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叶子的数据科技专栏

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安装 nvidia-container-toolkit 以支持 docker 使用显卡

可以参考以下步骤安装 nvidia-container-toolkit 以支持 docker 使用显卡。

2024-11-01

1000

安装 nvidia 显卡驱动及故障排查

在一台旧一点的服务器 (CentOS 8.5.2111) 上安装 NVIDIA 显卡驱动及 CUDA 工具包。

2024-10-25

880

xrdp 连接黑屏修复

今天发现 xrdp 的日志太大了直接挤满了硬盘，而删除了之后因为 xrdp 仍在使用无法释放空间，所以需要关闭应用并重启。但是重启之后无法登录 (黑屏) 了，所以只好修复一下。

2024-10-24

1830

TCGA 联合 GTEX 分析流程

在我们使用 TCGA 数据进行差异分析的时候，可能会遇到肿瘤和正常数据之间的不平衡的问题。为了得到更科学的结果，结合 GTEx 项目提供的正常样本数据是一种较为常见的解决方法，因此本篇文章整理和运行了一种可行的数据下载和处理流程。

2024-08-25

2680

受试者工作特性曲线 (ROC) 的原理及绘制方式

roc bioinformatics

受试者工作特性曲线 (Receiver Operating Characteristic, ROC) 曲线是生信分析中一种常用的性能评估方法，那么他背后的原理是什么呢？他为什么会被推荐作为二分类模型的优秀性能指标呢？

2024-05-28

2.3K0

bam 转 wig 并批量处理的方法

本文将介绍一种 bam 转 wig 并批量处理的方法。需要用到的软件是来自 Augustus 的 bam2wig.

2024-03-17

2360

R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装

有些时候会存在需要安装特定版本 R 软件的需求，比如为了满足特定软件包的安装使用要求或减少不同平台迁移成本。但是，不同于 Windows 平台拥有便捷的 R 版本切换功能，MacOS 和 Linux 平台都存在着不同程度的安装和切换困难。因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。

2023-12-27

1.6K0

单细胞分析过程中的稀疏矩阵删减

在单细胞转录组分析中，偶尔会出现电脑内存有限等情况，无法直接读取所有数据，这种时候可以考虑分析部分数据。

2023-12-21

2590

VScode使用remote-ssh实现服务器上绘图可视化

linux vscode插件

有时候在服务器上绘图会受到结果不显示的困扰, 无论是R还是python都会有类似的情况, 那么有什么比较方便的应用呢?

2023-10-25

2.2K1

为shell脚本创造相对一致的环境变量--以MacOS为例

写个脚本自动运行的时候偶尔会发生一种输出文件乱码或者找不到软件的情况, 很显然是由于sh文件运行环境和terminal运行环境不一致导致的, 因此只要指定本机的运行环境, 就可以使脚本正常运行.

2023-10-05

3150

VS Code插件推荐

vscode-extensions

VS Code是微软开发的的一款代码编辑器,既拥有高自由度、又拥有高性能和高颜值，最关键的是，VS Code还是一款免费并且有团队持续快速更新的代码编辑器。而VS Code之所以VS Code安装插件只需要点击图片所示按钮，即可进入插件区，在搜索框中输入插件名点击安装后，等待安装好即可点击重新加载重启VS Code使得插件生效。

2023-07-22

4700

Mac VS CODE 无法 ssh-remote

ssh vscode-extensions mac os

将mac air刷回出厂版本(Mojave)后, 确实获得了无比给力的运行速度和续航能力, 开腾讯会议风扇也不转了, 又可以一用八小时了, 看起来一起都向着好的方向发展, 除了一件事: Visual Studio Code(VS Code).

2023-07-22

9180

更优雅的命令行输入工具 - Oh-My-ZSH

vscode-extensions zsh

自macOS Catalina起, zsh 已取代 bash 成为新版操作系统中的默认 shell 。既然有这个条件, 不如试试更优雅的命令行输入吧.

2023-07-22

6380

SRA-Toolkit工具下载SRA数据

高通量的原始数据通常情况下会上传到NCBI的SRA（Sequence Read Archive）数据库。

2023-05-24

1.8K0

TCGA-miRNA数据整理

引言之前介绍过如何使用TCGAbiolinks下载TCGA数据并整理 , 那么如果手动整理又该如何呢? 下面以 miRNA 数据整理为例示范. 效果展示过程输入文件随便下载一些数据, 下载格

2023-05-15

1.4K0

文件传输软件推荐

以前介绍过一款无需下载的局域网文件传输服务 - snapdrop ，用于免登录网页文件传输，但经过使用和反馈发现存在着无法搜索到设备、连接失败的问题，所以这次又带来了几个可用于文件传输的工具推荐。

2023-04-30

6K0

Hexo+云服务器构建简易不失效图床

hexo vscode-extensions markdown

目前我的公众号发布流程都是把图片通过 PicGo 上传到腾讯云COS 上面，再通过链接的方式方式转存到腾讯云开发者社区和公众号上。

2023-04-29

6970

通过PubTator进行PubMed文本挖掘

bioinformatics nlp

有许多可以从 PubMed 的文章摘要中提取信息的文本挖掘脚本，包括： NLTK ， TextBlob ， gensim ， spaCy ， IBM Whatson NLU ， PubTator ， LitVar ， NegBio ， OpenNLP 和 BioCreative 等<sup>1</sup>。这里介绍一下 PubTator Central (PTC) <sup>2</sup>。

2023-04-28

2.2K0

利用simpread+hexo构建自己的在线知识库

hexo markdown python

在网上浏览时，我们经常会发现很多有意义的内容，但是保存为网页或其他格式可能会面临文件丢失、不方便分享或移动版查阅等问题。

2023-04-20

6560

KeePass - 简单优雅免费的密码管理方案

安全性和便捷性几乎是冲突的两个概念，在密码管理领域尤其明显。使用同一个简单密码虽然方便，但却容易被攻击者盗取，导致精神和财产上的损失。而使用复杂密码则可能面临输入困难和遗忘难以找回等问题。

2023-04-10

1.3K0

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