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宏病毒组分析：病毒基因组的质量评估、纯化与vOTUs构建
在宏基因组数据分析中，从复杂的序列混合物中识别出病毒Contigs是第一步。然而，这些初步鉴定出的序列并非都是完整的病毒基因组，它们可能仅仅是病毒基因组的片段、...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:32:21
部署、工具、数据、线程、数据库
三代测序100问（20）：对于三代测序平台，有哪些靶向捕获策略？
三代测序技术以其直接读取长片段DNA或RNA的能力，在基因组从头组装和全长转录组分析等领域展现出无与伦比的优势。然而，在许多研究场景中，我们的兴趣并非遍布整个基...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:31:47
连接、设计、优化、原理、开发
宏病毒组分析：挖掘宏基因组中的病毒序列
宏基因组学通过对环境样本中的全部遗传物质进行测序和分析，可以全面揭示微生物群落的组成、功能和相互作用。病毒携带遗传物质，在生态系统中扮演重要角色。宏病毒序列的鉴...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:30:41
数据库、部署、工具、模型、算法
三代测序100问（19）：纳米孔直接RNA测序分析流程（下）——从序列到生物学洞见
在上一期节目中，我们一同梳理了纳米孔直接RNA测序（DRS）数据从原始信号到高质量碱基序列的预处理流程。今天，我们将接续上期内容，深入探讨如何从这些信息丰富的序...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:30:10
事件、数据、效率、工具、模型
宏基因组：从海量基因组到物种目录的构建、注释与亚型解析
经过前面的处理，我们手中握有一个包含近20万个经过严格质控的基因组（MAGs + 参考基因组）的庞大集合。然而，这片数据的海洋充满了冗余，且个体的身份仍然未知。
天意生信云 2天前2025-11-20 16:29:17
数据、算法、集合、脚本、软件
三代测序100问（18）：纳米孔直接RNA测序分析流程（上）——从原始信号到高质量序列
在前面的系列文章中，我们一同领略了纳米孔直接RNA测序（Direct RNA Sequencing, DRS）技术如何为我们打开一扇直视RNA“原始手稿”的窗户...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:28:11
模型、数据、优化、存储、工具
宏基因组的终章：构建发表级参考基因组数据库 (RefSeq + HBC + GUNC)
在前面的系列教程中，我们已经掌握了从原始数据到高质量 MAGs 的全套流程。现在，我们面临一个更深层次的问题：我们精心重建的 MAGs，在全球微生物多样性的版图...
天意生信云 2天前2025-11-20 16:23:36
工具、集合、教程、数据、数据库
三代测序100问（17）：纳米孔测序平台自适应采样技术的应用
在上一期《三代测序100问》中，我们揭示了纳米孔测序平台自适应采样（Adaptive Sampling）技术的革命性原理——它将靶向富集从繁琐的湿实验台，巧妙...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:53:26
原理、软件、设计、算法、效率
宏基因组进阶：从初级 MAGs 到发表级基因组的精细化质控
经过了 De Novo 组装和自动化分箱，我们已经成功从复杂的宏基因组数据中重建出了一批微生物基因组草图 (MAGs)。但是，这些 MAGs 准备好用于下游...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:53:14
服务器、工具、教程、软件、数据库
宏基因组进阶：从 Contigs 到高质量基因组草图 (MAGs) 的分箱实战
在上一篇教程中宏基因组组装实战教程 (MEGAHIT + BBMap + BWA)，我们成功将测序 reads 组装成了 contigs，并计算了它们的覆盖深度...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:52:07
工具、教程、配置、软件、服务器
三代测序100问（16）：纳米孔测序平台自适应采样技术的原理
随着三代测序技术的深入发展，研究者的目光已不再仅仅满足于获取基因组的序列信息。一个日益增长的需求是，如何在对特定基因组区域进行测序的同时，完整地保留其天然的碱基...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:51:48
硬件、原理、设计、算法、系统
宏基因组组装实战教程 (MEGAHIT + BBMap + BWA)
在前面的文章我们用Claude code辅助完成了宏基因组测序数据的质控和去宿主Claude code做宏基因组数据质控、手把手教你指挥KneadData精准“...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:50:20
服务器、教程、排序、软件、数据
宏基因组分析的黄金搭档：通用工具链与高性能服务器
从原始序列到功能图谱，以下是宏基因组分析链中涉及的各个工具和数据库的详细介绍。每个工具都有其独特的功能和应用场景，帮助完成从数据质量控制、分类分析、功能注释到最...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:50:05
数据库、服务器、高性能、工具、数据
三代测序100问（15）：三代纳米孔测序平台的DRS测序适合什么研究？
在转录组学的研究版图中，基于cDNA的测序方法无疑是应用最广泛的技术。然而，随着研究的深入，科学家们不再仅仅满足于知晓哪些基因被表达，更渴望探究RNA分子在细胞...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:49:40
效率、翻译、算法
三代测序100问（14）：三代纳米孔测序是否适用于短片段DNA？
当我们谈及三代纳米孔测序，脑海中浮现的第一印象往往是其无与伦比的长读长能力，从数万碱基（kb）到数兆碱基（Mb），它为基因组学研究带来了革命性的突破。然而，生命...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:48:20
模型、算法、芯片、优化、连接
三代测序100问（13）：三代纳米孔测序到底能测多长？
在三代测序技术的璀璨星空中，纳米孔测序以其独特的“实时、长读长”特性而备受瞩目。一个常常萦绕在研究者，特别是初学者心头的问题便是：“纳米孔测序到底能测多长？在时...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:47:57
芯片、优化、原理、工作、数据
手把手教你指挥KneadData精准“斩断”宏基因组宿主干扰
在上一期推文中Claude code做宏基因组数据质控，我们展示了如何利用Claude code辅助完成宏基因组数据的质量控制。高质量的“Clean Reads...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:47:25
软件、数据、索引、自动化、工具
三代测序100问（12）：三代测序细菌完成图值得做吗？
在微生物学研究的广阔天地里，基因组测序已成为解析细菌遗传密码、探索其生命奥秘的基础性工具。然而，当研究者们准备启动一个细菌基因组项目时，常常会面临一个关键的十字...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:46:03
数据库、对象、基础、框架、数据
三代测序100问（11）| 有一键进行三代全长转本的组装和定量的分析工具吗？
在上一期《三代测序100问》中，我们详细探讨了经典工具StringTie如何在三代全长转录组分析中大展身手，特别是结合Minimap2进行比对后的组装和定量。然...
天意生信云 2025-09-302025-09-30 14:45:54
工具、软件、设计、性能、重构
CPU、内存、存储：生信分析任务的服务器配置精要
生物信息学分析通常涉及大规模数据处理和计算密集型任务，因此需要高性能的服务器支持。根据不同的分析任务和数据量，服务器配置的要求也有所不同。今天就汇总一下不同分析...
天意生信云 2025-08-132025-08-13 14:38:41
内存、存储、cpu、服务器、服务器配置

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