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100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所研究基因的表达情况，芯片数据的处理也可能是大部分刚学生信的道友入门R语言数据处理的第一次实战，因此准备更新100个基因表达芯片或转录组高通量数据的处理。

2024-01-11

250

Julia编程12：文件系统

python julia 数据分析大数据机器学习

把pkg.csv链接到上层目录，上层目录不能存在名为pkg.csv的文件否则报错。

2023-05-29

2961

01.GATK肿瘤基因变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介

python 生物基因 snakemake

GATK best practices workflow Pipeline summary

2023-05-29

3040

GATK最佳实践之数据预处理SnakeMake流程

python 生物基因 snakemake

写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之前需要处理好数据。

2023-05-27

3840

01.GATK人种系变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介

python snakemake 生物基因

学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VCF文件，关于VCF的介绍可以参考上一篇推文基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)

2023-05-26

4260

Python实现将Excel表格按某列拆分为多个sheet

python geopandas

实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。

2023-05-24

6030

Pandas数据框去重复（AB、BA类型）

python 数据分析 pandas

从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA）

2023-05-24

5670

04.Python Dash网页开发：ubuntu服务器部署DASH网站（uWSGI+nginx）

python dashboard plotly-dash shinydashboard

并且需要再app.py文件最后一行加上，因为wsgi从app.py中导入并运行的是server

2023-05-23

7690

RNA-seq上下游分析snakemake流程

生物基因 python

学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。

2023-05-23

3310

使用snakemake编写生信分析流程

The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language. They can be seamlessly scaled to server, cluster, grid and cloud environments, without the need to modify the workflow definition. Finally, Snakemake workflows can entail a description of required software, which will be automatically deployed to any execution environment.

2023-05-23

7740

基因序列变异信息VCF (Variant Call Format)

VCF是Variant Call Format的简称，是一种定义的专门用于存储基因序列突变信息的文本格式。在生物信息分析中会大量用到VCF格式。例如基因组中的单碱基突变,SNP，插入/缺失INDEL, 拷贝数变异CNV，和结构变异SV等，都是利用VCF格式来存储的。将其存储为二进制格式就是BCF。

2023-05-23

6540

Hello World感知机，懂你我心才安息

深度学习机器学习

https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=Mzg5MDg4MDU4MQ==&action=getalbum&album_id=279751747564

2023-05-06

1060

山重水复疑无路，最快下降问梯度

机器学习深度学习

之前的推文中使用最小二乘法求损失函数的最小值，但是在机器学习和深度学习中更通用的方法是使用梯度下降方法找到最优解。

2023-05-06

970

统计学03: 泊松分布和指数分布

https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=Mzg5MDg4MDU4MQ==&action=getalbum&album_id=290255439476

2023-05-06

1830

统计学01: 中心极限定律、正态分布、z-score

https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=Mzg5MDg4MDU4MQ==&action=getalbum&album_id=290255439476

2023-05-06

3160

统计学02: 二项分布

python tensorflow 数据分析

发生r次的概率$P(x=r)=C_{n}^{r} p^{r}(1-p)^{n-r}$

2023-05-06

980

monocle3轨迹分析

python r 语言

https://mp.weixin.qq.com/s/UsDC-t1j7NHaLTnI6xCATQ

2023-04-27

1.3K0

monocle3轨迹分析

python r 语言

https://mp.weixin.qq.com/s/UsDC-t1j7NHaLTnI6xCATQ

2023-04-23

6790

CellChat 细胞通讯分析（可视化）

预处理见上一篇推文https://mp.weixin.qq.com/s/ZsUQogkqcPXkaNDIV8GhWg，本篇内容是合并两个处理好的CellChat对象，然后进行对比分析和可视化，因为有许多细节需要手动调整所以就不写成脚本了。

2023-04-21

1.6K0

CellChat 细胞通讯分析（预处理）

https://mp.weixin.qq.com/s/ZsUQogkqcPXkaNDIV8GhWg

2023-04-21

7990

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