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Monocle2 于 2017年 正式发表于《Nature Methods》（论文标题："The dynamics and regulators of cell...
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虽然现在是高通量测序的时代，但是GEO、ArrayExpress等数据库储存并公开大量的基因表达芯片数据，还是会有大量的需求去处理芯片数据，并且建模或验证自己所...
把pkg.csv链接到上层目录，上层目录不能存在名为pkg.csv的文件否则报错。
GATK best practices workflow Pipeline summary
写的数据预处理snakemake流程其实包括在每个单独的分析中比如种系遗传变异和肿瘤变异流程中，这里单独拿出来做演示用，因为数据预处理是通用的，在call变异之...
学习的第一个GATK找变异流程，人的种系变异的短序列变异，包括SNP和INDEL。写了一个SnakeMake分析流程，从fastq文件到最后的vep注释后的VC...
实际数据分析中遇到需求，把某个Excel表格按照某一列分为多个sheet，并且要求如果某个key对应的行数较少应该合并到一个sheet中。
从string-db下载蛋白质相互作用的信息，在处理时发现蛋白A与B互作被记录了两次比如下边的例子（即AB、BA）
并且需要再app.py文件最后一行加上，因为wsgi从app.py中导入并运行的是server
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and sc...
VCF是Variant Call Format的简称，是一种定义的专门用于存储基因序列突变信息的文本格式。在生物信息分析中会大量用到VCF格式。例如基因组中的单...
https://mp.weixin.qq.com/mp/appmsgalbum?__biz=Mzg5MDg4MDU4MQ==&action=getalbum&a...
之前的推文中使用最小二乘法求损失函数的最小值，但是在机器学习和深度学习中更通用的方法是使用梯度下降方法找到最优解。
发生r次的概率$P(x=r)=C_{n}^{r} p^{r}(1-p)^{n-r}$
https://mp.weixin.qq.com/s/UsDC-t1j7NHaLTnI6xCATQ
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