如何从p.value ()中提取p.value和估计值？
我在for循环中对数据集执行cor.test，但我不知道如何从测试中提取估计和τ之类的信息。
在dataset中执行for循环之前，cor.test()函数按如下方式返回：
cor.test(armpit$Corynebacterium.1, armpit$Staphylococcus.1, alterantive="two-sided", method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
下面是我执行for循环的代码。现在我想从我的测试中提取估计值和τ值。
for (i in 1:8) {
for (j in 1:8) {
if (j != i)
cor.test( as.numeric(unlist(armpit[i])),
as.numeric(unlist(armpit[j])), alterantive="two-sided",
method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
}
}我检查过类似的问题
然后，我将代码更改为：
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:8) {
for (j in 1:8) {
if (j != i)
cor.test( as.numeric(unlist(armpit[i])),
as.numeric(unlist(armpit[j])), alterantive="two-sided",
method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
estimates[i] = cor.test$estimate
pvalues[i]= cor.test$p-value
}
}但它会返回：
Error in cor.test$estimate : object of type 'closure' is not subsettable
有人能帮助我从for循环中的cor.test()函数中提取估计值和τ值吗？提前谢谢。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2015-12-26 19:54:14
好吧，找到了，我们应该早点看的。如果语句为真，则if (j != i)语句需要围绕应该执行的所有操作设置括号。使用特定的格式，R没有正确地解析它。我无法获得您的数据，所以我编造了一些(这将测试随机列的随机行)。这样做是可行的：
M <- matrix(rnorm(8*8), ncol = 8) # made up test data
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:8) {
for (j in 1:8) {
if (j != i) { # need this bracket
cor_test <- cor.test(M[i,], M[,j],
alternative="two.sided",
method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
estimates[i] = cor_test$estimate
pvalues[i]= cor_test$p.value
} # and this bracket
}
}
estimates
pvalues编辑:可选版本，用于将所有结果存储在数据框架中。
M <- matrix(rnorm(8*8), ncol = 8) # made up test data
ans <- data.frame(i = rep(NA, 64), j = rep(NA, 64), estimate = rep(NA, 64), pvalue = rep(NA, 64))
cnt <- 1
for (i in 1:8) {
for (j in 1:8) {
if (j != i) {
cor_test <- cor.test(M[i,], M[,j], alternative="two.sided", method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
ans[cnt,1] <- i
ans[cnt,2] <- j
ans[cnt,3] <- cor_test$estimate
ans[cnt,4] <- cor_test$p.value
cnt <- cnt + 1
}
}
}
ans <- na.omit(ans)Stack Overflow用户
发布于 2015-12-26 13:37:27
cor.test返回一个列表。您可以创建一个对象来捕获此列表：
cor_test <- cor.test( as.numeric(unlist(armpit[i])), as.numeric(unlist(armpit[j])), alterantive="two-sided", method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)然后将cor_test与$一起使用，以访问列表中的每个元素：
estimates[i] = cor_test$estimate
pvalues[i]= cor_test$p.value # note the ., not the -最初的错误是相当神秘的，所以你对此感到困惑是可以理解的。您编写了cor.test$estimate，它要求R访问cor.test 函数的estimate组件，而不是测试结果。
estimates = numeric(50)
pvalues = numeric(50)
for (i in 1:8) {
for (j in 1:8) {
if (j != i)
cor_test <-
cor.test( as.numeric(unlist(armpit[i])),
as.numeric(unlist(armpit[j])), alterantive="two-sided",
method="kendall", exact=FALSE, continuity=TRUE)
estimates[i] = cor_test$estimate
pvalues[i]= cor_test$p.value
}
}https://stackoverflow.com/questions/34471573
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