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    “TwoSampleMR”包实战教程之简介与安装

    下面，我将首先介绍TwoSampleMR包的安装 注意，TwoSampleMR这个包是存储在GitHub库里的，所以我们需要使用devtools来安装，具体代码如下： install.packages(...‘devtools’) devtools::install_github(‘MRCIEU/TwoSampleMR’) 上述代码是用来安装最新TwoSampleMR包的，如果你想使用老版的TwoSampleMR...包，只要添加一个版本号即可： devtools::install_github(‘MRCIEU/TwoSampleMR@0.4.26’) 版本号的查询与获取可以通过点击“master”里的Tags来查询...万事开头难，我身边不少小伙伴在安装TwoSampleMR包时出现问题，米老鼠给大家总结了几点原因以及相关解决办法，可以一试： （1）出现网络连接不畅的问题，这可能是你频繁地从GitHub上获取数据，或者是...（3）如果更新一个R包失败的话，先关闭R环境，然后回到原来R包所在文件夹，手动删除该包后启动R重新安装。 上述三点是最常见的问题，希望大家别碰到！

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    不同安装R语言的R包的方法

    当你需要执行特定的统计测试、可视化或其他任务时，你可能会发现相应的功能已经被封装在一个或多个R包中。然而，对于新手或需要一次性安装多个R包的用户来说，这个过程可能会有些繁琐。...以下是两种常见的方法：常用安装install.packages函数是我们常用的安装R包的方式，需要注意的是这些R包必须是在CRAN仓库中，否则安装将会失败。...DESeq2", "gsva"))​# load packageslibrary("DESeq2")library("gsva")还有一类是开发者把未经过CRAN或bioconductor等审核过但存放在如github..., gitlab等开源网站的R包，这类R包可以分别通过devtools或remote包的 install_github 或 install_gitlab等函数安装。...devtools::install_github("HuaZou/MyRtools")remotes::install_github("HuaZou/MyRtools")​devtools::install_version

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    【Debug】如何在MAC上优雅的安装clusterProfiler包

    再早几年Y叔其实都会教你如何安装的，一般开头就会写2条命令和1条注释： install.packages(“devtools") devtools::install_github(“GuangchuangYu...第二个坑是devtools::install_github这个函数需要浏览器开启TLS支持，否则很有可能打不开github的网址，在这里可以检测你的safari有没有打开TLS，https://www.cloudflare.com...好了，打开TLS之后我们才能开始畅通无阻的从Github安装Y叔的包。你以为这样就结束了？...Y叔的github上安装，不过这次Y叔把DOSE包放在了他们团队的github上，所以命令变了，看好兄弟们，是这样滴： devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE"...看到这里，还没被玩残的兄弟，恭喜你，可以放心地run这句话了： devtools::install_github("GuangchuangYu/clusterProfiler") 安装完之后记得再Restart

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    【Debug】如何在MAC上优雅的安装clusterProfiler包——那位Geek开始连载了

    再早几年Y叔其实都会教你如何安装的，一般开头就会写2条命令和1条注释： install.packages(“devtools") devtools::install_github(“GuangchuangYu...第二个坑是devtools::install_github这个函数需要浏览器开启TLS支持，否则很有可能打不开github的网址，在这里可以检测你的safari有没有打开TLS，https://www.cloudflare.com...好了，打开TLS之后我们才能开始畅通无阻的从Github安装Y叔的包。你以为这样就结束了？...Y叔的github上安装，不过这次Y叔把DOSE包放在了他们团队的github上，所以命令变了，看好兄弟们，是这样滴： devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE"...看到这里，还没被玩残的兄弟，恭喜你，可以放心地run这句话了： devtools::install_github("GuangchuangYu/clusterProfiler") 安装完之后记得再Restart

    1.5K20

    R语言入门之R包的安装

    通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...2）如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...函数来进行安装，具体代码如下： install.packages('devtools') library(devtools) install_github('gertvv/gemtc') 这里需要注意的是...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。

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    R语言︱文本挖掘——词云wordcloud2包

    devtools') devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2") 这里我是下载不了，出现以下的报错： Downloading GitHub repo...然后借鉴了博客（ 安装包（上传数据）失败时的解决方法）， library(RCurl) library(httr) set_config( config( ssl_verifypeer = 0L ) )...直接devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2")就可以顺利安装成功了。 问题的关键可能是：jsonlite这个包以及curl中的一些设置。...—————————————————————————————————————————————————————————— 6月12日更新——自定义图片+文字云 从浩彬老师公众号，看到wordcloud2更新了自定义图片形状...install.packages('devtools') devtools::install_github("lchiffon/wordcloud2") 1、自定义图片代码 batman = system.file

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    scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数

    1.包的安装 install.packages(c("devtools", "data.table", "wesanderson", "Seurat", "devtools", "AUCell", "...GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd")) devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0") #Please note...that the version would be v2.1. devtools::install_github("wu-yc/scMetabolism") 2.计算代谢激活分数 subcell_sce...到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入...单细胞专题 | 10.细胞周期分析 单细胞专题 | 11.最新版cellphoneDB细胞通讯分析 单细胞专题 | 12.cellChat细胞通讯代码案例 参考：https://github.com/wu-yc

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    基于单细胞转录组数据评估细胞代谢激活分数

    1.包的安装 install.packages(c("devtools", "data.table", "wesanderson", "Seurat", "devtools", "AUCell", "...GSEABase", "GSVA", "ggplot2","rsvd")) devtools::install_github("YosefLab/VISION@v2.1.0") #Please note...that the version would be v2.1. devtools::install_github("wu-yc/scMetabolism") 2.计算代谢激活分数 subcell_sce...到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入...单细胞专题 | 10.细胞周期分析 单细胞专题 | 11.最新版cellphoneDB细胞通讯分析 单细胞专题 | 12.cellChat细胞通讯代码案例 参考：https://github.com/wu-yc

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