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生物信息学_troubleshooting

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Submit fastq files to SRA

file-transfer git-bash sftp

原始数据需要上传到SRA, 有processed data的可以上传到GEO。否则就需要上传到SRA dataset。

2024-06-27

680

CITE-seq分析数据报错：Duplicate rownames not allowed

数据挖掘数据分析

今天分析CITE-seq数据的时候遇到了一个error：“Invalid class "LogMap" object: Duplicate rownames not allowed”。Google之后并没有发现很好的解决方案。

2024-03-30

3260

Seurat, SeuratObject and Matrix version issue

数据挖掘数据分析

如果你在安装和使用Seurat (v5) and SeuratObject (v5) 过程中，出现了一些关于Matrix package的问题，可以看看本文。

2023-11-21

2.4K0

Seurat v5 安装过程中碰到的问题和解决办法

数据挖掘数据分析

上周解决了BPCells安装包的问题，以为就可以开始run 正式数据了。结果今天在安装Seurat v5过程中又是问题百出。现总结如下：

2023-11-14

1.5K0

BPCells package 安装问题

数据挖掘数据分析

一百万细胞或更多细胞的单细胞转录组分析在数据整合方面非常消耗电脑内存，我在单位32G 内存的iMac上跑，经常会出现R session abortion。然后发现Seurat官方给出了v5，即更新版的。

2023-11-10

5080

单细胞处理数据中读取超大文件的几种方法

今天遇到了几次，每次读取总是需要等候一个小时。在这里跟大家分享一下三种读取方式时间消耗的比较：

2023-10-27

2520

Error: vector memory exhausted (limit reached?)

数据挖掘生物基因大数据解决方案数据分析

通过一番检索之后，发现生信技能树的Jimmy老师以前发过的一篇文章提及了一个问题：即某些数据库并没有对数据进行过滤，会导致sample中存在几十万个细胞，这样未过滤的数据在进行下游数据分析的时候很明显会对内存有极高的要求。

2023-10-21

6352

case_when function in dplyr package

例如： Sample_Name = OR2，就在其添加的carHLH列中的对应空格填写carHLH(+),

2023-08-23

1090

stack plot(堆叠图)的数值排列问题

Mark一下昨天遇到一个问题，我想将图1按照G1（灰色柱子）的数值，由大到小进行排列作图（预想的结果如图2所示）。求助了GPT, 但总是没得到解决的办法。可能是我输入问题不够精准。。。数据类型如图3所示。

2023-08-04

2600

From raw counts to TPM

上篇文章提到了可以用TPMCalculator从bam file中直接计算TPM, 但是发现每个sample计算得到的基因数量不一样，没法进行下游visualization。所以这里提供另外一种方法（R environment）

2023-07-27

2290

从bam文件到TPM file

昨天试着从raw counts 转换到TPM, 之前一直run的比较好的工具rnanorm突然不能用了，可能和最近单位的Linux系统升级相关。。。总之搞了好久也没能解决。

2023-07-26

1540

STAR alignment遇到的问题

生物基因数据分析

When use STAR to do alignment work, it sometimes show the error:

2023-07-26

4590

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