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好了,开始我们今天的内容,单细胞代谢推断,我们从最新的三个软件,compass,scmetabolism以及scFEA入手分析。
单细胞测序数据也可以做gsea,步骤跟用RNAseq的数据差不多,主要是要用到差异基因并且根据Fold change来排序。
NGS系列文章包括NGS基础、高颜值在线绘图和分析、转录组分析 (Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这)、ChIP-seq分析 (ChIP-...
根据作者的单细胞研究,找到了化疗耐药相关通路, The gene signatures associated with chemore- sistance in...
GSVA对数据库中的每一个通路在每个样本中算了一个值,相当于GSEA的enrichment score, 如果得分越高,说明这个通路在该样本中被改变的越严重。
背景:免疫疗法已成为治疗晚期或常规耐药恶性肿瘤的一种有前途的方法。在肺腺癌 (LUAD) 方面,T 细胞对抗肿瘤活性和肿瘤微环境有显著影响。然而,它们具体的贡献...
背景:目前大多数关于非小细胞肺癌(NSCLC)预后模型构建的研究仅涉及批量RNA-seq数据,而没有整合单细胞RNA-seq(scRNA-seq)数据。此外,大...
这些年陆陆续续阅读了近百篇该领域的CNS文献,所以我大概总结了单细胞转录组技术肿瘤研究3大应用方向
我们依赖于这个V4的版本的Seurat流程做出来了大量的公共数据集的单细胞转录组降维聚类分群流程,100多个公共单细胞数据集全部的处理,链接:https://p...
文章标题:《Comprehensive single-cell transcriptomic and proteomic analysis reveals NK...
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TA 很懒,什么都没有留下╮(╯_╰)╭