Linux：conda 的安装和使用

## 下载，其实不需要，只是为了让大家了解一下，服务器已经下载好了，直接cp或者软链接即可
# wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

## 软链接即可
cd  ~
ln  -s  /home/t_linux/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ./
## 安装，安装过程只需要输入 yes 或者按 Enter
bash  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 

## 重新激活环境
source  ~/.bashrc 

## 查看 conda 的帮助文档
conda --help

## 配置镜像

# 下面四行配置北京外国语大学的conda的channel地址（首选）
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/ 
conda config --set show_channel_urls yes 

# 下面这四行配置清华大学的conda的channel地址（首选北外，如果体验不好再换成清华）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

# 如果需要官方频道，可以添加下面这两行配置官网的channel地址（不推荐）
conda config --add channels conda-forge 
conda config --add channels bioconda

# 删除defaults频道
sed -i '/defaults/d' ~/.condarc

## 配置镜像成功
# 查看配置结果
cat ~/.condarc

## 每次更换完频道之后记得要清除一下index。
# -i 是指清除掉构建好的index，清除掉之后才会从新的频道下载软件包
conda clean -i 
# 也可以把所有的缓存都清除掉
conda clean -a  

# 创建名为rna的软件环境来安装转录组学分析的生物信息学软件
conda create -y -n  rna  python=3.7
# 创建小环境成功，并成功安装python3版本
# 每建立一个小环境，安装一个python=3的软件作为依赖

# 查看当前conda环境
conda info -e
conda env list

# 每次运行前，激活创建的小环境rna
conda activate rna

# 退出小环境
conda deactivate

# 激活环境
conda activate rna
# 安装 fastqc 软件
conda  install  fastqc

# 调出帮助文档
fastqc --help

# 可以指定软件版本
conda install -y samtools=1.14 

# 可以一次安装多个软件
conda install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore cutadapt=4 hisat2  subread  multiqc  samtools=1.16.1  salmon=1.4.0 fastp fastqc
# mamba install -y python=3.7 libstdcxx-ng=9.1.0 trim-galore  hisat2  subread  multiqc  samtools=1.14  salmon=1.4.0 fastp fastqc

## 不是通过软件名来调用帮助文档，而是软件的命令
# sra-tools
prefetch --help
prefetch --help
which prefetch

#  trim-galore
trim_galore --help
cutadapt --help

# hisat2
hisat2 --help

# subread
featureCounts --help

# multiqc
multiqc --help

# samtools
samtools --help

# salmon
salmon --help

# fastp
fastp --help

conda env create -n rna -f rna.yaml
# 如果有mamba的话可以用mamba安装
# mamba env create -n rna -f rna.yaml
conda env create -n R4 -f R4.yaml

conda create --name RNA --file RNA.env.txt
# 这里--name 和 --file不能简写！

#导出当前环境:
conda env export envname > env.yml #(跨平台均适用)
conda list --explicit > env.txt #(仅限相同平台)

#导入环境:
conda env create --name <envname> --file env.yml 
conda create --name <env> --file <this file>

卸更新软件：conda  update  软件名
载软件：conda  remove  软件名
删除环境：conda  remove  -n   环境名
克隆环境：conda  create -n 新环境名 -clone  旧环境名
查找软件：conda  search  软件名