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图解NumPy包一文就够了（2025版）
关于python学习的环境搭建，推荐：vscode + jupter + 服务器，可以随便搜一个教程安装一下~这里不再描述。
生信技能树 1天前2025-03-12 14:56:00
机器学习、numpy、data、数组、音频
展示你的特征基因：带"辣椒粉"的markers基因umap图
今天来看看如何展示你的特征基因，这个需求在单细胞分析中非常常见。图来自文献《The aged tumor microenvironment limits T c...
生信技能树 2天前2025-03-11 21:26:27
element、plot、对象、数据、图表
又一篇单基因的单细胞数据挖掘思路
单个基因在单细胞里面如何分析呢？这篇帖子中探讨了关键基因 CCL2 在单细胞中的表达，并以其表达与否将细胞分成了 CCL2+ 细胞和 CCL2-细胞，并展...
生信技能树 3天前2025-03-10 13:34:34
table、视频、数据、数据挖掘、int
首篇TCellAtlas 数据库以及T细胞自动注释工具 STCAT
可以按照组织，疾病，收录的项目Project等下载，下载还提供了两种原始的count.h5ad 以及带有数据处理和注释的 h5ad，真的太棒啦！
生信技能树 3天前2025-03-10 13:33:45
工具、工作、数据、数据库、自动化
scanpy读取空转Visum HD数据&基础分析
上一期我们学习了使用python读取单细胞和空转数据（10X visum低分辨率）：
生信技能树 7天前2025-03-06 23:32:36
基础、教程、可视化、配置、数据
python读取空间转录组数据
上一期我们学习了使用python读取不同的单细胞数据：python版读取不同的单细胞数据格式（单样本与多样本），今天来看看使用python读取空间转录组的数据。
生信技能树 7天前2025-03-06 23:32:26
软件、数据、python、data、教程
Science杂志：富集结果条形图还可以聚类吗？
含义：作者对一组基因 PDAC KRAS-ERK UP essential genes 进行KEGG，GOBP，GOCC 以及 REACTOME 进行 ORA ...
生信技能树 9天前2025-03-04 21:43:36
数据库、表格、技巧、排序、数据
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌(五)|| 数据合并, 标准化、特征选择以及聚类
今天继续来学习他的代码wiki上的：https://github.com/RegnerM2015/scENDO_scOVAR_2020/wiki
生信技能树 10天前2025-03-03 15:22:27
meta、可视化、数据、github、data
可以质疑来自哈佛医学院的顶刊Cell结果吗？
最早看到这篇文章在某公众号：发现Cell文章“造假”，怎么办？？。他质疑了作者的单细胞数据分析结果有问题，下面来看看这篇 Cell文章中有什么古怪呢！！！
生信技能树 10天前2025-03-03 15:21:30
matrix、数据、数据分析、cell、file
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（二）
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全和 Omni-ATAC：更新和优化的ATA...
生信技能树 13天前2025-02-28 14:45:32
数据分析、https、工具、论文、数据
一个优秀的ATAC-seq数据分析资源实战（一）
之前我们给大家介绍了两篇ATAC-Seq数据分析pipeline的优秀综述：综述：ATAC-Seq 数据分析工具大全和 Omni-ATAC：更新和优化的ATA...
生信技能树 14天前2025-02-27 15:38:34
数据、索引、数据分析、sh、工具
怀疑了不该怀疑的人
这个问题有两个学生反馈过，但我又重复不出来这个报错，所以先帮他们搞定了需要的文件，然后准备找个网络好的时间远程看看。
生信技能树 15天前2025-02-26 15:18:19
基础、入门、数据、工作、函数
画个同款新奇的“Galaxy”星系UMAP图（Nat Immunol：IF27.8）
前面我们已经介绍了如何在umap图上加圈：给你的单细胞umap图加个cell杂志同款的圈，以及绘制星系umap图：5种方式美化你的单细胞umap散点图，那两者组...
生信技能树 16天前2025-02-25 16:09:40
int、对象、数据、nat、element
数据集“变脸术”？曾老板给的双胞胎数据集之谜
这两个数据集分别是：2012年update 在GEO上的 GSE41258，以及 2015年 update的GSE68468
生信技能树 17天前2025-02-24 11:47:16
list、merge、table、数据、芯片
WGCNA鉴定三阴性乳腺癌中的core lncRNA之数据提取（2025版）
以前的专辑见：wgcna，以及 githut上的代码：https://github.com/jmzeng1314/my_WGCNA
生信技能树 17天前2025-02-24 11:45:55
数据库、core、count、sample、数据
一步一个坑：单细胞数据的h5ad格式转换成R可读取对象
随手一搜，找到一个帖子：https://zhuanlan.zhihu.com/p/12861008987#:~:text=%E4%BD%BF%E7%94%A8%...
生信技能树 21天前2025-02-20 12:19:44
data、meta、pca、对象、数据
六分组疾病进展的关键基因差异箱线图绘制
我们每一次的绘图不光光只有绘图的技巧，还带有对文章提供的原始数据处理小技巧，大家可不要忽略了这个呀！还有图和数据在这篇文章中的应用，都是可以学习的！
生信技能树 21天前2025-02-20 12:19:08
技巧、数据、人工智能、list、变量
DoubletDecon 过滤到放弃！|| Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（四）
今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，DoubletFinder双细胞鉴定。
生信技能树 22天前2025-02-19 13:35:09
算法、源码、github、软件、数据
Github代码文献复现之卵巢和子宫内膜癌（三）|| 双细胞过滤之 DoubletFinder
今天继续来学习他的代码，代码部分接上面的稿子，做完了数据预处理，保存的对象为saveRDS(rna,"./rna_predoublet_PassedPC1Che...
生信技能树 22天前2025-02-19 13:34:14
github、可视化、软件、数据、性能
如何批量查询单个基因的功能通路？
学员的基因我们就不放了，我们随便找一个基因比如 EPCAM，一个上皮细胞的经典基因。我们上面讲了，基因的注释与富集含义是一样的，只不过富集是显著注释的通路，通过...
生信技能树 22天前2025-02-19 13:33:27
go、数据库、db、集合、数据

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