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问如何在R中制作点密度维恩图？
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Stack Overflow用户

提问于 2022-10-15 20:38:25

回答 1查看 53关注 0票数 4

我有一个蛋白质组数据集，所有的蛋白质都在集合A中，其中一些属于集合B、C和D。使用r包尤勒尔，我能够构造一个维恩图来可视化这些集合的交集。看这里。

然而，在我看来，用于生成集B、C和D的“滤波器”可能优先过滤出低强度的蛋白质。为了可视化这一点，我想构建一个点密度Venn图，其中每个点代表一个蛋白质的颜色，它的强度。这样的阴谋在R中有可能吗？我在Python中找到了一个详细介绍类似技术的博客帖子，但恐怕我不熟悉这种语言

venn-diagram

plot

visualization

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2022-11-13 23:59:48

复杂镦粗提供了在R中创建点密度图的实用程序(按照ggplot2方法，请参见文档)。

让我们为一个示例加载和过滤一些数据：

library(ggplot2)
library(ComplexUpset)
movies = as.data.frame(ggplot2movies::movies)
genres = c('Comedy', 'Drama', 'Action')
movies[genres] = movies[genres] == 1
movies[movies$mpaa == '', 'mpaa'] = NA
movies = na.omit(movies)

首先，您需要安排数据。

movies_subset = head(movies, 300)

movies_subset$good_rating = movies_subset$rating > mean(movies_subset$rating)
arranged = arrange_venn(movies_subset, sets=genres)

然后，您可以用标准的ggplot2函数和复杂翻转：geom_venn_region、geom_venn_circle、geom_venn_label_set提供的新geoms来绘制它。

(
    ggplot(arranged)
    + theme_void()
    + coord_fixed()
    + geom_venn_region(movies_subset, sets=genres_subset, alpha=0.2)
    + geom_point(aes(x=x, y=y, color=region), size=1.5)
    + geom_venn_circle(movies_subset, sets=genres_subset, size=2)
    + geom_venn_label_set(movies_subset, sets=genres_subset, aes(label=region), outwards_adjust=2.6)
    + scale_color_venn_mix(movies, sets=genres_subset, guide='none')
    + scale_fill_venn_mix(
          movies, sets=genres_subset,
          guide='none',
          highlight=c('Comedy-Action', 'Drama'),
          inactive_color='white'
      )
)

它还可以注释个别的点(和更多！)

但是，这种实现有一些限制：

它只支持最多三组。
使用大型数据集(>1000个观测值)排列比较慢。
通常需要对排列参数进行微调才能获得所需的结果。
在编写本报告之日，最新版本中有一些小的改进，可以从GitHub安装，但不能从CRAN安装(还)。

免责声明:我是ComplexUpset的作者。

票数 2

页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持

原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/74082830

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