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叶子的数据科技专栏

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利用 zotero-arxiv-daily 获取最相关每日文献

对每一个研究人员来说，获取并阅读最新文献都是必要的，但是很难有人能坚持并有足够的时间去筛选和整理这些信息。但是借助一些方便的工具可以帮我们完成这项重复性劳动。

2025-08-15

1260

使用 nbia-data-retriever 在 linux 下载数据

美国癌症医学影像档案中心 (The Cancer Imaging Archive, TCIA) 可以下载癌症病例数据，对于 mac 和 win 来说下载软件使用就可以了，但是在连接 linux 的 terminal 可能会出现两个报错：

2025-06-07

2490

使用自己的大模型 api 在表格中生成

对于大众来说，其实不会太在意背后的技术和用不到的功能，所以可能很多人没有实际体验过，甚至对这玩意需要先规定列的属性相当不适应。自动化功能和精细权限管理太难，多视图模式和数据展示用不上，所以何必折腾呢？我的意见是：他真的有 ai 加成...

2025-05-22

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Node 转录组数据库批量下载指南

随着转录组研究的深入，研究人员需要从转录组数据库中获取大量的 RNA 测序数据以支持基因表达、选择性剪接等分析。除了我们常用的 GEO（基因表达总库）和 ArrayExpress 数据库，还有一些数据库可以获得 RNA 测序数据比如 Node 转录组数据库 (National Omics Data Encyclopedia, 国家组学数据百科全书：多组学大数据共享平台，Node 数据库)。在本文中，我们将详细介绍 Node 转录组数据库的特点及其批量下载方法，帮助您高效获取所需数据。

2025-03-24

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使用 browser-use-webui 进行网页信息填写和录入

在数字化时代，网页信息填写和录入是许多业务流程中的重要环节，例如注册账户、提交在线表单或更新个人信息。这些任务往往耗时且容易出错，而自动化工具的引入可以显著提高效率并减少人为失误。GitHub 上的 browser-use/web-ui 项目为这一需求提供了一个创新且实用的解决方案。

2025-03-13

1.5K0

利用 FFmpeg 批量添加视频水印2025

在当今的数字时代，视频已成为信息传播和品牌推广的重要载体。然而，随着视频内容的广泛传播，如何保护版权、提升品牌辨识度成为许多创作者和企业面临的难题。手动为视频添加水印费时费力，而批量处理则能大幅提升效率。本文将带你了解如何利用 FFmpeg 这一强大工具，结合 Python 编程，实现视频的批量水印添加，让你的视频处理更加高效、智能！

2025-03-09

4960

使用 Qwen-Agent 结合浏览器插件

基于 Qwen-Agent 的一个 Chrome 浏览器扩展，一个智能浏览器助手：BrowserQwen。

2024-12-21

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安装 nvidia-container-toolkit 以支持 docker 使用显卡

可以参考以下步骤安装 nvidia-container-toolkit 以支持 docker 使用显卡。

2024-11-01

1.9K0

安装 nvidia 显卡驱动及故障排查

在一台旧一点的服务器 (CentOS 8.5.2111) 上安装 NVIDIA 显卡驱动及 CUDA 工具包。

2024-10-25

1.3K0

xrdp 连接黑屏修复

今天发现 xrdp 的日志太大了直接挤满了硬盘，而删除了之后因为 xrdp 仍在使用无法释放空间，所以需要关闭应用并重启。但是重启之后无法登录 (黑屏) 了，所以只好修复一下。

2024-10-24

1.4K0

TCGA 联合 GTEX 分析流程

在我们使用 TCGA 数据进行差异分析的时候，可能会遇到肿瘤和正常数据之间的不平衡的问题。为了得到更科学的结果，结合 GTEx 项目提供的正常样本数据是一种较为常见的解决方法，因此本篇文章整理和运行了一种可行的数据下载和处理流程。

2024-08-25

1K0

受试者工作特性曲线 (ROC) 的原理及绘制方式

roc bioinformatics

受试者工作特性曲线 (Receiver Operating Characteristic, ROC) 曲线是生信分析中一种常用的性能评估方法，那么他背后的原理是什么呢？他为什么会被推荐作为二分类模型的优秀性能指标呢？

2024-05-28

3.7K0

bam 转 wig 并批量处理的方法

本文将介绍一种 bam 转 wig 并批量处理的方法。需要用到的软件是来自 Augustus 的 bam2wig.

2024-03-17

3820

R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装

有些时候会存在需要安装特定版本 R 软件的需求，比如为了满足特定软件包的安装使用要求或减少不同平台迁移成本。但是，不同于 Windows 平台拥有便捷的 R 版本切换功能，MacOS 和 Linux 平台都存在着不同程度的安装和切换困难。因此，本文以 Ubuntu 为例分享一下 R 在 Linux 等操作系统上的特定版本安装和 rstudio-server 中 R 版本的切换。

2023-12-27

2.9K0

单细胞分析过程中的稀疏矩阵删减

在单细胞转录组分析中，偶尔会出现电脑内存有限等情况，无法直接读取所有数据，这种时候可以考虑分析部分数据。

2023-12-21

4250

VScode使用remote-ssh实现服务器上绘图可视化

linux vscode插件

有时候在服务器上绘图会受到结果不显示的困扰, 无论是R还是python都会有类似的情况, 那么有什么比较方便的应用呢?

2023-10-25

3.4K1

为shell脚本创造相对一致的环境变量--以MacOS为例

写个脚本自动运行的时候偶尔会发生一种输出文件乱码或者找不到软件的情况, 很显然是由于sh文件运行环境和terminal运行环境不一致导致的, 因此只要指定本机的运行环境, 就可以使脚本正常运行.

2023-10-05

4460

VS Code插件推荐

vscode-extensions

VS Code是微软开发的的一款代码编辑器,既拥有高自由度、又拥有高性能和高颜值，最关键的是，VS Code还是一款免费并且有团队持续快速更新的代码编辑器。而VS Code之所以VS Code安装插件只需要点击图片所示按钮，即可进入插件区，在搜索框中输入插件名点击安装后，等待安装好即可点击重新加载重启VS Code使得插件生效。

2023-07-22

6660

Mac VS CODE 无法 ssh-remote

ssh vscode-extensions mac os

将mac air刷回出厂版本(Mojave)后, 确实获得了无比给力的运行速度和续航能力, 开腾讯会议风扇也不转了, 又可以一用八小时了, 看起来一起都向着好的方向发展, 除了一件事: Visual Studio Code(VS Code).

2023-07-22

1.2K0

更优雅的命令行输入工具 - Oh-My-ZSH

vscode-extensions zsh

自macOS Catalina起, zsh 已取代 bash 成为新版操作系统中的默认 shell 。既然有这个条件, 不如试试更优雅的命令行输入吧.

2023-07-22

8200

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