R语言基础笔记-03（ggplot2)

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我不知道

修改于 2023-03-14 12:34:14

7790

文章被收录于专栏：生信学习笔记01生信学习笔记01

一、ggplot2

模板：

ggplot(data = <DATA>)+

<GEOM_FUNCTION>(mapping =aes(<MAPPINGS>))

注意：

低级绘图函数单独使用会报错，需依附于高级绘图函数。

ggplot2特殊语法：列名不带引号，行末写加号！

1.属性设置

fill管实心，color管边框

1.1手动设置，需要设置为有意义的值

library(ggplot2)
ggplot(data = iris) + 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, 
                           y = Petal.Length), 
             size = 1,     # 点的大小5mm
             alpha = 0.5,  # 透明度 50%
             shape = 8,  # 点的形状
             color = "blue")#这里color是geom_point的参数，即：把图形设置为一个或n个颜色，与数据内容无关

1.2 映射：按照数据框的某一列来定义图的某个属性

ggplot(data = iris)+
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
                           y = Petal.Length,
                           color = Species))+#这里的color为aes的参数，紧跟x，y出现，是数据框列名
  scale_color_manual(values =c("blue","grey","red")) #自行指定映射的颜色

2.分面

分面的值必须有重复值

2.1分一面

+facet_wrap(~ xxx) ,xxx为数据框的一列，分面的依据

#分一面
ggplot(data = iris) + 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + 
  facet_wrap(~ Species)

2.2分两个面

+facet_grid(xxx ~ yyy)

#双分面
dat = iris 
#sample()取值,replace表示是否放回
dat$Group = sample(letters[1:5],150,replace = T)#结果是新增一列group内容为随机取的1：5中一个
head(dat)
ggplot(data = dat) + 
  geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length, y = Petal.Length)) + 
  facet_grid(Group ~ Species)

3.几何对象

#局部设置
#全局设置
ggplot(data = iris,mapping = aes(x = Sepal.Width,
                                 y = Species)) + 
  geom_violin(aes(fill = Species))+
  geom_boxplot()+
  geom_jitter(aes(shape=Species))

4.直方图：geom_bar

4.1. 直接使用只需指定x，默认y是统计值

#统计变换-直方图
head(diamonds)
table(diamonds$cut)
## 
##      Fair      Good Very Good   Premium     Ideal 
##      1610      4906     12082     13791     21551
ggplot(data = diamonds) + 
  geom_bar(mapping = aes(x = cut))

4.2. 不统计，数据直接做图

+geom_bar(mapping = aes(x = , y = ), stat = "identity")

4.3.统计比例

+geom_bar(mapping = aes(x = cut, y = ..prop.., group = 1))

5.位置关系

5.1. 抖动的点图：+geom_jitter()

5.2. 堆叠直方图：fill=

ggplot(data = diamonds) + 
  geom_bar(mapping = aes(x = cut,fill=clarity))

5.3. 并列直方图：position = "dodge"

ggplot(data = diamonds) + 
  geom_bar(mapping = aes(x = cut, fill = clarity), position = "dodge")

6.坐标系

翻转：+coord_flip()

极坐标系：+ coord_polar()

二、ggpubr

当有分组比较需求时，可用ggpubr，其余用ggplot2就够了

library(ggpubr)
my_comparisons <- list(c("setosa","versicolor"),
                        c("setosa","virginica"),
                        c("versicolor","virginica"))
ggboxplot(iris,
               x = "Species",
               y= "Sepal.Length",
               add = "jitter")+
  stat_compare_means(comparisons = my_comparisons)+
  stat_compare_means(label.y = 9)

三、图片保存

1.ggplot

ggsave("name.png")

ggsave(p, filename = "name.png")

2.三段式

保存的格式和文件名：pdf("test.pdf")

作图代码：...

关闭画板：dev.off

3.eoffice：导入到PPT

library(eoffice)

topptx(p,"p.pptx")

四、拼图

library(patchwork)

p1+p2

TIPS

不要漏了+
注意color是aes的参数还是gp的参数
不要修改内置数据
boxplot叠加点图的时候，点图要分散开：使用geom_jitter
代码顺序决定图层上下

引用自生信技能树马拉松课程小洁老师授课内容：R语言基础03

原创声明：本文系作者授权腾讯云开发者社区发表，未经许可，不得转载。

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