KS科研分享与服务-TS的美梦

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LV0

发表了文章 7天前2025-12-31 18:31:25

空转python版【2】：visium空转h5ad数据转化为seurat测试

上一节介绍了python版visium数据的分析，问题这不随之而来了嘛！在scRNA分析的时候，就有这个需求，现在scRNA的seurat和scanpy两大主要...

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2025-12-31 18:31:25

数据、python、测试、工具、函数

发表了文章 7天前2025-12-31 18:30:50

空转python版【1】：visium分析(scanpy+squidpy)---矩阵只有10X标准3个文件怎么办？

两个方面的原因：第一是有部分小伙伴的数据分析生态是在python中进行的。第二是类似于scRNA分析的时候，有些功能分析可能R和python不能兼顾，所以必须认...

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2025-12-31 18:30:51

python、spatial、函数、可视化、数据

发表了文章 7天前2025-12-31 18:29:27

【Nature review Genetis】最新报道，就算一天一种反卷积方法，两个月都写不完！

空间转录组学是一种研究细胞空间组织结构的强大方法，而细胞的空间组织是多细胞生命在发育、功能和演化中的关键特征。然而，基于测序的空间转录组学尚未达到单细胞分辨率，...

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2025-12-31 18:29:27

测试、工具、模型、数据、methods

发表了文章 7天前2025-12-31 18:28:19

空转联合单细胞分析(十）:visium空转反卷积测试之SPOTlight流程

前面我们介绍了visium空转反卷积常用方法RCTD，这里介绍另外一种基于R的反卷积方法-SPOTlight，也是论文中的常客。

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2025-12-31 18:28:19

数据、性能、测试、工具、模型

发表了文章 7天前2025-12-31 18:27:34

空转联合单细胞分析(九）:复现Nature子刊之Visium HD空转RCTD反卷积演示

对于visium HD数据，没有执行细胞分割，bins其实也不能代表单个细胞，只是8um和16um的精度已经足够接近，也可以进行反卷积进行细胞注释。这里演示RC...

KS科研分享与服务-TS的美梦 7天前2025-12-31 18:27:34

crc、data、flex、metadata、数据

发表了文章 18天前2025-12-20 17:30:51

空转联合单细胞分析(二）：【干一件有功德的事】构建一个20w细胞且有意义的Endometrium scRNA参考图谱

因为后期空转反卷积需要scRNA参考数据集，所以这里构建一个。前期演示的空转数据是人类子宫内膜（跟着Nature学空转分析(一）：10x visium多样本基础...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:30:51

file、layer、search、using、数据

发表了文章 18天前2025-12-20 17:28:22

跟着Nature学空转分析(一）：10x visium多样本基础分析的再次回顾---解析生孩子的困境

空转上游你可以不做，但不能不会呀！详细演示Visium HD上游公共数据库分析及图像对齐矫正

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:28:22

基础、教程、可视化、数据、data

发表了文章 18天前2025-12-20 17:27:50

空转上游你可以不做，但不能不会呀！详细演示Visium HD上游公共数据库分析及图像对齐矫正

Visium HD(High Definition)是10x Genomics 2023年推出的新一代空间转录组平台。相比传统Visium（每个spot直径约5...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:27:50

软件、数据、数据库、data、工具

发表了文章 18天前2025-12-20 17:22:35

【拿捏热图/详细注释】pyComplexHeatmap系列（三）之气泡热图绘制

接着上一节的介绍（【拿捏热图/详细注释】pyComplexHeatmap系列（一）之基础绘制之差异基因聚类热图并标注关键基因【拿捏热图/详细注释】pyCompl...

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row、函数、基础、数据、data

发表了文章 18天前2025-12-20 17:20:46

【拿捏热图/详细注释】pyComplexHeatmap系列（二）之大型复杂注释热图绘制

接着上一节的介绍（【拿捏热图/详细注释】pyComplexHeatmap系列（一）之基础绘制之差异基因聚类热图并标注关键基因）。从简单的入手了解函数的基本用法，...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:20:47

基础、可视化、数据、label、函数

发表了文章 18天前2025-12-20 17:20:08

Monocle2拟时基因富集分析

Monocle2拟时分析及可视化我们整了好多呀，算是整明白了吧。monocle2拟时热图修饰我们已经做过了。这里的演示不再使用修饰，用monocle2自带的拟时...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:20:08

数据、图表、heatmap、公众号、函数

发表了文章 18天前2025-12-20 17:19:38

【拿捏热图/详细注释】pyComplexHeatmap系列（一）之基础绘制之差异基因聚类热图并标注关键基因

热图是生物数据分析最常见、最炙手可热的数据展示形式，我们之前专门出过很多热图系列，以及衍生的热图修饰，五花八门，非常齐全，公众号检索‘热图’可以浏览基础用法以及...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:19:38

图表、legend、函数、基础、数据

发表了文章 18天前2025-12-20 17:08:16

单细胞教程常见报错（原因 + 解决方法建议）完整合集---从此不怕分析“拦路虎”

数据分析中对于新手来说，最怕的就是出现报错，而且明明别人能够跑出的教程却在自己这里出错了，又无从下手，非常的打击学习的信心；其实在代码没有写错，数据没有问题的基...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:08:17

error、函数、集合、教程、终端

发表了文章 18天前2025-12-20 17:07:53

复现PNAS图表：Complexheatmap/ggplot2绘制离散型热图及修饰

（reference：Convergent molecular, cellular, and cortical neuroimaging signatures ...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 17:07:54

text、数据、图表、element、ggplot2

发表了文章 18天前2025-12-20 16:57:26

【再复杂的实验设计也不怕】单细胞数据pseudobulk及差异分析集成包dreamlet

之前介绍完单细胞数据pseudobulk分析之后（参考：玩转单细胞(23)：基于seurat包AggregateExpression函数的单细胞转录组pseud...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 16:57:26

对象、函数、模型、数据、变量

发表了文章 18天前2025-12-20 16:57:03

空转联合单细胞分析(五）:10X Visium HD上手就是复杂情况？多样本拼片如何进行拆分？

一般常见到的空转都是一个sample在一个捕获区域，但是也许您会遇到或者需要进行这样的操作，在一个空转visium/visium HD捕获区域有多个组织，或者多...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 16:57:03

工具、可视化、软件、数据、数据库

发表了文章 18天前2025-12-20 16:56:24

空转联合单细胞分析(四）：发子刊好思路之方法测试-反卷积RCTD（spacexr）流程完整版

演示的scRNA和STRNA数据都是基于seurat v5分析的结果，用于反卷积的scRNA细胞注释是大类，因为演示仅仅作为演示没有详细的注释，原则上来说，需要...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 16:56:24

函数、可视化、数据、测试、对象

发表了文章 18天前2025-12-20 16:53:41

空转联合单细胞分析(三）：AI自动注释？人子宫内膜scRNA细胞注释【附seurat obj下载链接】

上节完成了基本构建分析（空转联合单细胞分析(二）：【干一件有功德的事】构建一个20w细胞且有意义的Endometrium scRNA参考图谱），接着我们对细胞进...

KS科研分享与服务-TS的美梦 18天前2025-12-20 16:53:41

工具、模型、数据、data、scale

发表了文章 21天前2025-12-18 14:05:31

空转联合单细胞分析(八）:Visium HD多样本整合分析（基于seurat）

空转上游你可以不做，但不能不会呀！详细演示Visium HD上游公共数据库分析及图像对齐矫正

KS科研分享与服务-TS的美梦 21天前2025-12-18 14:05:31

教程、数据、crc、merge、sketch

发表了文章 21天前2025-12-18 14:05:11

空转联合单细胞分析(七）:10X Visium HD基于空间信息的BANKSY聚类

空转上游你可以不做，但不能不会呀！详细演示Visium HD上游公共数据库分析及图像对齐矫正

KS科研分享与服务-TS的美梦 21天前2025-12-18 14:05:11

可视化、数据、算法、数据库、教程

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KS科研分享与服务公众号，分享组学分析及可视化，专业单细胞转录组、空间转录组分析及个性化做图等
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浙江大学
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