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作为一只资深的R语言讲师,我们做富集分析从来都是ClusterProfiler伺候。因为与R语言其他分析的完美衔接,也因为Y叔超强的开发能力和独特的人格魅力。
做点数据处理和可视化,需要编程基础;做出来图表,需要解读和文献验证,又是大把的时间啊。 来自巴基斯坦费萨拉巴德政府大学的Muhammad Tahir ul Qa...
应该是会经常遇到这样的热图,就是说它的聚类情况无法与分组信息吻合。其实这个并不是错了,是因为用于聚类的行(选出的这部分基因)的表达模式在两组之间没有明显区别。
之前演示了如何使用meta分析整合多次差异分析结果,本文演示如何用RRA算法整合。
画图课程如火如荼的内测ing~~~大家的学习热情高涨,我们也在随时收集大家喜欢的图。今天的图是直播课学生许愿的:
最近在筹备R语言画图课程,目前正在内测,因为只发了一下朋友圈和内部群就已经很多人了,就没有发在公众号。等我们根据内测的反馈打磨一番再拿出来给大家品鉴哦,可以蹲守...
优点:逻辑简单,读者一看就懂。 缺点:存在严重的**“漏斗效应”**。很多基因可能在一个数据集中显著(P<0.05),在另一个数据集中处于边缘显著(比如 P=0...
GSE309870是个转录组数据,他的表达矩阵的编码方式有问题,传统的几个读取方式都扑街了,encode参数只能和设置 latin1、UTF-8、bytes、u...
我把函数的源代码拆出来运行,发现这个报错出自PCA函数,就是计算PCA的时候报错。好了,分分钟排除掉了自己的嫌疑!哈哈哈哈。
条形图是一种常见的数据可视化工具,它通过长方形的长度来表示数据的大小。在实际应用中,条形图有多种形态,不只是展示比例,还可以展示数量,每种形态都有其独特的使用场...
学生说想要在Rstudio的Tools-Global Options里面设置西湖大学的镜像,但是在软件提供的镜像列表里面找不到西湖大学。
这不是网络问题,这是没钱了,GEO网站头部的条说了。但还好,数据页面可以正常使用,最近群众发现可以曲线救国一下,从隔壁进去:
最近的单细胞代码出现了3个bug,其根源都是大佬更新包。只有新装或者更新这些包才会遇到问题哦,以前的用户不更新就不会有问题哈哈哈。
提供我的输入数据,在生信星球公众号聊天框回复"我就是命好",获得我的示例数据。其中seu.obj.Rdata是做完注释后的seurat对象,markers.Rd...
但因为你有我,所以就有planB,用这个代码即可,亲测不需要特殊网络,下载速度很快:
用conda install安装python或者linux的软件和包,会自动安装你的python版本选择能够适配的最新版本。这就导致一个问题:在不同的时间运行相...
RNA速率(RNA velocity)分析是一种通过比较未剪接(unspliced)和已剪接(spliced)RNA的比例来推断细胞状态转换方向的方法。本教程会...
此时懵懵的你一定会说,还是不行。我不喜欢这四个字,下次请换个说辞,说详细一点,参考:什么,“还是不行”?
当年前小小的我写过一篇推文,介绍这个包,且在我们的直播课中使用了这个包,介绍在:
最近我们的python单细胞暑期班开课了,👉趁暑假学会Python,解锁单细胞数据的无限可能
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