模型出错了，请稍后重试~
Geom_text（）将文本直接添加到绘图中。 geom_label（）在文本后面绘制一个矩形，使其更易于阅读。
另存为csv格式，存储到Rstudio的工作目录下。这边我命名为 example_1.csv
考虑到公众号后台数不胜数的提问其实并不是生物学知识或者数据处理知识的困惑，仅仅是绘图小技巧以及数据转换的困难。所以我们一再强调系统性掌握编程知识的重要性，在这个打基础方面我让实习生“身先士卒”，起码每个人在每个编程语言上面都需要看至少五本书而且每本书都需要看五遍以上，并且详细的记录笔记。
今天是大年初三，想必小伙伴们都放假在家陪着爸爸妈妈，吃着家乡的饭，和家人一起过节，小编在这里给大家拜个年~祝大家新年新气象，新年好运气有福气，工作顺利，身体健康~
关于这个误差bar的添加，主要的问题其实是计算的问题，需要max和min，如果存在分组的问题，那么就需要使用按照分组再计算max和min，然后再在aes中使用。 love&peace
本期开始继续基础图表(柱形图/条形图(bar charts))的绘制推文教程，但在系列绘制之前，我们先介绍下个人较喜欢的一个绘图R包-ggchicklet包，用于绘制带圆角角度的柱形图(Rounded Segmented Column)。主要涉及的知识点如下：
坐标轴重叠是常见的绘图问题，常规的解决方式是增加图形的宽度、降低字体大小、坐标轴文字旋转。还有 2 个新的方式，自动错位排列和隐藏重叠坐标轴。
本来想颜色让你们自己调的发现，还有一个技术点：重叠的颜色ggplot 会变成两种颜色对应的合成色，这样就和legand 中的不符了。这里需要手动替换一下，最终代码如下：
在上一节中[[77-R可视化13-多个ggplot图象映射实现以假乱真的dodge+stack效果]]，我们提到了这张图：
本次内容介绍条形图的绘制，包括基本条形图、簇状条形图、频数条形图、堆积条形图、百分比条形图。
总共4个分组的差异分析，频率为4的基因就是共同的差异表达基因。我们选择3个来显示：
条形图是科研中常用的图，但是有时候可能你会觉得普通的条形图过于平平无奇。还有些时候展示的空间有限，数据却很庞大，这时再用普通的条形图可能就不利于展示信息了。那么要怎么办呢？不如考虑一下使用环状条形图。我们先来看几个关于环状条形图的例子。
ggplot2已经非常好用了，但是大家对美的追求是永无止境的，比如对于坐标轴，有人可能更喜欢base r那种，base r的很多默认图形，坐标轴都是分离的，比如这种：
今日心血来潮，看到一幅制作精良的图表，就想使用ggplot2代码实现，虽然不知道该怎么称呼这个图表，但是能顺利做出来也是很有成就感的！ 加载数据包 library("ggplot2") library("grid") library("showtext") library("Cairo") font.add("myfont","msyh.ttc") 构造图形数据源 mydata<-data.frame( id=1:13, class=rep_len(1:4, length=13), Label=c("Eve
本文将给大家介绍一个ggplot2灰常牛X的可视化扩展包，我将该包主页的包用法介绍整理成中文，分享给大家。 包名叫geofacet，有经验的charter大概能猜出来个大概，没错该包是关于可视化数据中的地理信息，以及维度分面。 作者命名非常讲究，将该包的两个主要核心功能进行组合命名。 地理信息可视化分面，这么吊的包你肯定是第一次看到吧（其实之前介绍过一些地图上的mini 柱形图、饼图等都算这一类），但是这里的分面功能做的更加彻底，作者还是遵循惯例，将这种基于地理信息分面的可视化功能对接了ggplot2,并
今天的推文是昨天推文的延续 跟着Science Advances学画图：R语言ggplot2画柱形图如何让屁股朝右。在昨天的推文中模仿了论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders中的 figure2B image.png image.png 但是有一个细节没有能够实现，就是让坐标轴以上图样子的科学计数法显示，昨天的推文发出后有读者留言了对应的
使用R语言的ggplot2作图，使用geom_text()函数添加文本，因为文本比较长，所以想在文本中间添加一个换行符，这样添加文本后就可以换行显示 image.png 这个是数据 但是使用R语言读取进来的时候为什么会多一个斜杠呢？ image.png 我是win10系统 R语言是4.0.3 我之前好像也这样处理过数据，当时好像没有遇到过这个问题呀 暂时不知道问题出在哪了 查了还没有找到资料 linux系统也有这个问题 image.png 现在想到的办法是只能把这一列数据拆分成两列，读入以后再使
首先我们定义一下什么是攻防一体，在前面的回答中有答主采用的标准是——全明星球员并且入选最佳防守阵容。本篇文章采用的标准是：
先前提到了60-R可视化-8-用ggsignif做统计分析绘图 (qq.com)这个包。
ggplot2是一个神奇的R包，可以将自己的统计数据绘制成想要的图案。从今天起小编计划为各位观众老爷们带来一个ggplot2的系列教程。那么首先呢，大家在可视化自己的科研数据时，最最最常用的就是绘制一个带误差或者显著值的柱状图。
最近科研绘图中，需要解决这么一个需求。如何将下图中的左图（低配版）转化为右图（高配版， x，y 轴分离）。
二者唯一的区别在于，col 的stat 参数是identity。因此如果使用geom_bar 指定stat = "identity"，二者是没有区别的。
分别需要用到legend.spacing.y和legend.spacing.x参数
代码来源的链接是 https://github.com/NearAndDistant/data_science_with_r
https://news.cgtn.com/news/2020-05-08/Beijing-Winter-Olympics-color-system-and-dynamic-graphics-released-QkvJxPsfBu/index.html
其实这个问题在需要有文本标注的图形中经常遇到，在文本数量较多且图形布局较为拥挤时，大部分制作者选择使用图片处理工具如AI等，进行单独的文本添加。
这是position_dodge()的简写形式，它会自动计算需要的dodge宽度。不能设置preserve参数。
配色来源于论文 https://www.nature.com/articles/s41577-022-00707-2 里面图的颜色看起来非常舒服，摘下来作为自己数据可视化作图的备选项 第一个图 image.png 八个配色 library(ggplot2) cols<-c("#88c4e8","#db6968","#982b2b","#0074b3", "#e5ce81","#f47720","#459943","#bdc3d2") dat01<-data.frame(x=LETTE
最近遇到一个问题，如何将ggplot 连续性数据的坐标轴文本，自定义成想要的分类数据，比如1:10 的数值替换成 id1, id2...id10，实现以假乱真的效果。
没有难学的技艺，只有不够辛勤的付出！ 今天这篇文章推送仿的的是网易数独的一幅信息图，内容呈现的是全球各国人民对于养老所持的态度，数据来源于Pew Reserch Centre。 图表整体难度中等，使用
R包的名字是ghibli,查了下这个单词是吉普力工作室的意思，吉普力工作室和宫崎骏之间的关系我不是铁杆粉，我也搞不明白，下面涉及到的几部动画我都同意称为宫崎骏动画了。
一组对照加处理这种实验的差异表达分析结果通常是用火山图来展示，如果是很多组实验的话如何展示，这种情况我之前还没有遇到过。公众号后台有读者留言问到了如下的图
❝本节来介绍如何使用「ggplot2」来绘制镶嵌条形图,下面通过一个小例子来展示 ❞ 加载R包 library(tidyverse) library(camcorder) library(ggtext) 导入数据 incl_gen_2019 <- read_tsv("incl_gen_2019.xls") %>% mutate(OECD = rowMeans(select(., 3:last_col()))) %>% rename(provisions = 1) %>% add_r
整理毕业论文数据的时候，想将RNA-seq上游的一些分析结果可视化，主要是比对和定量的结果，通过图表展示反而没有那么直观，经过一番摸索，最后画出了下面的图。
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05275-y
第一步：准备数据 将数据整理到excel image.png 第一列是变量名 第二列是变量对应的数值 第二步：数据读入使用ggplot2作图 在excel将数据选中复制，然后运行代码 df<-rea
此外，对ggplot 中的字体进行一些设置，但这个family 特有限的，比如Times, Arial 这些比较标准的字体：
经过研究表明，在旅行者的决策过程中，TripAdvisor（猫途鹰，全球旅游点评网）正变得越来越重要。然而，了解TripAdvisor评分与数千个评论文本中的每一个的细微差别是很有挑战性的。为了更彻底地了解酒店客人的评论是否会影响酒店的加班表现，我从TripAdvisor截取了一家酒店 – 希尔顿夏威夷度假村（Hilton Hawaiian Village）的所有英语评论 （Web抓取的细节和Python代码在文末）。
做完转录组差异表达或者其他的一些分析拿到一些基因名称之后下一步通常是做一些注释，比如GO或者KEGG的注释，注释好以后通常是富集分析。如果是研究比较多的物种，可以直接使用R语言包clusterProfiler做富集分析当然是最好，最后可以很少的代码拿到很漂亮的结果图。但是如果是比较小众的物种，没办法借助clusterProfiler这个R包的话,如何得到和clusterProfiler一样的可视化结果呢？今天的推文介绍一下相关的R语言ggplot2作图代码
💡专注R语言在🩺生物医学中的使用 首先是加载R包和数据 library(tidyverse) library(ggtext) library(showtext) showtext_auto() load("E:/R/r-learning/r4ds/000files/df_animals_2.rdata") 主题设置 theme_set(theme_minimal(base_size = 19, base_family = "Girassol")) theme_update( text = elem
我不了解如何加趋势线，调整顺序的话可以设置factor的level，然后建议他研究一下，如果成功的话，可以把经验写出来，我转发一下。
https://github.com/plemey/SARSCoV2origins
今天在找R shiny的教程的时候发现了一幅比较漂亮的散点图，配色很好看，代码记录在这里。
数据是excel存储，读取数据使用R包readxl中的函数read_excel()
今天推文模仿的图片是来自于论文 Landscapes of bacterial and metabolic signatures and their interaction in major depressive disorders。有读者在公众号的后台留言问 论文中Figure2中的A图如何实现 image.png image.png 今天的推文就介绍一下，因为A图的数据较多，我们来模仿B图，过程其实是一样的 image.png image.png 左边两幅图是柱形图叠加误差线还叠加了散点图 最右
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