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scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，可视化

有了基因集文件除了做scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？样本分组？GSVA分析，还可以计算每个细胞的目标基因集评分。

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:01:49

list、函数、可视化、数据、统计

CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析

自从周运来写了一篇cellchat的中文介绍教程《CellChat:细胞间相互作用分析利器》，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cellchat作为一个细胞通讯...

生信技能树jimmy 2021-08-202021-08-20 14:59:52

subset、可视化、通信

CellChat三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析

此教程展示了如何应用 CellChat 来识别主要的信号变化，以及通过多个细胞通信网络的联合多重学习和定量对比保守和环境特异的信号。我们通过将其应用于来自两种生...

生信技能树jimmy 2022-01-172022-01-17 17:35:30

信息流

基因集富集分析(GSEA)及其可视化

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是是一种计算方法，用于确定事先定义的一组基因是否在不同的样品中差异表达。

青青青山 2022-07-042022-07-04 21:57:16

go、es

🤩 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（三）（建立单细胞轨迹）

单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。🤩

生信漫卷 2023-11-062023-11-06 15:45:17

cell、graph、label、排序、数据

scRNA|R版CytoTRACE v2从0开始完成单细胞分化潜能预测

CytoTRACE v2 在2024.03月发表在预印本Mapping single-cell developmental potential ...

生信补给站 2024-04-262024-04-26 11:15:54

数据、算法、对象、函数、可视化

scRNA分析|单细胞GSVA + limma差异分析-celltype分组？样本分组？

单细胞数据完成差异分析后，可以根据结果进行后续的GO ,KEGG,GSEA富集分析，推荐使用clusterProfiler-R包，可参考 R|clusterPr...

生信补给站 2023-08-252023-08-25 10:01:18

数据库、函数、集合、可视化、数据

scRNA|使用scMetabolism完成单细胞代谢激活分数估计

之前介绍过 scRNA分析|使用AddModuleScore 和 AUcell进行基因集打分，然后可视化目标基因集合的打分，这里介绍scMetabolism包...

生信补给站 2024-04-252024-04-25 15:49:48

函数、可视化、数据、data、对象

scRNA｜ComplexHeatmap自定义单细胞转录组celltype-level 热图可视化

使用之前注释过的sce.anno.RData数据，后台回复 anno 即可获取

生信补给站 2023-09-262023-09-26 15:11:58

mean、变量、函数、可视化、数据

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