写在前面 越来越多的研究发现某一个基因的突变和很多的临床特征有关系。如果我们想有查找临床性状和基因突变的关系的话，内容比较全面的就是ClinVar数据库了。...ClinVar 数据库是ncbi旗下用于查看临床相关突变的数据库。但是其数据库的内容比较多，而且检索界面不是很友好。所以经常看不懂其结果。所以今天就介绍一个检索简单的突变和表型的数据库。...通过其名字我们就知道这个是一个简易版的Clinvar数据库。 输入 数据库的输入很简单，我们可以数据疾病；基因名; 突变等。都可以。 我这里输入gastric cancer。...另外数据库也提供了下载的功能。我们点击Show Table就可以看到其下载结果的地方了。 写在后面 以上就是这个数据的所有功能的。输入关键词—界面友好的查看结果。是不是很简单。...一直再说这类汇总其他数据库的资源，最怕的资源更新慢的问题。不过看这个数据库还是经常更新的。所以可以放心使用的
因为TCGA计划跨时太长，纳入研究的病人数量太多， 或多或少有点资料继续错误或者不完整，所以TCGA团队下功夫在计划结束后（April 2018）完整的系统性的公布了权威的临床资料。...看起来是乱码，但的确是真实的下载地址：https://api.gdc.cancer.gov/data/1b5f413e-a8d1-4d10-92eb-7c4ae739ed81 题外话：关于不同数据源的TCGA临床资料冲突的讨论
科研统计绘图软件 01 | SPSS 20 它的主要功能就是数据录入、管理、统计分析、图形绘制等，并且软件本身以及功能方面也还在不断完善、同时使用方法非常简单，临床科研新手必备。...针对该软件，小编写了两期手把手实操的推文，请点击链接： 一文搞定临床常用统计---再也不用找人做统计分析了（上） 一文搞定临床科研统计(下） SPSS视频操作教程及软件，需要的后台回复“1”，获取下载链接...今天小编为大家简要介绍EndNote的使用教程，本文以最经典的EndNote X7版本来介绍，主要从EndNote X7的安装与界面、数据库建立、文献管理、参考文献格式编辑四个方面介绍。...图片处理软件 01| Photoshop CS6 Photoshop CS6简体中文版集图像扫描、编辑修改、图像制作、广告创意，图像输入与输出于一体的图形图像处理软件，临床科研PS必备。...质粒绘图软件 01 | Winplas 是一款非常好用且功能强大的质粒绘图软件，属于专业的生物学软件，软件体积小巧，简单易用，只需要两分种便可以上手操作，主要用于各种论文和教程的质粒插图操作，后台回复“
一、人群SNV频率数据库 数据库名称 网站 简介 dbSNP https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/ dbSNP 包含人类单核苷酸变异、微卫星和小片段插入和缺失，以及常见变异和临床突变的发表...三、表型数据库 数据库名称 网站 简介 GeneReviews http://www.genereviews.org/ GeneReviews 是为忙碌的临床医生提供的国际即时护理资源，以标准化的期刊样式格式提供与遗传病相关的临床相关和医学上可操作的信息...五、预测软件数据库 错义预测 数据库名称 网站 简介 SIFT http://sift.jcvi.org或http://sift-dna.org 进化保守性 PolyPhen-2 http://genetics.bwh.harvard.edu...DECIPHER https://www.deciphergenomics.org/ 使用Ensemble基因组浏览器，将基因芯片数据和临床表型进行关联，便于临床医生和研究人员使用的细胞分子遗传学数据库...七、其他数据库 数据库名称 网站 简介 Pharmgkb https://www.pharmgkb.org/ PharmGKB是一个综合资源，为临床医生和研究人员管理有关基因变异对药物反应影响的知识。
国际顶级学术期刊 Nature Biotechnology 以《纳米孔上的临床宏基因组学》（Clinical metagenomics on a nanopore）为封面，刊登了英国东安格利亚大学 Justin...据悉，为了能够准确、快速地识别细菌病原体，研究团队开发了一种能够从临床样本中去除多达 99.99％的宿主核酸的流程，并在便携式 MinION 测序仪上开展了实时的检测和分析。...该团队在 40 个临床呼吸道样品上进行初期测试，在另外 41 个样品上进行了优化和测试。与培养法和 PCR 相比，优化的流程具有较高对病原体鉴定的敏感性（96.6％）和临床特异性（41.7％）。...文章地址： https://www.nature.com/articles/s41587-019-0156-5 1.2 文章详细解读 宏基因组公众号文章《NBT 封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染...filter.fq.gz #统计过滤前后数变化 seqkit stat /data/PRJEB30781/P10.fastq.gz P10.filter.fq.gz 将过滤完的数据，使用 centrifuge 软件进行比对
对作者是如何从307个early-stage cervical cancer (CESC)病人中根据临床信息挑选出145个病人的过程有些疑惑。下面是原作者筛选样本的标准。 ?...首先我们要从TCGA中下载CESC的临床信息，在TCGA中搜索CESC，选择TCGA-CESC。 ? 选择miRNA样本，点击307这个超链接。 ? 任意选择一个样本，点击进入。 ?...点击Download下载，里面就包含所有样本的临床信息 ? 解压到当前文件夹 ?...更多临床信息解读可以参考肿瘤TNM分期。 ? ? 这就和原文中的表1中的数字相同了。 ? 接着我们检查一下相应的Tumor Grade样本数是否正确。
在这个大数据的时代，有成千上万的数据，建立数据库软件是非常有必要的。急要对数据进行合理的分配和管理，这样既有利于数据利用时很方便，也有利于数据共享。...毕竟一个数据自己慢慢分类也是非常浪费时间的，所以能够运用数据库软件是非常重要的。...image.png 一、数据库软件怎么安装 一个大型的数据库软件，许多初学者在刚开始使用时，都会感到非常的陌生，不知道如何安装？...安装好该软件之后要记得设置好功能选择等方面，还要选择好自己要存的磁盘。 二、为什么要用数据库软件 因为如果不是用数据库软件，大量的数据堆积在一起，会很乱。...综上所述，使用数据库软件是非常有必要的，是经过这么多年，不断的实践与发展，最终取得的一个成果。并且对于需要时时运用数据的人来说，是非常方便的，不用再像之前那样子，存储麻烦，用也麻烦。
今天继续和大家分享一篇临床预测模型文章，同样是基于SEER数据库的一篇预测模型，于2019年11月发表在Annals of Translational Medicine（IF=3.689）上。...of prognostic nomogram for young patients with gastriccancer 标题：建立并验证青年胃癌患者预后的预测模型 文章总体概览： 作者通过检索SEER数据库...同时，作者利用X-tile软件确定了Age和Size的最佳截断值，并将患者分为根据截断值将患者分为3组。...DCA结果 笔者总结：本文通过SEER数据库建立了青年胃癌患者OS和CSS的预后预测模型，并进行了验证。通过统计学分析+R语言技术建立了临床适用性较强的Nomogram。...此外，对于X-tile这个软件可能很多人也很陌生。笔者初次接触此软件后爱不释手，其对于生存分析的相关资料处理具有极大的作用。
大家好，本节简单介绍下Access数据库软件的界面，已经有一定基础的可以跳过这部分内容。...首先启动Access数据库软件，进入首界面，主要是提供创建数据库的导航，可供选择空白数据库、WEB数据库或者模板等。 通常选择空白数据库，自行选择一个本地的路径来创建数据库，之后就可以进入工作界面。...如下图所示： Access数据库的工作界面，与其他Office系列的软件的界面比较类似，主要有三大块组成，上部分由命令选项卡和对应的功能区组成，左侧为导航窗格，中间是数据库对象工作区。...一、选项卡和功能区 命令选项卡主要包括文件、开始、创建、外部数据、数据库工具等。同时也有上下文命令选项卡。（Office系列软件中选项卡的操作基本相同，只是功能有区别。）...---- 今天下雨 本节主要是简单认识Access数据库的界面，整体界面和其他Office软件类似，主要是功能上的不同，后续会按照不同的数据库对象来深入介绍，祝大家学习快乐。
前面我们已经给大家介绍过TCGA数据库中样本barcode的详细组成：TCGA样本barcode详细介绍，现在我们来看看如何将基因表达矩阵与样本临床信息进行合并，方便后续做 比如生存分析，基因在不同样本分期...tcga_mrna_fpkm_symbol1, file = "tcga_mrna_fpkm_symbol.xls",row.names = F,sep = "\t",quote = F) 接着下载样本临床信息...################################################################## ########################## 3.批量下载临床数据...先看看各自的样本ID名，根据前面的介绍《TCGA样本barcode详细介绍》，可以看到 表达矩阵里面的是样本ID，临床信息中是patient ID，一个病人可能会取多个样本，比如同时存在正常样本与肿瘤样本...TCGA-AN-A04A-01A-21R-A034-07" # [5] "TCGA-A7-A13D-01A-13R-A12P-07" "TCGA-BH-A201-01A-11R-A14M-07" # 临床信息
Centrifuge 是一款快速有效的宏基因组物种组成分类的软件，采用了结合 BWT 变换（Burrows-Wheeler transform，BWT）和 FM 索引（Ferragina-Manzini...Centrifuge 目前是纳米孔官方分析平台 EPI2ME 中 WIMP 模块采用的软件。...centrifuge 的数据库建库比较麻烦，所以可以选择一些公共数据库。...download=1 2.3 建立自己的索引 1、NCBI refseq 数据库 如果想要自行建库也可以，首先下载 NCBI ref 数据库，例如全部细菌基因组，古细菌基因组以及病毒基因组...#下载 ncbi 数据库 .
chronic myeloid leukaemia [CML])：BCR-ABL1 fusion
今天我们来用R获取感兴 趣的癌症的临床信息，其中就可以找到我们上次讲到的TNM分期信息。...#加载TCGAbiolinks包 library(TCGAbiolinks) #下载TCGA-CHOL这个项目相关的临床信息，这个项目是胆管癌 clinical <- GDCquery_clinic(project...= "TCGA-CHOL", type = "clinical") #将下载到的临床信息写入到clinical.csv文件中 write.csv(file="clinical.csv",clinical...) > dim(clinical) [1] 51 158 一共得到51个样本的临床信息，一共有158条临床信息，他们分别是 > names(clinical) [1] "submitter_id
净收益考虑了模型在某个阈值下的灵敏度（True Positives）与特异性（False Positives），提供了一种可以用于临床实际决策的量化指标。
实验室数据不断刷新记录的Google Health，最近公布了一项临床诊断试验结果。 不理想。 ? 不仅诊断结果不一致，而且实际操作方法和在实验室里压根不一样。...没想到，落到临床试验，却失败了。 这大概就是理想与现实的差距吧。理想有多丰满，现实就有多骨感。 像极了我们在大学实验室里做实验的样子。 ?...为了验证算法的性能，他们还使用了2个独立的临床试验数据集，包括1.2万幅图片，审核结果由专家来判决。...临床试验很“骨感” 这个项目主要是在泰国展开，与泰国公共卫生部门合作，在泰国巴吞他尼省和清迈省的11所诊所安装了这个深度学习系统。...同时，也给谷歌这种勇于“正视淋漓的临床结果”的态度，点个赞。 毕竟这个行业里，报喜的多，吹哨的少。 也提醒我们，医疗AI，没那么简单。
数据呈现：Be和Pro可以很好地区分HCC 与肝炎和肝硬化，其联合诊断的灵敏度和特异性要远优于目前临床使用的肝癌诊断指标AFP，尤其在AFP表达阴性的HCC患者中，诊断准确性为92%，具有很好的临床应用前景...启示：无论在做代谢组学还是蛋白质组学，当筛选到差异代谢物/蛋白质时，一定要和传统临床指标/传统危险因素进行校正。
临床试验终点（End Point）服务于不同的研究目的。在传统的药物的研发中，早期的临床试验目的是评价安全性以及药物的生物活性，如肿瘤缩小。...后期的有效性研究通常评价药物是否能提供临床获益，例如生存期延长或症状改善等。 让我们一起来看看常用的临床试验终点都有什么区别以及优缺点。...药物上市申请时如果采用基于肿瘤测量的临床试验终点作为有效性的唯一证据，那么通常应提供来自第二个试验得到的确凿证据。...PFS 的改善包括了「未恶化」和「未死亡」，即间接和直接地反映了临床获益，它取决于新治疗与现治疗的疗效/风险。...因此，在临床试验设计中，「肿瘤进展」的标准必须要进行明确的定义，还包括 PFS 的评估、观察、分析方法，随访和影像学评价必须是均衡的，最好有一个由影像学专家和临床专家组成的处于盲态的独立裁定小组进行。
提到基因检测，前几年，临床医生在向患者推荐时还心存疑虑，而近两年，基因检测已成为癌症诊疗的标准动作，基本上每一个癌症患者都有一套自己的基因检测报告。不得不说，一个患者一套方案的个体化诊疗时代已经到来。...利用各种方法，把这些变异的基因找出来，仔细分析，可以协助临床诊断、指导治疗选择、辅助监测疾病复发和耐药、预估生存期等。
library(tidyverse) 2.利用AnnoProbe下载GEO数据库中的数据 以GSE14520数据系为例： gset=AnnoProbe::geoChina('GSE14520') 运行后...，会得到一个叫做“gset”的对象，它是”list“数据类型 3.提取表达矩阵和临床信息 exprset 临床信息 gset[[1]] 的意思是，从gset这个对象中提取第一列数据。...提取第二个平台的表达矩阵 expMatrix <- cbind(expMatrix1, expMatrix2)#两个表达矩阵合并为一个总矩阵 pdata1 临床数据...pdata2 临床数据 那么如何判断你下载的这个GSE是有几个GPL呢？
作者，Evil Genius最近听美国人指挥，构建临床解读数据库，当然之前分享过数据库，文章在NGS基因测序（panel）报告解读数据库汇总 从工作的态度上看，我现在理解为什么科研人员都喜欢待在美国了。...1、CIVIC：免费开源的肿瘤突变位点临床解读数据库CIViC数据平台的全称是:Clinical Interpretation of Variants inCancer。...跟美国JAX数据库人员聊的时候发现确实美国科研人员十分的严谨，绝对是在完全掌握用处目的之后才会考虑是否将数据库提供给我们服务。当然了，我们这边主要是爬取数据库信息用于商业，这是对方严厉禁止的。...3、My Cancer Genome数据库数据库提供了癌症相关基因及特定癌症相关基因突变和临床相关性的最新信息，以及相关抗肿瘤药物类别、靶点和名称等信息，并且还收录了FDA批准或正在进行的临床试验，美国人特别推崇这个数据库...特点优势：为医生、病人、相关研究者提供了一个精准的肿瘤医学知识库实时更新肿瘤形成和发展的关键突变信息，以及相关治疗影响，包括目前的临床试验快捷搜索、匹配肿瘤突变和治疗的信息，辅助临床治疗数据来源：查询方面包括临床试验
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