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单细胞学习

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单细胞学习第七天

单细胞数据的GSVA和芯片、bulk转录组的GSVA没有本质区别，就使用AverageExpression获取平均表达量得到新的表达矩阵再计算即可。

2024-06-23

990

单细胞学习第六天

Seurat里的FindClusters函数设置的resolution数值越大，分群的数量就越多，但是当单细胞数量太多的时候，会遇到resolution再变大，分群的数量也不再增加的情况。一次分群分不开，但又想要细分时，就会需要二次分群，其实就是细胞亚群的分析。

2024-06-22

810

单细胞学习第五天

今天的学习内容是单样本的拟时序分析。花花给我们科普了拟时序的基本概念和用途，这个很有用，必须记录。

2024-06-21

1190

单细胞学习第四天

2 多样本的整合，使用harmony，它需要的计算资源少，且准确程度高，是最受欢迎的方法。

2024-06-20

1400

单细胞学习第四天

2024-06-20

750

单细胞学习小组第三天

那就换版本跑喽，V5和V4手动注释的结果来看，每个cluster对应的细胞还是一致的。

2024-06-19

420

单细胞学习小组第二天

抽样数据出图：这个图和教程有出入，因为我用的Seurat版本是V4的，暂时有个项目需要V4版本的，所以没有更新。

2024-06-18

860

单细胞学习小组第一天

今天是第一天学习，这个内容并不陌生，一共花了半个小时读了花花的课程，不过摸索这个APP的使用花了一点时间，包括注册和编辑文字，第一次接触这个新事物哈。。。

2024-06-17

1540

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