生信大杂烩

文章/答案/技术大牛

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LV0

发表了文章 2026-01-142026-01-14 17:00:20

空间转录组分析新工具 | MEcell：自适应微环境感知建模，精准解析细胞身份！

随着单细胞和空间组学技术的飞速发展，我们对组织架构的理解已进入了“高清时代”。然而，如何准确鉴定空间背景下的细胞身份（Cell Identity）依然是生信分析...

生信大杂烩 2026-01-142026-01-14 17:00:20

架构、数据、算法、测试、工具

发表了文章 2026-01-062026-01-06 14:55:51

空间组学新纪元：从组织架构到临床决策，深度解码肿瘤生态系统的演进与转化

在过去十年中，单细胞组学技术如同一把“手术刀”，将复杂的肿瘤组织拆解为遗传、表观遗传和转录程序各异的单个细胞，极大地深化了我们对肿瘤异质性的理解。然而，正如仅...

生信大杂烩 2026-01-062026-01-06 14:55:51

模型、数据、原理、基础、架构

发表了文章 2025-12-292025-12-29 11:43:00

代码分享 | 空间数据(Xenium, CosMx, Visium HD, STO)识别肿瘤交界区扩展--免疫浸润带

在空间转录组数据分析中，我们经常需要研究肿瘤细胞（Tumor）与正常组织（Normal）的交界区域。这个区域被称为浸润边缘（Invasive Margin），一...

生信大杂烩 2025-12-292025-12-29 11:43:01

遍历、数据、原理、mask、max

发表了文章 2025-12-292025-12-29 11:41:51

代码分享 | 复现空间转录组“邻域组成”堆叠图

在空间转录组学（Spatial Transcriptomics）研究中，细胞不仅仅是表达谱的集合，更是组织生态系统中的节点。解析细胞的“邻域组成”（Neighb...

生信大杂烩 2025-12-292025-12-29 11:41:51

set、types、函数、索引、list

发表了文章 2025-12-292025-12-29 11:41:45

代码分享 | 空间数据肿瘤交界区扩展--绘图

前面我们介绍了怎样在空间转录组数据分析中，基于定义好的细胞类型，自动识别出肿瘤边界，然后拟合处一条肿瘤边界线，最后分别统计每个细胞距离这条边界线的物理距离，将...

生信大杂烩 2025-12-292025-12-29 11:41:45

函数、数据、统计、range、set

发表了文章 2025-12-202025-12-20 16:02:56

空间转录组数据分析环境搭建：使用 Conda 和 VSCode 实现本地/远程无缝开发

空间转录组数据分析依赖大量 Python/R 包和系统级依赖，版本冲突是常见问题。Conda 作为环境管理工具，能够创建完全隔离、可移植的软件环境，...

生信大杂烩 2025-12-202025-12-20 16:02:56

服务器、环境搭建、开发、数据分析、conda

发表了文章 2025-11-242025-11-24 14:18:45

Xenium | 数据输出与结果总览

空间转录组学技术路线大致可分为两类：基于成像的技术和基于测序的技术。基于成像的技术可以直接观察组织切片中的基因表达情况，通常能够实现单细胞或亚细胞级...

生信大杂烩 2025-11-242025-11-24 14:18:45

基础、软件、设计、数据、算法

发表了文章 2025-11-122025-11-12 20:07:06

Xenium数据分析 | 使用Xenium Ranger重新分析数据

Xenium组织空间原位多组学分析系统具有许多技术优势，已成为以亚细胞分辨率分析多重空间基因表达和蛋白质表达的理想产品。该平台的核心是全自动和高通量...

生信大杂烩 2025-11-122025-11-12 20:07:06

软件、数据、数据分析、工具、基础

发表了文章 2025-11-122025-11-12 20:06:34

Xenium Explorer 多样本拼片拆分 & ROI 区域圈选 -- 代码更新

之前我们有介绍过使用Xenium Explorer对一张Xenium芯片上多个样本数据进行拆分或者在组织上圈选ROI，基本上步骤就是在Xenium ...

生信大杂烩 2025-11-122025-11-12 20:06:34

函数、数据、芯片、explorer、table

发表了文章 2025-11-122025-11-12 20:06:21

Nature Immunology | 人类皮肤成纤维细胞单细胞和空间转录组图谱揭示不同组织中与疾病相关的成纤维细胞亚型的共性

2025年9月《Nature Immunology》在线发表了一篇题目为A single-cell and spatial genomics atlas of ...

生信大杂烩 2025-11-122025-11-12 20:06:21

设计、数据、系统、框架、模型

发表了文章 2025-11-122025-11-12 20:05:31

Xenium空间转录组实战 | Xenium Explorer 多样本拼片拆分 & ROI 区域圈选

随着 10x Xenium 平台在组织水平上的空间转录组应用越来越广，实验和分析过程中经常会遇到以下两个典型问题：

生信大杂烩 2025-11-122025-11-12 20:05:31

工具、软件、数据、效率、explorer

发表了文章 2025-11-122025-11-12 20:05:16

Biomni：来自斯坦福的通用型生物医学 AI 智能体，科研"虚拟助手"来了！

在当今生物医学研究中，实验手段和数据量正以前所未有的速度膨胀。从基因组学、单细胞组学到多模态数据，再到可穿戴设备的健康监测，科研人员每天都在与庞大的...

生信大杂烩 2025-11-122025-11-12 20:05:17

数据库、工具、配置、设计、数据

发表了文章 2025-08-012025-08-01 14:10:46

基于成像空间转录组技术的肿瘤亚克隆CNV原位推断方法

2025年7月2日 bioRxiv预印了一篇文章 In Situ Inference of Copy Number Variations in Image-Ba...

生信大杂烩 2025-08-012025-08-01 14:10:46

模型、数据、算法、系统、效率

发表了文章 2025-07-242025-07-24 17:13:09

Space Ranger v4 HD细胞分割！Seurat/Scanpy 还没跟上？一个函数帮你无缝读取细胞分割结果

一、写在前面 10x Genomics 于 2025 年 6 月发布了 Space Ranger v4.0，这是 Visium 空间转录组分析管线的重要升级。在...

生信大杂烩 2025-07-242025-07-24 17:13:09

数据、space、对象、函数、可视化

发表了文章 2025-07-202025-07-20 10:57:06

单细胞空间多组学揭示肿瘤相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域-空间细胞亚群细分代码实现

CAF 是肿瘤微环境中的关键成分，能够通过细胞间相互作用影响免疫逃逸、药物耐受和转移。然而，CAF 的空间异质性与其生物功能尚未完全理解。癌症相关成纤维...

生信大杂烩 2025-07-202025-07-20 10:57:06

matrix、sample、数据、统计、cell

发表了文章 2025-07-122025-07-12 11:29:13

Visium HD | Spaceranger v4 细胞分割结果分析

2025 年 6 月10x Genomics 的 Space Ranger 软件在升级到了 v4.0 版本。这个新版本最大的亮点就是支持了 Vis...

生信大杂烩 2025-07-122025-07-12 11:29:13

模型、数据、统计、深度学习、架构

发表了文章 2025-06-152025-06-15 11:52:06

Xenium多样本分析实战-代码分享

最近陆陆续续完成了几个Xenium项目的数据分析，主要集中在肿瘤样本研究，每个项目由于实验设计的不同，老师关心的科学问题不同，都做了许多个性化的分析，有时间闲下...

生信大杂烩 2025-06-152025-06-15 11:52:06

数据分析、函数、数据、统计、异常

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:21:16

Visium HD多样本拼片拆分

Visium HD实验的时候一个捕获区域内可以包含多个样本拼片（例如多个组织切片或不同样本的排列）是常见的实验设计，多样本拼片能够提升实验效率，单张玻片处理多...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:21:16

数据、芯片、barcode、sample、工具

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:20:30

Nature Immunology | 老年癌症患者为何更难治愈？最新研究揭示关键机制！

癌症中的年龄相关免疫功能障碍的病因和影响尚不完全清楚。本文表明，老化肿瘤微环境（TME）中有限的 CD8+ T 细胞激活，超出了细胞本身缺陷对肿瘤控制的限制。在...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:20:31

数据分析、基础、模型、排序、数据

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:19:21

腾讯IMA上线！数据分析+文献阅读神器，效率翻倍

ima.copilot（简称 ima）是一款以知识库为核心的智能工作台，集搜索、阅读、写作为一体，全面提升用户的学习与办公效率。产品接入腾讯混元大模型与 Dee...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:19:21

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单细胞、空间转录组、蛋白代谢多组学数据分析学习记录。
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