CTRL海马2例顶叶1例，共2个供体，对应编号：16、29；AD海马10例，顶叶3例，共10个供体。

b_samples <- c(
  "3H","4H","6H","7H","8H","13H",
  "26H","30H","31H","34H","16H","29H",
  "3P","8P","16P","30P"
)

筛选TCR序列，只保留有效序列。仅含有一条生产性TRA链和一条生产性TRB链的细胞保留用于下游克隆型分析。缺失α或β链或具有多条TRA/TRB链的细胞被排除在外。然后使用scRepertoire （combineTCR）分配克隆型，并使用combineExpression将克隆型整合到Seurat对象中。

以样本为单位计算CD8+T占样本所有细胞的比例

## 每个患者总细胞数
total_cell <- b@meta.data %>%
  group_by(orig.ident, diagnosis) %>%
  summarise(
    total_cells = n(),
    .groups = "drop"
  )

## 每个患者CD8 T数量
cd8_cell <- b@meta.data %>%
  filter(
    celltype %in% c(
      "CD8 T Cell1",
      "CD8 T Cell2",
      "CD8 T Cell3"
    )
  ) %>%
  group_by(orig.ident) %>%
  summarise(
    CD8_cells = n(),
    .groups = "drop"
  )

## 合并
patient_cd8 <- total_cell %>%
  left_join(cd8_cell, by = "orig.ident") %>%
  mutate(
    CD8_cells = ifelse(is.na(CD8_cells), 0, CD8_cells),
    CD8_prop = CD8_cells / total_cells
  )

patient_cd8

#画图
ggplot(patient_cd8,
       aes(x = diagnosis,
           y = CD8_prop,
           fill = diagnosis)) +
  geom_boxplot(width = 0.5,
               outlier.shape = NA,
               alpha = 0.6) +
  geom_jitter(width = 0.1,
              size = 3) +
  theme_classic(base_size = 14) +
  labs(
    x = "",
    y = "CD8 T cell proportion"
  )

wilcox.test(
  CD8_prop ~ diagnosis,
  data = patient_cd8
)

Wilcoxon rank sum exact test

data:  CD8_prop by diagnosis
W = 16, p-value = 0.7036
alternative hypothesis: true location shift is not equal to 0

b <- subset(
  obj,
  subset =
    orig.ident %in% b_samples &
    celltype %in% c(
      "CD8 T Cell1",
      "CD8 T Cell2",
      "CD8 T Cell3"
    )
)

FeaturePlot(
  b,
  features = "CCR1",
  reduction = "umap",
  split.by = "diagnosis"
)

# A tibble: 3 × 2
  cloneSize                    p.value
  <fct>                          <dbl>
1 Hyperexpanded (0.1 < X <= 1)   0.659
2 Large (0.01 < X <= 0.1)        0.885
3 Medium (0.001 < X <= 0.01)     0.667

每个样本里所属TCR类型克隆扩增top50%的细胞中CCR1+的比例

AD脑实质CD8T

大数据

人工智能

研究分析脑实质样本中AD与CTRL组CD8T细胞比例及CCR1+表达差异，通过单细胞TCR测序筛选有效序列，计算CD8T占比并进行统计学检验。结果显示两组间CD8T比例及CCR1+表达无显著差异，进一步分析克隆扩增与CCR1+CD8T细胞分布特征。

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