value, alluvium = Genus,...stratum = Genus)) + # 创建绘图对象，设置x轴、y轴、alluvium和stratum变量为name、value、Genus geom_alluvium(aes(fill =...= element_blank() # 设置图例框背景为空白 ) 绘制组间冲积图 plot %>% select(1,3,4) %>% group_by(Genus,group) %>%

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