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小站最火爆的转录组测序分析入门教程~

Chris生命科学小站

发布于 2023-02-28 13:40:49

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文章被收录于专栏：Chris生命科学小站五年归档Chris生命科学小站五年归档

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作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢

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全长转录组 | Iso-Seq 三代测序数据分析流程 (PacBio) （3）-- SQANTI3 v5.2

Functional IsoTranscriptomics (FIT) 是美国弗罗里达大学（University of Florida）Ana Conesa 教授团队（Genomics of Gene Expression Lab, ConesaLab）开发的在转录本isoform水平上进行生物信息学分析的流程，旨在提供一个全长转录组end-to-end的解决方案（图1）。SQANTI 3 构成了FIT流程的第一个模块，其设计目的是使长读序列定义的转录组的质量控制和过滤成为可能，这些转录本通常含有artifacts和假阳性。因此，对全长转录组进行校正是进行FIT分析的前提，且对产生可靠的、在生物学上合理的结论/假设至关重要。SQANTI 3 是SQANTI 工具（发布）的最新版本，该版本合并 SQANT 1 和 SQANTI 2 中的功能并加入了新的功能，更好的对全长转录本进行深度表征。

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转录组8种免疫浸润分析方法整理

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2024/08/17

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Science：通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例

单细胞测序可以揭示单个细胞的微妙的变化并对细胞进行分型，在经历了动物单细胞的火热后，植物单细胞转录组的春天来了，Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个。本文详细解析了2019年4月，Brad Nelms和Virginia Walbot两位研究人员在Science期刊上通过单细胞转录组测序解释玉米减数分裂进程的工作。

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昨天的讨论：TCGA等大样本量差异分析该使用DEseq2还是edgeR呢？让大家印象深刻，也有不少留言问到如果转录组测序数据集有批次效应该怎么办。所以我打个补丁给大家，其实使用DEseq2做转录组测序差异分析的时候顺便去除批次效应。

生信技能树

2022/07/26

1.9K0

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Chris生命科学小站0

LV.1

这个人很懒，什么都没有留下～

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