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育种数据分析之放飞自我
生物统计, 数量遗传学, GWAS, GS
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如何计算群体中的单倍型频率
数据
block
file
frequency
日志
昨天写了一篇（单倍型的显著性分析）的博文，里面介绍了为什么GWAS分析后，要进行单倍型的显著性分析，简而言之，如果显著性位点在block中，以block为代表进行利用，可以进行PRS（多基因评分）或者MAS（分子标记辅助选择。
邓飞
2025-04-04
104
0
单倍型的显著性分析
优化
block
可视化
数据
统计
GWAS分析完成后，进行单倍型图分析的核心目的是验证显著性位点的可靠性并深入理解其遗传背景，具体原因包括以下几点：
邓飞
2025-04-02
111
0
R语言协变量的方差分析和Genstat结果对比
设计
数据
变量
博客
模型
前几天有小伙伴问了我Genstat和R语言对比的问题，Genstat我经常使用，R语言我也经常用，所以，直接回答不如写篇博客。
邓飞
2025-04-01
84
0
vmware虚拟机如何增加内存和硬盘
vmware
内存
权限
虚拟机
size
上面的方法可以修改内存和硬盘，大部分都可以搞定。如果发现硬盘没有增加，可以使用下面方法，进行分区：
邓飞
2025-03-29
299
0
农业数据分析一文打尽：遗传力和试验设计
数据分析
博客
设计
下面分享一个PPT，将植物育种中的数据分析内容介绍得非常清楚，这里加上我自己的理解，分享一下。
邓飞
2025-03-19
100
0
基因型数据进行PCA分析是否提前对LD进行质控
github
ld
pca
博客
数据
之前我总是认为，基因型数据对PCA分析，不需要进行LD质控，因为PCA构建需要先计算G矩阵（基因型数据绘制PCA图和聚类分析图），而G矩阵依赖LD，原则上SNP位点越多，密度越高，G矩阵越能反应个体间的关系，进而PCA越准确。
邓飞
2025-03-07
81
0
群体遗传三剑客第一篇：分组和不分组的PCA分析，添加解释百分比
存储
pca
函数
数据
异常
之前，准备写一下群体遗传分析三剑客（搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树），第一篇来啦！
邓飞
2025-03-07
266
0
GWAS中曼哈顿图如何修改或者去掉阈值线
可视化
模型
博客
函数
教程
这个代码是qqman画的，具体教程参考：GWAS分析中可视化：qqman和cmplot以及颜值即正义 | 只知道qqman而不知道cmplot是不专业的
邓飞
2025-03-04
133
0
刘毓文/赵云翔课题组开发基因型填充框架实现囊胚单细胞SNP分型
解决方案
开发
框架
数据
测试
飞哥推荐：基因型数据填充，对于GWAS和GS都至关重要，今天看到这篇文章，文中作者开发的软件，可以实现单细胞填充，针对低覆盖度的测序，有了更好的解决方案，以后GS可以用到胚胎水平了。
邓飞
2025-03-03
98
0
搞起来！群体遗传三剑客：PCA、Admixture、进化树
工具
可视化
数据
原理
pca
群体遗传学中常用的三大分析工具：主成分分析（PCA）、Admixture分析和进化树（Phylogenetic Tree），它们在分析基因型数据时各有侧重，互为补充。下面介绍一下这三种方法。
邓飞
2025-02-25
371
0
GWAS分析完，要做单倍型图，还要做单倍型的显著性分析？
统计
block
编码
可视化
数据
GWAS分析完成后，进行单倍型图分析的核心目的是验证显著性位点的可靠性并深入理解其遗传背景，具体原因包括以下几点：
邓飞
2025-02-20
316
0
本地安装配置DeepSeek很快的，唰的一下
笔记
模型
配置
软件
DeepSeek
昨天介绍了DeepSeek本地部署的思路（DeepSeek部署到个人电脑，用自己的笔记训练，本地运行，绝对安全），今天介绍一下如何操作。网上的教程很多，我实际操作了一下，发现下面这种方法是最快的。
邓飞
2025-02-19
124
0
GWAS结果可视化：基因型的箱线图添加显著性
label
可视化
数据
数据分析
compare
数据分析后，结果的可视化非常重要，比如GWAS分析后，将显著性位点进行可视化，AT的突变，共有AA、AT、TT三种基因型，比如对应的是体重，那么这三种基因型都有对应的体重，为了形象的展示出那种基因型更高，以及他们之间的显著性，做一个箱线图+显著性检验，无疑是最好的。
邓飞
2025-02-18
135
0
DeepSeek的思考过程，真的受启发
统计
DeepSeek
博客
工具
数据
最近一直在使用DeepSeek问各种问题，让我惊讶的是，你可以看到DeepSeek的小九九，它会自问自答，这个和人脑的思维过程很像：
邓飞
2025-02-08
159
0
多性状或者多个模型的QQ和曼哈顿重叠图
xlsx
模型
数据
output
plot
之前介绍了好几篇QQ图和曼哈顿图的绘制GWAS的曼哈顿图和QQ图diamante，GWAS分析QQ图挺好，曼哈顿图没有显著性，如何调整阈值，今天介绍一下多个性状或者多个模型的QQ图和曼哈顿图如何绘制。这里，整理了示例数据和代码，比葫芦画瓢，很容易复现。
邓飞
2025-02-06
129
0
PCA没有明显分层GWAS分析还用考虑吗？
模型
pca
变量
可视化
大家好，我是邓飞，最近星球的小伙伴问了一个问题，PCA图显示没有明显的分层，K值也没有明显拐点，GWAS分析还用考虑吗？PCA图如下：
邓飞
2025-01-10
110
0
Admixture使用说明文档cookbook
线程
block
程序
软件
数据
群体结构分析，一般使用的软件就是STRUCTURE，但是STREUTURE运行速度极慢，admixture凭借其运算速度，成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。admixture官网也变化了，文档也更新了一些，这是之前学习admixture的记录，好记性不如烂笔头，值得分享！
邓飞
2024-12-31
267
0
GBS hapmap 格式 转化为Plink格式方法
na
txt
软件
数据
系统
进行重测序或者GBS时，hapmap 是比较常见的格式，生信中经常使用这种格式。但是在GWAS和GS中，数据筛选，质控，构建矩阵都是使用的plink的格式。本文介绍如何tassel 和vcftools两个软件，将hapmap格式的数据转化为plink格式的数据。
邓飞
2024-12-30
131
0
曼哈顿图如何指定不同染色体不同的颜色
软件
数据
编程
博客
可视化
GAPIT软件，染色体的颜色是5个一循环，他有12个染色体，想每条染色体一个颜色绘制一条染色体：
邓飞
2024-12-23
164
0
一个批量做LDblock的脚本
plot
sh
脚本
bash
ld
今天，有小伙伴在星球询问GWAS分析的显著性位点，如何批量绘制LDblock，之前写过LDblock的安装和使用说明：（LDblock绘制连锁不平衡和单体型图）
邓飞
2024-12-20
154
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