四、下载数据库的几种方法 4.1 数据库下载方法选择 数据库的下载比较容易，最重要的就是找到数据库的下载地址即可。 如果你想要下载数据，首先要明确三个问题。...另外还有一个问题就是数据的权限，有些网站数据库是完全公开的，找到链接就可以下载，比如 ncbi，embl，ucsc 这种数据库，还有一些是需要注册才能够下载的，一般还要求是教育域名的邮箱才能注册，比如...还有一些数据库是收费的，只有付费用户才能够下载使用，比如 kegg 数据库等。...第三：选择合适的工具 当你千辛万苦找到数据库下载链接之后，那么接下来就可以开始下载了，选择合适的下载工具也非常重要。...五、常用生物数据库下载 5.1 基因组下载 下面案例下载人全基因组序列，人全基因组序列分为多个版本，可以从多个站点进行下载。
背景 因为annovar默认的脚本下载数据库，总是中断，所以我选择用wget 下载 方法 比如想下载hg19_gwava数据，那么需要下载原始txt数据和idx文件，路径如下 http://www.openbioinformatics.org...download/hg19_gwava.txt.gz http://www.openbioinformatics.org/annovar/download/hg19_gwava.txt.idx.gz 下载之后再解压就好了...，像refGene（没有idx文件)这些都可以参照上面的下载下载 最后附上annovar可以下载的数据库的名称说明：https://annovar.readthedocs.io/en/latest/user-guide
下载XLS表格方式： 前置： 需要安装xlwt模块 views ： def export_users_xls(request): response = HttpResponse(content_type...columns[col_num], font_style) # Sheet body, remaining rows font_style = xlwt.XFStyle() # 获取数据库数据...export_users_xls, name='export_users_xls'), 前端页面： Export all users 下载
ENA数据库：European Nucleotide Archive：隶属EBI (European Bioinformatics Institute)，由 EBI 负责维护，优点是可以下载fastq文件...网址：https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/ 如下载的项目编号：PRJEB29049 ?...image.png 找到所有要下载的文件格式和需要的信息，打钩 ? ? 可以下载含有文件下载链接的TSV文件，文件不多的话也可以直接下载。 包含下载链接的TSV文件如下 ?
背景 一些分析需要与数据库进行比对，例如 blast 比对，物种分类鉴定等，这里我们下载两个数据库，一个是 NCBI 提供的一个用于 blast 比对的新冠病毒库，另外是利用 centrifuge...一、blast 比对数据库 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/Betacoronavirus.00.tar.gz wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov...解压使用 tar -zxvf Betacoronavirus.00.tar.gz 循环解压 for i in *.tar.gz;do tar -zxvf $i;done; 二、物种分类数据库...该数据库包含人类全基因组，病毒基因组以及 106 个新冠病毒基因组，不包含细菌基因组序列，这样比对速度更快，结果更加简单。...download=1 tar -zxvf h+v+c.tar.gz 这样的话，我们前面的准备工作就做好了，下载了参考序列基因组和测序数据，用了数据库，软件也安装完毕。
在上周的文章KEGG数据库不会下载？了解下API！里，我介绍了基于KEGG API来获得所有基因的id，并通过wget遍历所有id来get基因的序列。...对计算机比较了解或已经尝试过的朋友可能会意识到，虽然KEGG数据库整体并不是很大（原核生物大概5G），但是反复访问API地址耗时甚长！基于国内高校网速现状，全部下载可能需要长达数月甚至一年的时间！...需要注意这里的耗时主要来源于反复访问KEGG API地址而不是下载数据本身，假如可以减少访问次数，那么就能大大缩短KEGG数据库下载时间。...年），而且该数据库支持批量数据下载，其数据库的基因组物种名以及gene id与KEGG是一致的，其FTP地址为ftp://ftp.cbi.pku.edu.cn/pub/KOBAS_3.0_DOWNLOAD...gene id而并没有基因注释信息，如果只想注释KO的话可以根据该序列比对，然后基于文章KEGG数据库不会下载？
MongoDB的下载与安装 下载MongoDB 下载地址：https://www.mongodb.com/download-center/community ?...use admin db.shutdownServer() db.runCommand(“shutdown”) MongoDB的用户与权限管理 Mongodb作为时下最为热门的数据库，那么其安全验证也是必不可少的...，否则一个没有验证的数据库暴露出去，任何人可随意操作，这将是非常危险的。
二、MongoDB数据库下载： 1、官方下载地址： https://www.mongodb.com/try/download 在这里根据自己的需要，选择下载对应系统的MongoDB数据库版本...然后点击 Download按扭后，进入下载页面： 注：进入上面这个下载页面后，会自动开始下载！！！（如没反应就F5 刷新一下当前页面，由于是外网，所以就耐心点吧！）。...2、其他下载方式：除了上面的下载方式以外，也可以试试下面的下载链接！！...MongoDB Windows系统64位下载地址：http://www.mongodb.org/dl/win32/x86_64 MongoDB Windows系统32位下载地址：http://www.mongodb.org.../dl/win32/i386 MongoDB 全部版本下载地址：http://www.mongodb.org/dl/win32 三、MongoDB数据库的安装： MongoDB的安装非常简单，在下载完成后
Human Genome Research Institute (NHGRI, 国家人类基因组研究所) 合作建立的癌症研究项目，通过收集整理癌症相关的各种组学数据，提供了一个大型的，免费的癌症研究参考数据库...下载方式多种多样，在我之前的教程介绍了有官网下载；TCGAbiolinks下载；firehose下载。这一次的学习笔记，主要是写用python快速下载TCGA数据库相关数据。...我自己尝试后的优点是：快速（大概三分钟就可以下载完毕）；下载的数据与官网GDC下载的相同。 -#下载mRNA/lncRNA表达矩阵
客户端命令行工具根据文件附属的：https://gdc.cancer.gov/files/public/file/PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_1.txt 文件来下载下面的文件...已经给出了mainfest 文件：https://gdc.cancer.gov/files/public/file/PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_1.txt 首先下载和安装.../gdc-client download --help 使用gdc客户端工具下载PanCan-panimmune_Open_GDC-Manifest_1.txt 里面的文件 cd ~/biosoft
TCGA官网：https://portal.gdc.cancer.gov/ 至于使用教程，可阅读之前的文章：TCGA数据库使用教程。...关于下载的方式很多，也可以参考差异分析的视频，特别是R包(R语言课程），后续会不段深入介绍，不过这里，我们介绍网页在线下载后自己处理数据。 网页筛选条件，Flies栏按下图筛选： ?...下载后的2个文件： ? 我们解压压缩包后，就可以是很多文件夹： ? 每一个文件夹中的txt文件就是一个病人的数据。 ?...此外，TCGA数据库中处理直接下载的miRNA-Seq之外，Gene Expression Quantification里面的RNA-Seq数据中也有非编码RNA的数据，比如lncRNA等。...我也把TCGA数据库33个Project的RNA-Seq转录组数据都处理好了，后续会介绍怎么处理
详细的说明万方数据库，文献下载的准备 终于根据爬虫获取 js 动态数据 （万方数据库文献下载） 一文提示，我提取出了动态的url 获取下载的链接的url def getdownurl(url):...get_html(geturl).text print() sucurl=re.findall(re1,text) print(sucurl) return sucurl[0] 下载所有的...text=get_html(url).text title=re.findall(re0,text)[0] print("下载...sucurl) return sucurl[0] def get_pdf(url,title): text=get_html(url) path="/home/dflx/下载.../万方数据库/深度学习/"+title+".pdf" with open(path,'wb') as f: f.write(text.content) print("successf
目前大多数的tsRNA数据库基本上都没有提供数据下载的接口，比如 tRFdb：http://genome.bioch.virginia.edu/trfdb/ 官网如下： image-20230708124006708...此数据库主要使用GEO与NCBI SRA数据库的small RNA high-throughput sequencing data进行tsRNA鉴定，提供了八大物种： Rhodobacter sphaeroides...目前数据库可以提供以下几种查询方式：tRF类型，tRF ID以及一段序列。...image-20230708125449480 此次，我们的目的就是从这个数据库里以Human为例，把数据库中的tRF ID与Sequence提取下来。...out_file, row.names = F,sep = "\t",quote = F) 结果如下： image-20230708154152626 此外，tRF-3与tRF-1的结果也可类似，愉快的下载下来了
不同于NR、NOG、COG等数据库，KEGG是收费的，似乎不提供数据库的开源下载，这使得大批研究者只能借助一些在线工具。...目前可以肯定的是，KEGG数据库并不提供免费、批量的蛋白序列下载，其官方提供在线分析工具BlastKOALA（https://www.kegg.jp/blastkoala/）等可用于KEGG数据库的注释分析...事实上目前代表性基因组里面只有50%左右的gene功能比较明确并有对应的KO，我们不能只下载有KO的gene，那样比对有很大的偏差。如何下载所有的gene？...genome列表中还给出了每个物种的taxid，可以根据该taxid筛选特定类群的物种，这样下载更加快速。...例如全部的KEGG gene有2800万个，而原核生物的大概只有1300万个，接下来我们根据gene id下载序列。
好久没有写TCGA数据库教程了，因为TCGA计划早在2017年就陆陆续续停止了，我那个时候写了几百个教程并且录制了视频。...install("TCGAutils") library(curatedTCGAData) library(MultiAssayExperiment) library(TCGAutils) 首先查看TCGA数据库有哪些数据...联网下载数据 可以使用 dry.run 控制是否真的下载，因为如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵，会耗时很长。...//accmae_sampleMap.csv" 实战 比如提取TCGA数据库的BRCA数据集的TNBC亚型的表达量矩阵。 前面我们提到过，如果是下载甲基化信号值矩阵或者表达量矩阵，会耗时很长。...如果是去ucsc的xena浏览器下载，是一个130M左右的压缩包文件。
我前面有一篇介绍TCGA数据库中miRNA数据的下载与整理的文章【TCGA数据库：miRNA数据下载与整理】，在这篇文章中，我们下载的数据是 miRNA Expression Quantification...TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例】，但是现在这个包下载数据是真的感人，完全看GDC的心情，而且下载很慢，所以我是自己下载数据处理，我也发了自己下载提取数据进行差异分析的文章【一文就会TCGA数据库基因表达差异分析...】，当然还有GDCRNATools包【TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析】。...如果你想偷懒，那么你可以在一些数据库中直接下载，比如：GDAC Firehose数据库，以及UCSC数据库【UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节】，但从UCSC下载的数据和我们前面处理的一样，是...代码在文章【TCGA数据库：miRNA数据下载与整理】，以前付费过的，你回复文章中的关键词，重新获取。
我们马拉松授课有个小伙伴问 arrayexpress 数据库的文件如何下载，因为我们给大家演示的使用 GEO 数据库下载的帖子比较多，这就来看看！...arrayexpress 数据库的官网为：https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress 首先，让人工智能大模型给我们介绍一下arrayexpress数据库...简单学习一下这个数据库的背景知识，问kimi：介绍一下arrayexpress数据库，它与GEO数据库相比有什么不同？...标准的数据库。...这里数据库给了三个平台的下载方式，我这里选择使用服务器进行下载，选择如下： 得到下载命令文件 E-MTAB-11948-unix-aspera.sh，文件内容如下： ascp -P33001 -i "
提问如下： 首先，我检索了一下相关资料 使用关键词在微信搜索中查找：MSigDB数据库糖代谢相关基因。...： 我们当然可以直接下载这个文章的附表 table2，但是 MSigDB 数据库在 2024 年进行了一次大更新，见文章：获取msigdbr数据库中的基因集失败是什么原因？...先将整个库下载下来，文件不大不到30M： library(clusterProfiler) library(org.Hs.eg.db) library(GSEABase) ## === 所有通路 geneset...ignore.case = T),] str(geneset_select) as.data.frame(table(as.character(geneset_select$term))) 网页版本查找下载...可能还有一些基因集名字中没有这个关键词但是具有糖代谢相关功能，看下面的方法，得到文件：genesets.v2024.1.Hs.gmt，具有 22 个基因集，比上面的文章中多一个： 读进去R看看： ### 网页下载
void DownloadImageByAddress(string saveAddress, List matQueues) { // 下载图片
） 若要下载需要使用官方提供的小工具：GDC Data Transfer Tool。...---- 常用下载方式 （1）官方下载方式 TCGA官网的data-portal: portal.gdc.cancer.gov 优点：数据最全，更新最快 缺点：下载速度慢，不利于进一步分析。...（2）Firehose网页下载方式 Firehose服务器：gdac.broadinstitute.org 优点：这里的数据经过了简单的合并，将每种癌症相同类型的数据合并到了一个文件中，下载方式最简单且可以直接下一步分析...（3）使用R包的下载方式 R包包括TCGA-ASSEMBLER 、TCGA2STAT、GDCRNATOOLS等。...TCGAbiolinks是一个基于GDC提供的API访问GDC中TCGA的数据，并可以通过调用gdc-client下载数据，还可以对下载的数据进行整合和分析的R软件包。
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