问： 假设我有这个脚本： export.bash #!.../usr/bin/env bash export VAR="HELLO, VAR" 当我执行脚本并尝试访问 $VAR 时，我没有得到任何值!...在调用 shell 的上下文中执行脚本: $ cat set-vars1.sh export FOO=BAR $ . set-vars1.sh $ echo $FOO BAR 另一种方法是在脚本中打印设置环境变量的命令...-f 指 shell 函数 -n 从每个(变量)名称中删除 export 属性 -p 显示所有导出变量和函数的列表 ---- 参考： stackoverflow question 16618071...help eval 相关阅读： 用和不用export定义变量的区别 在shell编程中$(cmd) 和 `cmd` 之间有什么区别 ----
acc=PRJNA629498&o=acc_s%3Aa从96个数据集中下载最小的两个数据集作为测试注：“prefetch + fasterq-dump 的组合是从 SRA 访问中提取 FASTQ 文件的最快方法...sra2fq.sh &注：生成一个名为 sra2fq.sh 的脚本文件，脚本内容是用来从 .sra文件中提取 .fastq 文件，并压缩这些 .fastq 文件。...while read id 表示逐行读取该文件的内容，并将每一行的内容赋值给变量 id，以便在循环中使用。...do:开始一个循环体，对于 SRR_Acc_List.txt 中的每个 id，循环体中的命令将会被执行。.../database/GRCh38.111cd $HOME/database/GRCh38.111# 下载基因组序列axel curl nohup axel -n 100 https://ftp.ensembl.org
当在脚本中写变量名或{变量名}时，会替换它为该变量的实际值。{}，大括号在这里用来明确变量的边界。这在变量名可能与其后的文本混淆时特别有用，但在很多情况下它们也被用来提高可读性。...下载基因组文件 并且还需要去gencode网站中下载基因组注释文件 从这里找，也可以直接输入下载的地址https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human...下载基因组注释数据● GFF3：常用于基因组浏览器和一些注释工具，因为它的格式支持更复杂的基因组结构描述。...对于文件中的每个 ID，执行循环体中的命令。bowtie2 -p 8 -x {path}/clean/：使用对指定的单端序列文件进行比对。：指定使用个线程进行比对。...在长脚本的时候，建议设置一下export作为环境变量，这样可以让命令顺利传下去。
-O bootstrap.py python bootstrap.py -t --download 该脚本会自动下载依赖的软件包并安装。...准备参考基因组 fusioncatcher也提供了准备参考基因组的脚本，该脚本会从Ensembl等网站自动下载数据，所以使用时需要联网，用法如下 fusioncatcher-build -g mus_musculus...需要注意的是，-w参数一定要设置成上述示例中的样子，默认参数是不可以的，另外对于人和小鼠而言，因为会从gencode数据库下载文件，而gencode的FTP地址发生了变动，所以要手动修改源代码中gencode...对于-o参数的取值，可以参考如下链接 ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta 该目录下每个物种对应一个文件夹，fusioncatcher就是根据-o参数的取值来下载对应物种的序列...在输出目录中，final-list_candidate-fusion-genes.txt 就是最终预测到的所有融合基因，这个目录下文件很多，每个文件的详细解释可以参考官方文档。
基因没有重名 （服务器中已经下载好参考基因组，此处只要了解一下怎么下载即可） ncbi：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/guide/human/...index.shtml Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html # 具体操作：进入官网，右键复制下载连接，黏贴然后运行对应的脚本 # http://ftp.ensembl.org.../GRCh38.111 # 下载基因组序列axel curl nohup axel -n 100 https://ftp.ensembl.org/pub/release-111/fasta/homo_sapiens.../dna/Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa.gz >dna.log & # 下载转录组序列 nohup axel -n 100 http://ftp.ensembl.org...Hisat.log & # 统计比对情况 multiqc -o ./ SRR*log 比对结果文件SAM的解释 SAM(The Sequence Alignment/Map format)格式，即序列比对文件格式
bash_profile # 更新环境变量 source ~/.bash_profile # 为 conda 添加下载源 conda config --add channels conda-forge...对于任何比对，我们需要 .fasta 格式的基因组，还需要 .GTF/.GFF 格式的注释文件，它将基因组中的坐标与带注释的基因标识符相关联。这两个文件都是执行比对和生成计数矩阵所必需的。...小鼠 (Gencode) # 基因组文件下载 wget -P genome/ ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/Gencode_mouse/release_M12/GRCm38...一旦我们去除了低质量序列和任何接头污染，我们就可以继续执行一个额外的（和可选的）步骤，从样本中去除 rRNA 序列。...在确定序列与基因组的比对情况以及确定每个步骤丢失了多少序列时，此步骤非常有用。 6.1. 安装 conda install -c bioconda multiqc --yes 6.2.
Rfam是用来鉴定non-coding RNAs的数据库，常用于注释新的核酸序列或者基因组序列。...GitHub下载 # 如果不会或不能使用git，拷贝链接，在GitHub下载压缩文件，再按顺序解压即可 # https://github.com/EddyRivasLab git clone https...=${PATH}:`pwd` 下载数据库 wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam/12.2/Rfam.cm.gz gunzip Rfam.cm.gz wget...使用cmscan程序注释基因组的ncRNAs # Rfam12.2.claninfo 为下载的claninfo文件，需提供所在路径 # Rfam.cm 下载的cm文件 # my-genome.fa 待查询序列...结果的第一部分是运行的命令的参数记录 第二部分是查询的FASTA文件中每个序列的top hits, 根据E-value排序。
环境部署——数据下载——查看数据(非质控)——数据质控——数据过滤(过滤低质量数据)——数据比对及定量数据比对：1、参考基因组准备：Ensembl官网 左上箭头分别是最新版本号和Fasta文件下载链接...下载primary_assembly.fa.gz文件(复制网页链接+下边需要下载的内容) 2.基因组注释文件准备：Ensembl官网右侧有Gene annotation模块。...关键就是所有的release信息需要对应起来 ## 参考基因组准备:注意参考基因组版本信息# 下载，Ensembl：http://asia.ensembl.org/index.html# ftp://ftp.ensembl.org.../pub/release-113/fasta/homo_sapiens/dna/# 下载基因组序列wget -c ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-113/fasta/...0：在 awk 中表示当前行的整个内容。NR%4==1：表示每4行中第1行，因为 FASTQ 文件中每个序列都是4行组成的（@序列ID、序列、+、质量分值），所以第1行是序列ID行。
传统安装 下载 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 在Linux系统下将上述的链接下载到本地 sudo wget https...bowtie2在当前目录中首先查找指定的索引，然后在BOWTIE2_INDEXES环境变量中指定的目录中查找。...-1 以逗号分隔的包含队友1的文件列表（文件名通常包含_1），例如-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq。使用此选项指定的序列必须与文件中的文件和读取的文件一致。...例如，当与人类基因组索引对齐时，-p从1增加到8会将内存占用增加数百兆字节。该选项仅在bowtie与pthreads库链接时才可用（即，如果BOWTIE_PTHREADS=0未在构建时指定）。...相反，为了达到最大可能的对齐分数，可以从末端省略一些字符（“软裁剪”） 2、构建索引 官方索引 wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/data/bowtie2_indexes/
下面是对代码的逐行解析： for i in {34..39}; do for i in {34..39}：这是一个for循环，i是循环变量，{34..39}是一个序列表达式，表示从34开始到39结束的整数序列...整个脚本的作用是使用axel工具并发下载序列34到39对应的.fq.gz文件。这些文件名遵循模式CRR7274XX_f1.fq.gz，其中XX是循环变量i的值。...同时，脚本会在控制台输出每次下载的开始和结束状态。 值得注意的是人工智能说其中-a选项会在下载失败时重试，但似乎这个知识点有问题！...这个数据库主要提供与基因组学相关的数据下载服务，包括但不限于以下几类： 基因组序列数据：提供不同物种的完整基因组序列或特定区域的序列数据。...组合ID：一些ID可能组合了多个元素，如CRR7274{i}，其中{i}是一个变量，代表序列中的特定部分或样本编号。
，同时还记录运行命令时生成的任何标准输出。...我们强烈建议在分析过程中不要修改此目录。 reference_data：用于分析的参考基因组相关的已知信息，例cd如基因组序列（FASTA）、与基因组相关的基因注释文件（GTF）。...results：用于您在工作流程中实施的不同工具的输出。在此文件夹中创建特定于工作流程的每个工具/步骤的子文件夹。 scripts：用于您编写并用于运行分析/工作流程的脚本。...原始数据链接 原教程的原始数据比较难找，就不详细说明过程了，这里直接给出下载 URL 好了。...由于Bowtie2中没有参数可以只保留唯一映射的读取，我们需要执行以下步骤来生成只包含唯一映射读取的对齐文件： 将对齐文件格式从SAM转换为BAM 按读取坐标位置对BAM文件进行排序 过滤以仅保留唯一映射的读取
这个时候需要根据你自己不合格的3张图，仔细探索哪些样本是离群点，自行查询中间过程可能的问题所在，或者检查是否有其它混杂因素，都是会影响我们的差异分析结果的生物学解释。...需要自己根据如下链接去EBI里面搜索到，然后自己构建一个 fq.txt 路径文件： 项目地址是：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJNA719796 脚本如下...-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...fa格式的 抽空基因组文件，以及配套的gtf格式的基因组注释文件，如下所示： # 下载基因组序列 nohup wget -c http://ftp.ensembl.org/pub/release-105...://ftp.ensembl.org/pub/release-105/fasta/homo_sapiens/cdna/Homo_sapiens.GRCh38.cdna.all.fa.gz & # 下载基因组注释文件
同一个基因组在以上三大数据库中的记录还是稍有不同的，以human为例，在NCBI中的链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?...在下载时，可以从红色方框标记的3处地方进行下载， 其中genome链接可以直接下载序列，如果该物种同时提供了RefSeq和Genebank，则此链接下载的是RefSeq的序列；如果只有GeneBank，...则此链接下载的是GeneBank的序列。...从genbank下载的序列中，每条序列的ID是上图中的INSDC编号，1号染色体对应的编号如下 CM000663.2 2....从genbank下载的序列中，每条序列的ID是上图中的RefSeq编号，1号染色体对应的编号如下 NC_000001.11 其实Genebank和RefSeq中序列的内容是完全相同的，只是序列标识符有区别而已
所以我们在全国巡讲的答疑群给大家指点的解决方案是使用aspera从EBI下载直接fastq数据，一劳永逸。...，设置下载到当前文件夹，所以for循环命令中的变量a4和a5最后要加....for循环写批量ascp时，一开始是没有加全路径（变量a0）的，结果bash ascp.command报错，乖乖加上全路径，然后bash，下载速度到了80M/s，意外的惊喜。...建立hisat2猪参考基因组的索引 参考1：【生信技能树】猪狗的参考基因组构建索引 参考2：【bwa bowtie2 salmon subread hisat2建索引和比对】 下载猪的参考基因组 下载地址...下载猪的基因组注释文件 下载地址：ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-99/gtf/sus_scrofa/Sus_scrofa.Sscrofa11.1.99.gtf.gz
hg系列，hg18/19/38来自UCSC，也是目前使用频率最高的基因组。从出道至今我就只看过hg19了，但是建议大家都转为hg38，因为它是目前的最新版本。...总之你需要记住， hg19基因组大小是3G，压缩后八九百兆。 如果要下载GTF注释文件，基因组版本尤为重要。....gtf.gz 变化上面链接中的release就可以拿到所有版本信息 ftp://ftp.ensembl.org/pub/ UCSC 本身需要一系列参数： 1....UCSC基因组下载 UCSC里面下载非常方便，只需要根据基因组简称来拼接url： http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gzhttp...bigZips/chromFa.tar.gzhttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg38/bigZips/chromFa.tar.gz 或者用shell脚本指定下载的染色体号
-y -c bioconda hisat2 stringtie samtools fastp gffcompare # conda search gffcompare 然后下载猪的参考基因组fasta...序列，并且构建hisat2的索引文件 mkdir -p ~/reference/genome/ cd ~/reference/genome/ mkdir pig cd pig wget ftp://...fasta序列文件构建索引对内存的消耗，以及输出文件的大小哦。...-aspera.log 2>&1 & 这个脚本会根据你在EBI里面搜索到的 fq.txt 路径文件，来批量下载fastq测序数据文件。...当然，如果你强行跑流程，也是可以的，结果的生物学解释就比较考验人。 后面的ngs下游流程更精彩： ?
还有就是 ucsc 基因组浏览器网站也提供很多数据下载，另外，一些基因组序列有单独的网站提供数据下载。这些大家在平时要多注意总结。...现在的很多网站内容越来越多，虽然我们知道可以去 NCBI 或者 EMBL 下载物种参考基因组，但是从里面找到数据位置有时候也是比较困难的，拿 NCBI 为例，里面数据实在是太多了，各种数据库，比如你要能区分...–spider 测试下载链接是否可用 -i 从文件批量下载，将下载地址写入文件 –mirror 镜像网站 -r -A 下载指定格式文件 wget 也可以直接输入账户密码访问...第二、选择的数据库要和输入的序列 ID 相一致，不能输入的是核酸序列，下载的数据库选择蛋白的库。 第三、序列 ID 后面不要加空格，另外就是注意一下不同系统中换行符问题。...五、常用生物数据库下载 5.1 基因组下载 下面案例下载人全基因组序列，人全基因组序列分为多个版本，可以从多个站点进行下载。
NCBI 数据下载 NCBI 中数据的下载链接通常为 https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/release/viral/viral.2.1.genomic.fna.gz...:/refseq/release/viral/viral.2.1.genomic.fna.gz . 2.EBI 数据下载 同理，从 EBI 网站下载千人基因组数据 ascp -i ~/.aspera/...release/20100804/ALL.2of4intersection.20100804.genotypes.vcf.gz . 3.批量下载 先将要下载的文件的路径放入一个文件file.lst中，...「主要参数」 ❝-i 免密从 NCBI 或 EBI 下载的私钥，安装完成就有，位于~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 最大下载速度，如 100M...-k 断点续传，通常设为 1 -T 无需加密传输 --host 服务器域名，NCBI 为 ftp.ncbi.nlm.nih.gov，EBI 下载千人基因组为 fasp.1000genomes.ebi.ac.uk
03: hg19基因组序列的一些探究 04: hg38每条染色体的基因、转录本分布 05: 多个同样行列式文件的合并 06: 根据GTF画基因的多个转录本结构 07: 下载最新版的KEGG信息，并且解析好...） 测试数据 hg19基因组序列下载 wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz # 也可以在浏览器上下载...测试数据 1 首先打开KEGG官方网站，网页中展示出了各个物种的分类、拉丁名称、英文名称等信息。 4 2 直接网页中搜索（Ctrl + F）需要下载的物种英文名称或拉丁名。...找到后点击物种名称前的3个字母缩写链接（下图红色框中的位置）。...题目 从gencode数据库里面可以下载所有的gtf文件，编写脚本得到基因的染色体、起始终止坐标如下： [jianmingzeng@gencode]$ head protein_coding.hg19
转录组上游分析—使用iseq下载原始数据、小鼠基因组、单端测序数据处理1 下载rawdata_使用iseq替代prefetch进行数据下载进行数据集GSE105789上游分析的时候，总共才四个数据集，使用...经过大佬指点，尝试使用iseq替代prefetch进行数据下载参考链接：https://mp.weixin.qq.com/s/AVqv07swFvjl6OCnLwwLPAiseq可以直接下载GSE编号，...不用再使用prefetch下载list中的SRA号，而且不需要再通过fastq-dump进行从SRA到fastq数据的转换。...iseq#直接传输GSE编号即可，不用再使用prefetch下载list中的SRA号iseq -i GSE105789 -g 开始还是很快的，可以根据success.log中的内容确定哪些文件是已经成功下载的.../Mapping/hisat2/hisat2.log 2>&1 & done 参考基因组选择小鼠3.1 小鼠参考基因组下载# 下载基因组序列nohup axel -n 20 https://ftp.ensembl.org
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
对象存储
腾讯会议
云直播
