问在R语言中获取用于coxph的名称
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Stack Overflow用户

提问于 2014-07-25 18:53:43

回答 1查看 95关注 0票数 1

我有一个包含100多种代谢物和一些协变量的数据集，比如年龄、性别、体重指数。现在，我想在for循环中使用coxph测试每个单独的代谢物和协变量。

我的问题是公式和我的懒惰。如何在公式中包含代谢物名称？get()有效，但只给出了表达式get(x)。当我只使用x时，我得到错误消息"Variable lengths differ"。

下面是一个示例代码：

x<-list(names(data))   

coxfit<-coxph(Surv(age, fup_alter, hyper)~ get(x) +Age + SEX + BMI, data=data,)
temp <- cox.zph(coxfit, transform = 'log') 
print(temp)

结果是：

                   rho    chisq      p                                        
get(x)         -0.06279 6.22e-01 0.4302                                        
SEX            -0.07272 7.59e-01 0.3838                                        
age            -0.02007 6.01e-02 0.8064                                        
BMI             0.01479 3.02e-02 0.8620

如果我这样做超过100次，我就无法区分结果文件中的get(x)。

我想要像"met1“或"met88”这样的名字，而不是get(x)。

回答 1

Stack Overflow用户

发布于 2014-07-25 22:37:08

我想这可能会更干净，但它也差不多

#sample data
dd<-data.frame(
    a=1:10,
    b=rnorm(10),
    c=runif(10),
    y=rpois(10,5)
)

#get list of columns as proper "name" element
x <- lapply(names(dd)[-ncol(dd)], as.name)

#use bquote to inser names into formula
lapply(x, function(v) lm(bquote(y ~ .(v)), dd))

在这里，我使用lm创建一个可运行的示例。它对任何使用公式的模型都应该起到相同的作用。你的电话看起来更像是

coxph(bquote(Surv(age, fup_alter, hyper)~ .(x) +Age + SEX + BMI), data=data,)

其中bquote包围了整个公式，然后使用.(x)将"name“元素插入到公式中。在我的示例中，x是一个列表，所以我需要用lapply遍历它。

票数 0

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/24954114

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