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NC高分杂志cellchat细胞通讯结果个性化绘制之弦图
前面，我们尝试了对单细胞或者空间转录组细胞通讯结果进行可视化，相关的准备的帖子有：
生信技能树 2025-08-122025-08-12 02:37:03
基础、可视化、数据、cell、函数
IF10+空转文献复现（四）：单细胞与空转联合MIA分析
单细胞数据来自 Shih et al PLoS ONE 13(11): e0206785， GEO编号：https://www.ncbi.nlm.nih.gov...
生信技能树 2025-08-122025-08-12 02:36:26
data、load、函数、数据、数据处理
致谢技能树文章：单细胞公共数据库挖掘+实验验证的经典类分析文章
此外，我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，甚至是新叶老师给你的一对一专属答疑，远程代码演示，快来：最新一期在8月4...
生信技能树 2025-08-122025-08-12 02:35:44
迁移、编程、入门、数据、数据库
IF10+空转文献复现（三）：空转注释需要的参考单细胞数据处理与注释（附有学习交流群）
今天的学习内容为，后面需要使用MIA来对4张空转的切片数据进行注释，使用一个单细胞数据作为reference，处理步骤如下：
生信技能树 2025-08-122025-08-12 02:33:00
数据、数据处理、csv、data、table
脱离生物学背景的数据分析都是耍流氓
但是万万没想到大家会在可视化方面栽跟头，比如这个2022的文章：《Single-cell RNA sequencing identifies a paracri...
生信技能树 2025-08-122025-08-12 02:32:19
数据分析、可视化、命令行、排序、数据
目前测序技术最广泛的临床应用不应该是在肿瘤领域吗？（附复旦大学病理科的癌症基因检测项目分类和收费）
小丽是一位25岁的胆管癌患者。根据当时的临床指南，她开始接受标准治疗方案：顺铂 + 吉西他滨（GemCis）联合度伐利尤单抗（Durvalumab）。然而，治疗...
生信技能树 2025-08-072025-08-07 05:48:57
公众号、数据、异常、医疗、数据分析
阴性结果照样能发表
面对阴性结果，有一些“机智地”小伙伴就会“悄咪咪”的通过“秦桧法”和“赵高法”选择性的人造阳性结果，反正就是发个文章混个日子。这样非常的不好，因为实验细节是没办...
生信技能树 2025-08-072025-08-07 05:47:14
数据、数据分析、crc、队列、模型
高分杂志同款cellchat细胞通讯结果气泡图绘制（IF=25.083）
我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，甚至是新叶老师给你的一对一专属答疑，远程代码演示，快来：最新一期在8月4号，感...
生信技能树 2025-08-072025-08-07 05:46:49
data、函数、入门、数据、数据库
稳健和准确top1的空转反卷积算法RCTD实战：GSE242249
前面我们分享了两篇空转反卷积的方法测评，其中RCTD位于推荐榜首，今天就用这篇文献《Integrating spatial transcriptomics an...
生信技能树 2025-08-032025-08-03 06:23:49
数据分析、cell、对象、数据、算法
跟着Nature学习空转细胞生态位分析（一）
fig1给我们展示了相关的单细胞结果以及几个具有代表性的空转的cell2location的反卷积结果：
生信技能树 2025-07-292025-07-29 02:34:50
size、数据、数据分析、data、meta
一行代码转换h5ad为seurat：超简单
万能的网友又给我支招了，这次给我推荐了一个我试过了后觉得超棒的方法：使用 schard 包进行转换，一行代码就可！
生信技能树 2025-07-292025-07-29 02:33:30
数据、对象、镜像、可视化、入门
IF10+空转文献复现（二）：空转聚类结果与空转切片结合
今天的学习内容为，将空转的聚类结果与空转切片结合起来，绘制带有位置的聚类图。空转的四张片子如下：
生信技能树 2025-07-292025-07-29 02:33:02
function、im、image、编码、函数
基本功修炼：Chord diagram 和弦图的基础函数
Circos 可以用来将表格转换成图像。将枯燥的表格转换成信息丰富且视觉上引人入胜的数据图形！
生信技能树 2025-07-292025-07-29 02:31:34
基础、数据、diagram、对象、函数
我怀疑他们根本就不想公开单细胞测序数据
当然了，也有好多人因为淋过雨所以也不希望其他人过的太顺利，哪怕是被审稿人或者杂志要求公开测序数据，也是装模作样的搞一个fastq文件，增加大家使用数据的门槛。更...
生信技能树 2025-07-242025-07-24 02:59:43
管理、数据、数据中心、数据库、center
python版本复杂热图绘制：PyComplexHeatmap
PyComplexHeatmap 是一个用于绘制复杂热图（聚类热图）的 Python 包，专为生物数据设计。这个模块的官网如下：
生信技能树 2025-07-242025-07-24 02:59:27
入门、数据、python、legend、配色
一键自动整理单细胞文件为标准的三个文件格式（GSE231755）
此外，我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，最新一期在8月4号，感兴趣的可以去看看呀：生信入门&数据挖掘线上直播课8...
生信技能树 2025-07-242025-07-24 02:57:49
数据挖掘、数据库、file、入门、数据
具有不同肿瘤阶段的胃癌单细胞与空转联合分析（2025年2月发表）
本文通过对32例处于不同恶性阶段的人类胃黏膜组织进行空间和单细胞RNA测序，揭示了肿瘤上皮的表型可塑性以及从成熟的胃主细胞到CSC状态的转录轨迹，这一过程与表皮...
生信技能树 2025-07-202025-07-20 02:00:26
数据分析、cell、gc、数据
如何获取韦恩图中的交集部分元素列表？
插播：我们生信技能树每个月都有一期带领初学者，0基础的生信入门培训，会有各种贴心的答疑，最新一期在8月4号，感兴趣的可以去看看呀：生信入门&数据挖掘线上直播课8...
生信技能树 2025-07-202025-07-20 01:59:53
集合、入门、数据、set、基础
全网最全最新：ATAC-seq最佳实践和数据分析
以核小体为其基本构建单元，真核生物的核DNA被分层包装成染色质，而基因组的不同区域则以不同程度被压缩。根据其紧密程度，染色质被分为两种主要的功能状态：包装较为松...
生信技能树 2025-07-172025-07-17 07:48:00
可视化、数据、最佳实践、数据分析、工具
python实战：学习生信大牛Sarah A. Teichmann发在Science上的单细胞分析
在这篇Science杂志的文献中，作者利用单细胞RNA测序技术，创建了一个涵盖一生的人类胸腺的全面图谱，并为人类T细胞发育提供了新的见解：包括CD8αα⁺ T细...
生信技能树 2025-07-162025-07-16 06:48:12
数据分析、开发、可视化、数据、python

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