代谢组学—Metabolomics Workbench数据库介绍

之前做的代谢组学下游分析，其实都是从测序公司给的下游数据开始处理的。对于代谢组学还有两个比较关键的点没有涉及，一是从原始的离子峰（质谱数据）处理，而是从公共数据...

可视化—转录组基因表达相关性热图

可视化—转录组箱线图美化

以前画的箱线图比较基础，最近看到一篇关于单细胞箱线图美化的帖子，正好今天在做bulkRNA的分析，就照个这篇帖子的代码，重写了一份适合bulkRNA的箱线图美化...

孟德尔随机化—解决提取IEU数据库中提取不到数据的情况

最近在做孟德尔随机化的分析工作，需要从ieu数据库中提取gwas数据，如"ieu-b-40"，但是一直报错，如

非靶向代谢组学—全分析流程3（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。

非靶向代谢组学—全分析流程2（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可。

非靶向代谢组学—全分析流程1（以3分组为例）

这里记录下非靶向代谢组学的全分析流程，以3分组为例，即正常组、疾病组、治疗组。对于简单的2分组或者更为复杂的分组，只需要对应修改下即可

可视化—KEGG气泡图和桑葚图绘制

最近太忙了，其实有很多很多笔记需要整理，无奈实在没有时间进行。今天看到其他小伙伴的代码里绘制的KEGG气泡图和桑葚图觉得特别好看，就仔细扒一扒，写一篇笔记。

可视化—KEGG\GO分析结果气泡图美化

之前做的图比较丑，这里记录下比较好看的美化代码。没有封装函数了，改起来比较方便，随用随拿。

数据挖掘—NCBI中获取某基因序列和转录起始位点

https://www.bilibili.com/video/BV1fM411q7tV/?spm_id_from=333.1387.homepage.video...

数据挖掘—R包镜像设置

有的时候，安装R包镜像出问题，或者某个镜像出问题的时候，我就要找各种帖子或者官网自己找。关键每次找的时候间隔时间比较长，很多时候就忘了怎么快速弄了。这不今天清华...

数据挖掘—多种方式获取全面的单体靶点

网络药理学中，有的时候我们不是只关注某种复方或者中药的靶点，有的时候只要关注某种单体的潜在靶点。这就存在了一个问题，基于单一后者少数的数据库或途径得到的单体靶点...

数据挖掘—KEGG/GO分析中的富集因子、P值等概念理解

clusterProfiler 的结果表中没有直接显示富集因子enrichmentFactor，但是可以自己计算。首先还是辨析下，bgRatio（背景比例）、g...

非靶向代谢组学—基础知识3（测序报告解读）

最近重新看了某测序公司的非靶向代谢组学的分析报告，感觉收获很大。这次就对非靶向代谢组学的常规下游分析内容进行一个整理，并不涉及代码，主要对基础概念的解读。

数据挖掘—使用babelgene进行不同物种间的基因映射

目前常见的分析主要涉及3个物种，即人类、小鼠、大鼠，3者在基因名书写上存在一定特点

微生物组学1—基础概念

今天开始跟着“生信技能树”进行微生物组学的学习，以下笔记以“生信技能树”教学内容为大纲，并综合各方面内容（华大基因、中科新生命微生物组产宣材料、chatgpt等...

两蛋白间的分子对接3—使用AlphaFold进行

据说AlphaFold进行分子对接比传统的蛋白分子工具如zdock、hdock的对接效果更好。因为AlphaFold是柔性对接，而其他是刚性对接或者半柔性对接。...

GEO数据挖掘—处理Affymetrix的表达量芯片的cel文件

可见该矩阵的表达范围是5.000 13.449，证明已经log过，不需要再log的操作了，但是箱线图确实特别奇怪，即他的中位数和四分之一位数是重叠在一起的，然后...

非靶向代谢组学—基础知识2（多组学联合分析思路）

继续开始代谢组学的学习路程，昨天晚上看了B站联川生物出的解读非靶向代谢组学的生信报告，讲的很好。里面一些代谢组学和和其他组学联合分析的思路对我的启发挺大，这里记...

非靶向代谢组学—基础知识1

最近才开始接触到代谢组学的内容，一些基础知识不甚了解，这里记录下和chatGPT之间的对话，算是开启我的代谢组学的学习之路。