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小叮当生信学习笔记

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GEO表达芯片数据分析

数据分析 geo 可视化数据芯片

---title: "GEO表达芯片数据分析"output: html_documentdate: "2023-03-20"---关于该流程代码的说明：（1）本流程仅适用于GEO芯片表达数据，以"GSE56649"为例（2）先在GEO数据库中确定是否为"Expression profiling by array"，不是的话不能使用本流程！（3）注意需要自行修改或判断的代码一般放在了两个空行之间（4）代码的注释有一丢丢多，目的是为了更好地帮助大家理解1.下载数据，提取表达矩阵、临床信息和GPL编号rm(lis

2023-03-23

3.2K1

R包的三种安装方法

打包网站 date 函数镜像

---title: "R包的三种安装方法"output: html_documentdate: "2023-03-11"---R包可以理解为是多个函数的打包存放，R语言中特定的分析功能需要用相应的R包实现，那么R包应该怎么安装呢？这里主要介绍3种常见的安装方式。1.下载前我们可以先设置镜像网站加快R包的下载速度，再安装R包清华镜像http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor/

2023-03-22

1.8K0

可以用来自己写函数的function函数

document function 函数设计数据

--- title: "可以用来自己写函数的function函数" output: html_document date: "2023-03-11" --- 我们在学习R语言的过程中需要学习、使用各种大神已经写好的函数，那我们能不能也写出一个属于自己的函数呢？使用function函数就可以轻松做到！ 1.function函数的简介——写函数的函数 # 我们想要求两个数的平方，可以设计以下函数 jimmy_sq <- function(a,b,m = 2){ (a+b)^m

2023-03-22

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数据框取子集、修改和连接的方法

date document merge title 连接

title: "数据框取子集、修改和连接的方法" output: html_document date: "2023-03-18" 先生成一个数据框df1作为示例数据框 df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change = rep(c("up","down"),each = 2), score = c(5,3,-2,-4)) df1 ## gene change scor

2023-03-18

1.7K0

R语言常见的内置数据

html date document output title

---title: "R语言常见的内置数据"output: html_documentdate: "2023-03-09"---在学习R语言的过程中，合理运用内置数据可以帮助我们更好地学习，下面介绍几种不同数据类型的内置数据1.数据框x <- irisx## Sepal.Length Sepal.Width Petal.Length Petal.Width Species## 1 5.1 3.5 1.4 0.2 s

2023-03-18

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向量取子集和元素的修改方法

html date document output title

---title: "向量取子集和元素的修改方法"output: html_documentdate: "2023-03-09"---1.向量取子集的方法——用"[]"中括号取子集（1）按照逻辑值取子集：中括号里是与x等长且一一对应的逻辑值向量将TRUE对应的值挑选出来，FALSE对应的值丢弃x <- 8:12x[x==10]## [1] 10x[x<12]## [1] 8 9 10 11x[x %in% c(9,13)]## [1] 9（2）按照位置取子集：中括号里是单独的下标或由下标组成的向量x <

2023-03-18

6520

对"%in%"的理解

html date document output title

---title: '对"%in%"的理解'output: html_documentdate: "2023-03-08"---1. x %in% y(1)指的是x的每个元素在y中存在吗？(2)返回的是长度与x相等的逻辑值向量(3)一般x是总体（大），y是筛选指标（小），运用%in%可以从x中筛选出符合y条件的元素x = c(1,3,5,1)y = c(3,2,5,6)x %in% y ## [1] FALSE TRUE TRUE FALSE(4)x %in% y返回的逻辑值个数与%in%前面的向量元素

2023-03-17

5480

R语言中的循环补齐

html document object paste title

--- title: "循环补齐" output: html_document date: "2023-03-08" --- 当我们对两个长度不一致的向量进行操作时，会发生什么呢？ x = c(1,3,5,6,2) y = c(3,2,5) x == y ## [1] FALSE FALSE TRUE FALSE TRUE 虽然出现了提示Warning: longer object length is not a multiple of shorter object length，并没有发生报错。从输

2023-03-17

1.6K0

paste和paste0的区别

date document output paste title

--- title: "paste和paste0的区别" output: html_document date: "2023-03-08" --- 首先查看paste()或paste0()函数的帮助文

2023-03-17

9090

数据类型转换的优先顺序

html date output title 数据类型

--- title: "数据类型转换的优先顺序" output: html_document date: "2023-03-08" --- R语言中每个向量中的元素只允许有一种数据类型！然而，当我们将不同类型的数据组成向量时会发生报错吗？我们先尝试将两种不同类型的数据用c()组合在一起，看输出结果 c("a",1) ## [1] "a" "1" c("a",TRUE) ## [1] "a" "TRUE" c(1,TRUE,FALSE) ## [1] 1 1 0 从输出结果可以看出，将不同类型的数据组

2023-03-17

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生成向量的常用方法

html date document output title

--- title: "生成向量的常用方法" output: html_document date: "2023-03-08" --- (1)用 c() 结合到一起 c(2,5,6,2,9) ## [1] 2 5 6 2 9 c("a","f","m","b") ## [1] "a" "f" "m" "b" (2)连续的数字用冒号“:” 1:5 ## [1] 1 2 3 4 5 (3)有重复的用rep(),有规律的序列用seq(),随机数用rnorm() rep("x",times=3) #

2023-03-17

4930

作图时行列名中包含空格报错的处理方法

html date document output title

--- title: "作图时行列名中包含空格的处理方法" output: html_document date: "2023-03-14" --- 当作图时行列名中包含了空格等特殊字符时，R语言会报错，如下 library(ggplot2) dat <- iris colnames(dat)[1] <- "a b" ggplot(dat,aes(a b,Sepal.Width))+ geom_point() ## Error: <text>:4:18: unexpected symbol ## 3:

2023-03-14

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