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宏病毒组binning工具—— vRhyme教程

软件算法工具教程排序

Hello，Hello小伙伴们大家好，好久没有给大家更新微信公众文了，最近小编在学习宏病毒组，其中一个和宏基因组类似的过程——binning，然后和宏基因组binning不同是，目前宏基因组binning工具数目众多，宏病毒组binning工具数目稀少，今天小编为大家介绍一款宏病毒组binning工具—— vRhyme。

2025-02-28

990

GPU加速生信分析--序列比对Arioc

编码编译软件数据 gpu

最近偶尔探索下GPU生信软件，虽然方兴未艾，发现多数软件已经是古董，比如GPU版本的Blast，使用CUDA7，10.1这样的版本已经是最新的，软件依赖复杂，编译较难成功（亲测失败）。当然，服务器的软件版本一般是相对稳定的，可能用起来问题也不大。

2024-12-23

1070

PHASTEST：噬菌体注释工具使用指南

数据图表数据库编码工具

大家好，今天我们来分享一个强大的生物信息学工具——PHASTEST，用于噬菌体注释的在线工具，它可以帮助我们快速识别和分析噬菌体基因。下面，就让我们一起探索PHASTEST的使用方法吧！

2024-11-25

3310

QIIME 2 2024.10 版本发布啦！

插件开发可视化数据容器

QIIME 2 的最新版本 2024.10 已经正式发布！🚀 感谢每一位参与者的辛勤工作，让我们的微生物组分析工具更加强大！

2024-11-25

1240

InSilicoSeq——微生物数据测序模拟工具

软件数据统计工具模型

hello，hello！小伙伴们大家好，我是小编豆豆，最近小编在开发宏基因组流程，很多公司和小伙伴在开发流程时候，都会花大量的时间研究脚本或者软件的参数，很少有小伙伴们开发完流程或者软件会使用模拟数据来对其检验运行出来的结果是否正确。对于环境微生物（宏基因组或扩增子）来说，除了使用ZymoBIOMICS[1]微生物标准品测序数据和一些已经发表的公共数据来验证，还可以在NCBI下载基因组完成图、草图、16s rRNA等序列，使用软件将基因组打断，模拟测序数据来进行流程验证。

2024-11-23

1340

两个人群基因组填充参考（CHN100K和NARD）

测试工具数据数据库网站

分别是中国人群和东北亚人群的填充参考，测试了下，中国人群的参考注册还是相对友好的，没有像有些网站一样严格限制。东北亚的没有测试，两个数据库的特点都是包含了少数民族，研究朝鲜或蒙古族或其他民族的同学，研究的填充效果会更好，可以测试下！

2024-11-23

1290

neural-admixture：基于AI的快速基因组聚类

模型软件数据神经网络集群

最近学习祖源分析方面的内容，发现已经有了GPU版的软件，可以几十倍地加快运算速度，推荐使用！小数据集的话家用显卡即可hold住，十分给力！

2024-11-23

960

iSeq：GSA-SRA-ENA-GEO-DDBJ 数据下载一网打尽

数据库 geo 数据线程压缩

最近需要下载些公共数据，在简书上搜索到了有小伙伴介绍 iseq，测试了下效果不错，可以媲美 KingFisher，虽然还没曾正式发表（预印本），亲测效果不错，推荐。iSeq 是一个 Bash 脚本，允许您从 GSA[1]、SRA[2]、ENA[3] 和 DDBJ[4] 数据库下载测序数据和元数据。

2024-11-23

2330

普大喜奔！usearch开源+64位旧版本免费用

开源测试工具软件数据

前段时间听说USEARCH即将开源，今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果，发现V12版本的测试结果不尽如人意，具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时，浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位虽然不会开源，介已经开放下载使用了！于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验，一起试试吧！

2024-07-01

1940

usearch教程-OTU表抽平

https 教程软件数据开源

USEARCH 是继 Mothur 和 QIIME 之后的第三大流行扩增子分析流程，目前已被引用 20,824 次。USEARCH 由 Robert Edgar 独立编写，使用 C 和 C++ 开发，体积小，运行速度快且功能强大，且不需要依赖其他软件（安装过 QIIME1 和 QIIME2 的用户应该对此深有体会）。

2024-07-01

5030

QIIME 2 2024.5 更新来啦

可视化数据重构插件开发

小编划重点：发布节奏改为每年两次！Python 3.9，去污染和分类器训练的更新，各版本的预训练的分类器下载更加方便。

2024-06-18

2570

小白用自己游戏本训练方言分类AI识别模型

arguments 测试模型数据游戏

笔记本型号是Redmi G2021，配置还凑活，5800H，16G, 3050Ti Laptop（4G VRAM)，相当一般的配置啦！不过自从英伟达更新了驱动，可以实现RAM充当显存，可训练以及使用的模型就多了很多啦，当然这种类似swap的方式性能还是有点损失的。不过，总比运行不起来强多啦！

2024-06-06

1970

编译|mummer2circos画环状细菌基因组圈图

容器 heatmap 编译工具镜像

mummer2circos 是一个用于绘制细菌基因组的圈图（circos 图）的工具。它基于 BLAST 或 NUCMER/PROMER 的比对结果，生成 SVG 和 PNG 格式的图像，可以直观地展示基因组的结构和特征。

2024-04-12

3160

脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列

file 脚本浏览器效率数据库

hello，hello！小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。

2024-03-26

6442

有向后不兼容接口更改，QIIME 2 2024.2 来啦

可视化数据插件管理接口

今年 12 月，QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本，转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。

2024-02-23

2030

一文读懂Prodigal教程

字符串 file 翻译教程数据

Prodigal[1] 由橡树岭国家实验室[2]和田纳西大学诺克斯维尔分校[3]于 2007 年在能源部联合基因组研究所[4]的主持下联合开发，是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具，Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表 PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm。Dictionary.com[5] 提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是：

2024-02-22

6020

脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式

正则表达式测试脚本镜像模型

小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本，2749 行的长度，长到已经难以用 GPT 解读啦，不过用起来还是很方便的！这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。

2024-01-26

4110

脚本分享—快速统计基因组组装结果

file 函数脚本命令行统计

我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本，由于编程语言"洁癖"，想要彻底抛弃 perl 语言转向 python，于是他使用 AI 辅助下进行了转换，由于脚本相对简单，转换竟然就成功了。中间发现四种碱基含量百分比和原脚本统计有出入，检查确认是序列大小写没有注意的原因，修改后就完美运行了，这里分享给大家！

2024-01-22

2460

qiime2+lefse的n个解决方案

table 解决方案命令行搜索终端

qiime2 有自带的差异分析工具的（composition ancom），可是，大家已经习惯了一直用的 lefse，于是，把 qiime2 的结果导出进行 lefse 分析，在某种程度上就是一个“刚需”啦！在希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前，我们的解决方案有哪几个呢？这里分享下我找到的几个，欢迎补充。

2024-01-15

4280

全球生物样本库荟萃分析倡议 (GBMI)+整理的一个github的repo

github 网站表格框架统计

全球生物样本库荟萃分析倡议（GBMI）旨在创建一个框架，以启动全球生物样本库和倡议合作。这个简单框架的好处包括但不限于：

2024-01-02

5900

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