Conda？Mamba？Docker？生信软件管理指南-轻松解决软件安装困扰

Conda？Mamba？Docker？生信软件管理指南——轻松解决软件安装困扰

原文作者：Mario F. Bisconti 原文地址：https://blog.crcbio.com/posts/package-management/ 译者：鹿芗泽

你是否遇到过因依赖冲突导致环境崩溃的窘境？

别担心，本文带你了解如何用最简单的方式管理生信工具，让软件安装变得井然有序。

为什么生信软件安装总是如此混乱？

原因在于生物信息学领域的依赖关系极其复杂。

不同的软件可能需要不同版本的 Python、R、C 库或编译器，而一个软件的安装很可能破坏另一个系统的依赖环境。

这时，包管理器便成为你不可或缺的好帮手，帮助你解决各种依赖问题。

Conda：得心应手的工具库

对于生信新手来说，Conda 是入门的绝佳选择。 Conda 不仅是一个强大的包管理器，同时也是环境管理器。

通过创建隔离环境，你可以将不同工具及其依赖独立于系统其他部分，从而避免版本冲突带来的麻烦。

示例：

# 创建一个名为 rnaseq 的环境，并安装指定版本的软件
conda create -n rnaseq salmon=1.10 fastqc=0.11.9

# 激活 rnaseq 环境
conda activate rnaseq

这样，你就能为 RNA-seq 分析构建一个干净、独立的工作环境。

Mamba：Conda 的极速伙伴

虽然 Conda 功能强大，但在处理复杂依赖和大型环境时常常显得比较缓慢。 Mamba 是 Conda 的一个替代品，它完全兼容 Conda 命令，但得益于底层采用 C++ 实现，安装和依赖求解速度大为提升。

只需安装一次：

conda install mamba -n base -c conda-forge

译者注： 请不要使用此方法安装 Mamba ！！！ 请删除 Conda 后，再重新安装 Mamba ! 详情请见:生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱

之后，使用方式与 Conda 相同：

mamba create -n variantcall bcftools=1.17 samtools=1.16

体验极速安装带来的畅快感受吧！

注意：Channel 的优先级配置

使用 Conda 或 Mamba 安装软件时，会从多个渠道 (channels) 下载包。

正确配置渠道的优先级至关重要！

推荐配置如下：

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

以上命令会将指定渠道置于列表最上方，从而保证下载包时按照 conda-forge > bioconda > defaults 的顺序进行选择。

Docker：全环境封装的终极解决方案

对于一些“古董级”的工具，或者开发者未提供 Conda 包的情况，Docker 是理想之选。

可以将 Docker 理解为一个“集装箱”，里面预装了运行该工具所需的一切——操作系统、库、依赖等，确保工具在任何系统上都能运行一致。

示例：

# 从 biocontainers 拉取 fastqc 镜像
docker pull quay.io/biocontainers/fastqc

# 运行 fastqc 容器，并将当前目录挂载到容器内以处理数据文件
docker run -v $PWD:/data quay.io/biocontainers/fastqc fastqc /data/myfile.fastq

虽然 Docker 对初学者而言略显复杂，但熟练掌握后将带来极高的可复现性和稳定性。

译者注： 国内因网络环境问题，需要使用 chsrc 切换镜像源后，才能正常使用 Docker 拉取镜像。详情请见：生信软件管理攻略：从 Mamba 到 Docker，告别依赖地狱

怎么选用？

Conda

包管理小贴士

切勿在 base 环境中安装所有软件。

每个项目建议使用独立的命名环境。

及时备份环境配置：

conda env export > environment.yml

随时可通过备份文件重建环境：

conda env create -f environment.yml

如果遇到环境崩溃，不妨删除旧环境，重新构建即可。

总结

在生物信息学的道路上，你会接触并安装大量工具，而其中部分工具难免会发生冲突。

但借助 Conda（以及未来可能使用的 Docker），你可以构建整洁、有序且高效的工作环境，最大限度地减少安装问题带来的困扰。

下一篇：我们将探讨命令行操作技巧，这些终端小技巧可以为你节省大量宝贵时间。