生信探索

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LV4

发表了文章 2025-08-292025-08-29 07:50:56

一文看懂 Mantel 相关性连线图：万物互联 X与Y的关联原来这么可视化！

Mantel 检验是一种用于评估两个矩阵之间相关性的统计方法，主要应用于生态学研究中。它的核心思想是：

生信探索 2025-08-292025-08-29 07:50:56

r 语言、ggplot2

发表了文章 2025-08-142025-08-14 20:10:37

三行代码搞定AutoDock Vina批量分子对接

分子对接是药物发现和蛋白研究中的核心步骤，但传统流程中，从分子下载、软件配置到结果分析，往往需要繁琐的操作和大量参数调试，让新手望而却步。

生信探索 2025-08-142025-08-14 20:18:08

人工智能

发表了文章 2025-08-142025-08-14 20:02:30

一文读懂PDB格式 protein database bank

最近在做分子对接和分子模拟，涉及到了一些盲区，必去pdb文件是按照列位数储存信息的，跟其他文件的空格或者制表符分割很不同，所以也可能出现一些错误，比如信息错位，...

生信探索 2025-08-142025-08-14 20:02:30

人工智能

发表了文章 2025-08-052025-08-05 13:56:30

影像组学多模态模型预测肺癌新辅助免疫化疗作者开源模型可以用于自己研究中直接提取特征或者经过微调后再提取特征

2024年一项发表于《Journal for ImmunoTherapy of Cancer》的多中心研究显示，通过术前平扫+增强CT构建的深度学习模型（LUN...

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人工智能

发表了文章 2025-07-202025-07-20 20:44:28

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理27 GSE83456

虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所...

生信探索 2025-07-202025-07-20 20:44:28

大数据

发表了文章 2025-07-202025-07-20 06:58:38

深度学习实战 04：卷积神经网络之 VGG16 复现三（训练）

在后续的系列文章中，我们将逐步深入探讨 VGG16 相关的核心内容，具体涵盖以下几个方面：

生信探索 2025-07-202025-07-20 06:58:38

深度学习框架

发表了文章 2025-07-192025-07-19 23:10:34

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理26 GSE28623

生信探索 2025-07-192025-07-19 23:10:34

r 语言

发表了文章 2025-07-092025-07-09 21:31:53

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理025.GSE248467

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大数据

关注了用户 2025-04-072025-04-07 09:17:13

三代测序说

山一大青年教师一枚，从事测序工作多年，致力于三代测序技术的教育与推广！

29 文章0 回答47 关注者

发表了文章 2025-03-142025-03-14 20:59:43

monocle2 BEAM分析报错，修改源码，提供修改后的安装包

为解析单细胞转录组数据中细胞命运分化的关键调控节点，Monocle2的BEAM（Branched Expression Analysis Modeling）分析...

生信探索 2025-03-142025-03-14 20:59:43

r 语言

发表了文章 2025-02-252025-02-25 20:46:58

monocle2报错修改源码，提供修改后的安装包

Monocle2 于 2017年正式发表于《Nature Methods》（论文标题："The dynamics and regulators of cell...

生信探索 2025-03-142025-03-14 21:01:16

r 语言

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发表了文章 2024-11-082024-11-08 09:26:16

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理GSE25097（018）

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r 语言

发表了文章 2024-07-102024-07-10 14:20:26

100个GEO基因表达芯片或转录组数据处理之GSE126848（003）

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r 语言

发表了文章 2023-05-302023-05-30 08:23:05

Julia编程12：文件系统

把pkg.csv链接到上层目录，上层目录不能存在名为pkg.csv的文件否则报错。

生信探索 2023-05-302023-05-30 08:23:05

python、julia、数据分析、大数据、机器学习

发表了文章 2023-05-302023-05-30 08:21:39

01.GATK肿瘤基因变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介

GATK best practices workflow Pipeline summary

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python、生物基因、snakemake

发表了文章 2023-05-272023-05-27 10:01:23

GATK最佳实践之数据预处理SnakeMake流程

写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之...

生信探索 2023-05-272023-05-27 10:01:23

python、生物基因、snakemake

发表了文章 2023-05-262023-05-26 10:33:07

01.GATK人种系变异最佳实践SnakeMake流程：WorkFlow简介

学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VC...

生信探索 2023-05-262023-05-26 10:33:07

python、snakemake、生物基因

发表了文章 2023-05-242023-05-24 16:46:15

Python实现将Excel表格按某列拆分为多个sheet

实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。

生信探索 2023-05-242023-05-24 16:46:15

python、geopandas

发表了文章 2023-05-242023-05-24 09:44:03

Pandas数据框去重复（AB、BA类型）

从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA）

生信探索 2023-05-242023-05-24 09:44:03

python、数据分析、pandas

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三代测序说

monocle2 BEAM分析报错，修改源码，提供修改后的安装包

monocle2报错修改源码，提供修改后的安装包

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Python实现将Excel表格按某列拆分为多个sheet

Pandas数据框去重复（AB、BA类型）

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