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MST3是哺乳动物STE20丝氨酸／苏氨酸蛋白激酶家族成员，1997年首次从hela细胞cDNA文库中分离出来，属于SPS1亚族，包含一个N端催化功能区和一个C端调节功能区。
例子出处来源于UCSF 

MST3

通过分子对接和分子动力学模拟，验证探针分子与蛋白的作用形式和结合位置，解释荧光发光的机理。

荧光探针分子与蛋白质的作用

（应用户的要求，增加篇幅介绍上期的探针分子）   
Aβ淀粉样蛋白是由其前体蛋白经过分泌酶剪切而产生的多肽，其中Aβ40 和Aβ42 是主要的种类。阿尔茨海默病(Alzheimer' s diseas

淀粉样蛋白与探针分子作用（补充）

不好意思最近都没有时间更新公众号了，各种的事情。
先预告一下，下周一的直播，topic为常用的蛋白质靶点和分子对接口袋的设置。欢迎大家参加，谢谢。不过为了维持正常的运作，本次为收费形式的直播，门票费用

直播预告

所需软件：Chimera1.11以上（免费，UCSF官网可以下），优点与AMBER无缝对接

有一定的MD模拟基础，懂得一般的分子力学模拟的流程;
Tools---MD/Ensemble Analysis----Molecular Dynamic simulation
GUI界面设置：prepare---->solvation---->constrain---->run parameter(包括minimization--equilibration--production)-----》RUN
就是分子动力学

利用Chimera进行简单快速的MD

遥想快十年前，刚接触分子动力学方法，当时难度真是非常高，既要懂程序，又要有分子力学的基础知识。一直认为软件应为人所用而不是要求人去通过刻苦学习才掌握使用，所以软件要发展就必须要有良好的用户界面，当年有些动力学模拟的软件已经变成僵尸，也有软件不断继承发展壮大，例如NAMD，GROMACS，AMBER。
      目前成熟的建模方法有两种，一是CHARMM-GUI，二是VMD内置的插件QWIKMD。
CHARMM-GUI的在线服务器input generator提供了membrane builde

如何建立膜蛋白体系的动力学模型

Fimh的络氨酸门(Tyrosin gate)在其抑制剂的活性影响重大,本文详细研究了几种Fimh蛋白和抑制剂的复合物，讨论了络氨酸门和抑制剂结构和活性之间的关系。

Fimh inhibitor

电脑配置：X5650*2=24core，48G ecc+reg内存
显卡：nvidia C2050*4
6GB DDR5存储器 *4
fermi架构 448个cuda核心*4
单精度浮点性能   1.03Tflops*4
存储器频率  1.GHZ
功耗：238W
平台：centos7+fftw3+nvidia driver 365+cuda8

测试软件：gromacs 5.1.4,手工编译source code
测试结果：相同的体系，不用GPU加速，  1.5ns/day ;启用了GPU加速计算，11ns

GPU加速分子模拟

软件：OPen3dQSAR(这个很重要，免费)，可以实现SYBYL等软件的构效关系模型建立，命令窗口形式运行，但是有教程，跟着教程操作难度不大，如果有其它软件的基础更好。
思路：align--calc_field(Vdw,electro)--pls(loo,crossvalidate)--QSAR model
测试例子：39个，r2=0.9267,q2=0.3488
初步达到效果，如果用软件自带的离子数值会更好。

3D-QSAR

在这里抛砖引玉，以教科书上的环己烯为例，讲述构象搜索（confromation search）的使用。其实不光Hypercherm可以，Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。
画出饱和的六元环，即环己烯结构。根据教科书的知识，环己烯有boat和chair两种构型，通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式，难以得到boat。

选中四个碳原子，选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名)
菜单co

构象搜索案例(Hyperchem)

以质体醌生物合成酶为靶点，使用VINA软件，小分子采用ZINC的数据库，300万个类药小分子。

除草剂小分子的虚拟筛选

brassinolide，被称为第六种植物生长激素，本案例主要考察它与BRI1受体的结合情况，研究其作用机制。
采用Leadit软件，对接了19种衍生物。

分子对接案例

背景：
通过实验对比了几种糖苷类化合物在葡萄糖苷酶的水解速率，希望通过计算机解释其水解机理。但是RCSB数据库中只有少量几种beta葡萄糖苷酶的晶体数据，不包含本次试验采用的是苦杏仁的beta葡萄糖苷酶，所以需要通过同源建模的方法建立蛋白质的三维结构。
方法：
蛋白质测序得到FASTA氨基酸序列文件
1.Swiss-model服务器同源建模
结果：
通过对比模版，选择同源度(identities)最高68%,覆盖度(coverage)达99%的蛋白质结构，PDB ID为：3CGB最为模版，进行苦杏仁的BET

同源建模

细胞色素P450(Cytochrome,CYP450)是一类以还原态与CO结合后在450nm处具有最高吸收峰的含血红素的单链蛋白质。
有业务需求的，请联系微信号wbf3ng或者发邮件到wbf3ng@g

分子对接

有计算需求的，请联系客服微信号wbf3ng或邮箱wbf3ng@gmail.com

MD，分子动力学

抗体与抗原的之间存在着特异性的识别机制，但是抗原与抗体的结合区域通常是柔性最大的loop区域。图上黄色的表示是抗体的beta-sheet，绿色表示loop区域，红色表示alpha-helix区域。看一看出抗原于抗体特异性结合的位置为绿色的loop围绕而成CDR区域，类似与可以自我调整大小的一个杯口，可以根据抗原的结构特征调整柔性区域与抗原的结合程度。

Molecular docking study of  antibody-ligand complex

血红蛋白是高等生物体内负责运载氧的一种蛋白质。也是红细胞中唯一一种非膜蛋白。人体内的血红蛋白由四个亚基构成，分别为两个α亚基和两个β亚基，在与人体环境相似的电解质溶液中血红蛋白的四个亚基可以自动组装成α2β2的形态。血红蛋白的每个亚基由一条肽链和一个血红素分子构成，肽链在生理条件下会盘绕折叠成球形，把血红素分子抱在里面，这条肽链盘绕成的球形结构又被称为珠蛋白。血红素分子是一个具有卟啉结构的小分子，在卟啉分子中心，由卟啉中四个吡咯环上的氮原子与一个亚铁离子配位结合，珠蛋白肽链中第8位的一个组氨酸残基中的吲哚侧

Human Hemoglobin

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