腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生信技能树-R
专栏成员
举报
21
文章
29711
阅读量
16
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章(21)
linux(12)
r 语言(9)
搜索文章
搜索
搜索
关闭
表达定量
linux
表达定量 两个软件 featureCount,SalmonfeatureCount 常用参数图片cd $HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Expression/featureCounts## 定义输入输出文件夹gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gzinputdir=$HOME/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2/# f
用户10412487
2023-05-18
396
0
转录组数据分析-比对
linux
Ensembl:www.ensembl.org #用得最多数据库完善有基因对应的ID
用户10412487
2023-05-09
558
0
转录组数据—质量控制(数据质量评估,过滤低质量)
linux
·fastqc后报告结果带有fastqc结尾的文件,html为主要质控报告,网页版本,使用浏览器打开;zip里面是表格或者图片等
用户10412487
2023-04-19
1.3K
0
转录组数据分析- Raw data
linux
图片 转录组概述 图片 图片 图片 图片 图片 图片 图片 上机测序完成之后得到的测序数据为FASTQ文件 图片 Linux 复习 图片 准备工作-目录管理 图片 # 进入到个人目录 cd ~ ## 1.建立数据库目录:在数据库下建立参考基因组数据库,注意命名习惯:参考基因组版本信息 mkdir -p database/GRCh38.105 ## 2.建立项目分析目录 mkdir project cd project mkdir Human-16-Asthma-Trans # 注意项目命名习惯:物种-
用户10412487
2023-04-10
814
0
Linux-shell 脚本
linux
vim编辑器 复习pic1 图片 ·shell脚本为了之后可以看出使用shell写的后面加上后缀 .sh shell脚本解释器(shebang) pic2 图片 shebang扩展:如何解决不同的平台
用户10412487
2023-04-04
1.6K
0
Linux 脚本-echo for while if
linux
• 环境变量:用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量 • 状态变量:用于记录命令的运行结果
用户10412487
2023-04-04
5.3K
0
Conda安装与使用
linux
·conda env export envname > env.yml (可跨平台,不同系统)
用户10412487
2023-04-04
996
0
Linux-文本编辑 awk
linux
awk pic1 图片 awk '{print $9$10}' ar402 09:16:06 ~ $ less -S Data/example.gtf | awk '{print $9$10}' | head gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223972"; gene_id"ENSG00000223
用户10412487
2023-04-03
1K
0
Linux -文本处理 sed
linux
sed (pic1) 图片 sed 例子 Mar402 10:42:55 ~ $ cat Data/readme.txt Welcome to Biotrainee() ! This is your personal account in our Cloud. Have a fun with it. Please feel free to contact with me( email to jmzeng1314@163.com ) (http://www.biotrainee.com/thread-137
用户10412487
2023-03-29
1.3K
0
Linux -文本处理 grep
linux
grep (pic1,2)图片图片抓取单词 grep -w$ less -SN Data/example.gtf | grep 'gene'$ less -SN Data/example.gtf | grep -w 'gene' #按照单词gene抓取区别看 pic3$ less -SN Data/example.gtf | grep -w -e 'gene' -e 'exon' #多个关键词的抓取 加上-eeMar402 09:29:52 ~$ vim file #创建一个文件,把所有要抓取的关键词都写里
用户10412487
2023-03-29
778
0
Linux 文件格式fasta/fastq/gff/gtf
linux
fasta pic1 图片 fastq pic2 图片 gff pic3,4 图片 图片 gtf pic5,6 图片 图片 按列隔开 column -t | less -S 不自动换行 pic7 less -SN example.gtf | column -t | less -S 图片 -----来自生信技能树----
用户10412487
2023-03-28
4.5K
0
Linux-基础
linux
·输入exit退出termius (快捷键controlcontrol+D) 按上键重新登陆
用户10412487
2023-03-28
1.8K
0
Linux-vim编辑器
r 语言
替换 %s/被替换/替换为/g (%s/A/a/g)把所有的A替换为a (///可以换成其他的符号,只要是一样的三个字符就可以)
用户10412487
2023-03-28
1.1K
0
富集分析-KEGG/GO
r 语言
是系统分析基因功能、基因组 信息数据库,它有助于研究者把基因及表达信息作为一个整体 网络进行研究,以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。
用户10412487
2023-03-28
2.3K
0
Learn R GEO
r 语言
·上下五条线的意思 中间的又黑又粗的—中位数;上下两条线是最大值和最小值;方框的上下两条线是75%和25%(四分位数);在外面的点-离群点
用户10412487
2023-03-28
1.1K
0
R包下载
r 语言
options("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")cran_packages <- c('tidyr', 'tibble',
用户10412487
2023-03-28
305
0
Learn R1 1-2
r 语言
(x <- c(1,3,5,1)) #用()直接括起来 空格和减号都是特殊字符 不要随意用
用户10412487
2023-03-28
384
0
Learn R 专题1-3
r 语言
图片 专题1 玩转字符串 图片 检测字符串长度 代码1 str_length(x) if(!require(stringr))install.packages('stringr') library(stringr) x <- "The birch canoe slid on the smooth planks." x [1] "The birch canoe slid on the smooth planks." str_length(x) [1] 42 ### 1.检测字符串长度,包含空格和符号 le
用户10412487
2023-03-28
1.5K
0
Learn R 画图1-3
r 语言
R包下载设置镜像 >options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #安装R包 >if(!require(ggplot2))install.packages('ggplot2',update = F,ask = F) >if(!require(ggpubr))install.packages('ggpubr',update = F,ask = F) >if(!require(eoffice))install.packa
用户10412487
2023-03-28
732
0
Learn R 函数和R包
r 语言
函数与参数 形式参数与实际参数 形式参数99%可以删除 图片 命名新的函数 > jimmy <- function(a,b,m = 2){ + (a+b)^m + }。#命名jimmy这个函数,自己设置 m=2是默认值 > jimmy(a = 1,b = 2) [1] 9 > jimmy(1,2) #省略写法 [1] 9 > jimmy(3,6) [1] 81 > jimmy(3,6,-2) #更改m的值 有2改为-2 [1] 0.01234568 图片 复习:绘图函数plot() par(mfrow
用户10412487
2023-03-28
1.4K
0
点击加载更多
社区活动
【纪录片】中国数据库前世今生
穿越半个世纪,探寻中国数据库50年的发展历程
立即查看
Python精品学习库
代码在线跑,知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客,速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档