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一键分析ChIP-seq数据
网站
工具
数据
索引
统计
ChIP-seq是一种结合位点分析法，用于研究体内蛋白质与DNA相互作用。通过染色质免疫共沉淀技术(ChIP)与第二代测序技术相结合，在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区域。
简说基因
2024-06-25
151
0
参考基因组：小鼠（mm9）
系统
https
基础
模型
索引
操纵小鼠基因组的能力，加上丰富的疾病模型、近交系和基因组资源，使小鼠成为哺乳动物生物学遗传方法的首要模式生物。一个多世纪以来，小鼠遗传学已经提供了大量的近交系，自发和工程突变，使小鼠成为研究人类疾病的典范系统。获得多个近交系的完整序列将增加这些资源，并将成为研究小鼠表型变异的系统生物学方法的永久基础。
简说基因
2024-06-13
82
0
21天精通单细胞数据分析Day03：10X单细胞RNA数据集的预处理
数据分析
教程
解决方案
数据
索引
单细胞RNA测序分析是转录组学研究前沿的一个快速发展领域，用于高通量的发育研究和稀有转录本研究，以检查细胞群体内的细胞异质性。细胞分辨率和全基因组范围的分析使我们能够得出以前使用批量RNA-seq无法得出的新结论。这种分析需要大量的统计知识、湿实验室协议以及一些机器学习知识，以应对数据的变异性和稀疏性。10x 基因组学提供了高通量解决方案，快速推动了这一领域的发展，克服了以往由于低覆盖率和每个样本的细胞数量少而普遍存在的不确定性。
简说基因
2024-06-13
91
0
21天精通单细胞数据分析Day02：理解条码
数据
协议
数据分析
教程
实践
当序列与参考基因组进行比对时，我们便可以看到它与哪个基因位点对齐，并据此定性地断言，结合上述两条信息，该序列描绘了来自特定细胞的特定基因的转录本。
简说基因
2024-06-12
66
0
21天精通单细胞数据分析Day01: 单细胞测序简介 （内附 62 页精美 PPT）
数据分析
配置
事件
数据
数组
从今天开始，用 21 天精通单细胞数据分析。我们将理论联系实际，边学边练，本文先从理论开始。
简说基因
2024-05-30
203
0
新参考基因组：牛（bosTau5）
wiki
wikipedia
产品
网站
https
一头雌性赫里福德奶牛的基因组于2009年发表。[1][2] 它是由牛基因组测序和分析联盟（Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium）测序的，该联盟是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health）和美国农业部领导的一个研究小组。[2][3] 这是改善牲畜繁殖的努力的一部分，当时是有史以来最大的基因组测序之一。[3][4]
简说基因
2024-05-30
110
0
经典教程：全转录数据分析实战
数据分析
工具
教程
实践
数据
本文介绍全转录组数据分析方法，我们将以拟南芥测序数据为例，在 UseGalaxy.cn 云平台进行数据分析实践。
简说基因
2024-04-03
136
0
一文读懂scRNA-seq数据分析（建议收藏）
算法
系统
数据分析
连接
数据
当我们进行单细胞数据分析时，应该始终从质量控制步骤开始，首先清理数据，以确保数据足以回答研究的问题。在此步骤之后，通常会继续进行定位（比对）或基因组组装步骤，具体取决于是否有参考基因组可供使用。
简说基因
2024-03-22
245
0
GATK最佳实践变异检测过程中的GVCF和VCF
效率
最佳实践
https
com
merge
在GATK最佳实践检测变异过程当中，当我们在调用 HaplotypeCaller 时，可以选择输出 GVCF 文件，或者 VCF 文件，这两者有什么区别呢？
简说基因
2024-03-12
762
0
文本处理三驾马车之Galaxy版awk
awk
工具
接口
数据
系统
Galaxy 平台（UseGalaxy.cn）也整合了awk 工具，可以方便地对表格数据进行报表生成。
简说基因
2024-03-01
76
0
Galaxy基础教程：从列表集合中提取元素标识符
解决方案
数据
网站
工具
集合
Extract element identifiers of a list collection (Galaxy Version 0.0.2)
简说基因
2024-03-01
91
0
Galaxy基础教程：将Paired List 变成普通 List
工具
集合
解决方案
数据
list
工具：Flatten collection (Galaxy Version 1.0.0)
简说基因
2024-03-01
80
0
文本处理三驾马车之 grep
搜索
字符串
grep
file
txt
简说基因
2024-03-01
75
0
肿瘤生信科研：绘制突变景观图（mutation landscape）
title
排序
数据
landscape
legend
肿瘤生信科研经常会画突变的景观图，或者叫瀑布图，用 maftools 包可以实现简单的 Landscape 图，但是当图形比较复杂时，maftools 就不能胜任了，可以用 ComplexHeatmap 包来画。
简说基因
2024-03-01
231
0
文本处理三驾马车之 sed
command
file
sed
stream
编辑器
简说基因
2024-03-01
86
0
文本处理三驾马车之 awk
awk
变量
数组
字符串
正则表达式
Awk 是一个强大的文本分析工具，它每次读入一条记录，并把每条记录切分成字段后进行分析。Awk 官方文档是非常好的学习材料，通过man awk查看。
简说基因
2024-02-23
136
0
Python在生物信息学中的应用：序列化Python对象
python
pickle
对象
数据
序列化
我们需要将Python对象序列化为字节流，这样就可以将其保存到文件中、存储到数据库中或者通过网络连接进行传输。
简说基因
2024-02-21
175
0
Python在生物信息学中的应用：文件不存在才能写入
python
二进制
函数
解决方案
数据
这个问题可以通过 open() 函数中鲜为人知的 x 模式替代常见的 w 模式来解决。例如：
简说基因
2024-02-21
86
0
Python在生物信息学中的应用：字典推导式
key
函数
解决方案
实践
python
可以利用字典推导式（dictionary compehension）轻松解决。例如：
简说基因
2024-02-21
70
0
Python在生物信息学中的应用：让你的程序运行得更快
函数
性能
优化
python
程序
程序优化的第一准则是“不要优化”，第二准则是“不要优化那些不重要的部分”。基于这两个原则，如果你的程序运行得很慢，你得先找出影响性能的问题所在。
简说基因
2024-02-21
106
0
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