生信大杂烩

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发表了文章 2025-08-012025-08-01 14:10:46

基于成像空间转录组技术的肿瘤亚克隆CNV原位推断方法

2025年7月2日 bioRxiv预印了一篇文章 In Situ Inference of Copy Number Variations in Image-Ba...

生信大杂烩 2025-08-012025-08-01 14:10:46

模型、数据、算法、系统、效率

发表了文章 2025-07-242025-07-24 17:13:09

Space Ranger v4 HD细胞分割！Seurat/Scanpy 还没跟上？一个函数帮你无缝读取细胞分割结果

一、写在前面 10x Genomics 于 2025 年 6 月发布了 Space Ranger v4.0，这是 Visium 空间转录组分析管线的重要升级。在...

生信大杂烩 2025-07-242025-07-24 17:13:09

数据、space、对象、函数、可视化

发表了文章 2025-07-202025-07-20 10:57:06

单细胞空间多组学揭示肿瘤相关成纤维细胞的保守空间亚型和细胞邻域-空间细胞亚群细分代码实现

CAF 是肿瘤微环境中的关键成分，能够通过细胞间相互作用影响免疫逃逸、药物耐受和转移。然而，CAF 的空间异质性与其生物功能尚未完全理解。癌症相关成纤维...

生信大杂烩 2025-07-202025-07-20 10:57:06

matrix、sample、数据、统计、cell

发表了文章 2025-07-122025-07-12 11:29:13

Visium HD | Spaceranger v4 细胞分割结果分析

2025 年 6 月10x Genomics 的 Space Ranger 软件在升级到了 v4.0 版本。这个新版本最大的亮点就是支持了 Vis...

生信大杂烩 2025-07-122025-07-12 11:29:13

模型、数据、统计、深度学习、架构

发表了文章 2025-06-152025-06-15 11:52:06

Xenium多样本分析实战-代码分享

最近陆陆续续完成了几个Xenium项目的数据分析，主要集中在肿瘤样本研究，每个项目由于实验设计的不同，老师关心的科学问题不同，都做了许多个性化的分析，有时间闲下...

生信大杂烩 2025-06-152025-06-15 11:52:06

数据分析、函数、数据、统计、异常

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:21:16

Visium HD多样本拼片拆分

Visium HD实验的时候一个捕获区域内可以包含多个样本拼片（例如多个组织切片或不同样本的排列）是常见的实验设计，多样本拼片能够提升实验效率，单张玻片处理多...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:21:16

数据、芯片、barcode、sample、工具

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:20:30

Nature Immunology | 老年癌症患者为何更难治愈？最新研究揭示关键机制！

癌症中的年龄相关免疫功能障碍的病因和影响尚不完全清楚。本文表明，老化肿瘤微环境（TME）中有限的 CD8+ T 细胞激活，超出了细胞本身缺陷对肿瘤控制的限制。在...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:20:31

数据分析、基础、模型、排序、数据

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:19:21

腾讯IMA上线！数据分析+文献阅读神器，效率翻倍

ima.copilot（简称 ima）是一款以知识库为核心的智能工作台，集搜索、阅读、写作为一体，全面提升用户的学习与办公效率。产品接入腾讯混元大模型与 Dee...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:19:21

翻译、快捷键、腾讯、效率、数据分析

发表了文章 2025-06-102025-06-10 20:18:25

单细胞文献阅读--scRank利用目标扰动基因调控网络，从scRNA-seq 数据中推断出药物反应细胞类型

细胞对药物的反应表现出巨大的异质性，这主要归因于细胞群体的多样性。在不同细胞的特定生物网络中，药物与其靶点（如受体或酶）相互作用会产生不同的效果。例如，激酶抑制...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 20:18:25

计算机、开发、数据、网络、性能

发表了文章 2025-06-102025-06-10 18:43:33

Xenium数据分析 | 下机数据读取

今天我们将下载10x官方人肺癌FFPE样本Xenium5k下机数据，使用python的spatialdata库，演示如何进行Xenium单个样本/多样本数据读取...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 18:43:34

sample、多线程、数据、芯片、数据分析

发表了文章 2025-06-102025-06-10 18:42:32

空间转录组细胞类型注释--SCimilarity

前面我们使用10x visium HD结直肠癌样本数据介绍了基于H&E图像进行细胞分割，得到了单细胞精度的空间数据，然后和单细胞分析一样，进行降维聚...

生信大杂烩 2025-06-102025-06-10 18:42:32

数据、cell、import、测试、模型

关注了用户 2025-06-102025-06-10 15:06:48

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发表了文章 2025-06-082025-06-08 21:07:23

空间转录组数据下游分析(二)

邻近富集分析（Proximity Enrichment Analysis）是空间转录组数据分析中的一种重要方法，用于评估细胞类型对之间的空间关联性。该分析通过置...

生信大杂烩 2025-06-082025-06-08 21:07:23

数据分析

发表了文章 2025-06-082025-06-08 16:11:51

空间转录组数据下游分析(一)

前面我们介绍了从Xenium下机数据开始，到数据读取、质控、降维聚类、空间聚类(Banksy)、细胞类型注释（特征基因注释、RCTD反卷积注释），完成了基础的分...

生信大杂烩 2025-06-082025-06-08 16:11:51

数据分析

发表了文章 2025-05-292025-05-29 21:52:38

Cancer Cell丨肺癌早期干预新突破，TIM-3靶点或成关键

2025年5月8日，Cancer Cell 在线发表了一篇来自美国MD安德森癌症中心的研究文章Spatial and multiomics analysis o...

生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:52:38

数据分析

发表了文章 2025-05-292025-05-29 21:52:10

R语言绘图 | 渐变火山图

客户要求绘制类似文章中的这种颜色渐变火山图，感觉挺好看的。网上找了一圈，发现有别人已经实现的类似代码，拿来修改后即可使用，这里做下记录，以便后期查找。

生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:52:10

数据分析

发表了文章 2025-05-292025-05-29 21:51:57

Cell Res | Stereo-seq揭示人类肝癌浸润区促进肝细胞-肿瘤细胞串扰、局部免疫抑制和肿瘤进展

有同学给了一篇23年的空间文章，研究的一个核心概念是肿瘤边缘的"侵袭区"，文章中定义的是以肿瘤边缘为中心的500微米宽的区域，这里是肿瘤细胞侵袭和转移的活跃前沿...

生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:51:57

数据分析

发表了文章 2025-05-292025-05-29 21:51:44

Scanpy可视化技巧--UMAP图优化

前几天后台有同学私信说想要美化下scanpy绘制的UMAP图，给了篇单细胞文章中的UMAP截图，我们写了一个函数，用于美化scanpy的UMAP图，思路还是比较...

生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:51:44

数据分析

发表了文章 2025-05-292025-05-29 21:51:12

经典的文章要反复读--单细胞测序和CODEX绘制人骨髓的组成和空间结构

骨髓是一个复杂的器官，包含了来自造血、间充质、内皮、血管平滑肌和神经谱系的多种细胞。相对稀有的非造血细胞被认为在造血过程中起着关键作用。包括内皮细胞（ECs）、...

生信大杂烩 2025-05-292025-05-29 21:51:12

数据分析

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