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输入数据是一个注释好的adata对象,示例数据请在公众号聊天窗口回复‘adata1030’
现在的单细胞数据动辄十几万甚至几十万的细胞数量,对于没有服务器,用自己电脑进行分析的同学来说实在是很不友好。Meta cell算法是将相似的单细胞合并,减少细胞...
今天给生信入门班和数据挖掘班的往期学员提供直播答疑遇到了一个好问题,给大家分享下。
DataFrame不是原生的,而是由pandas提供,接受字典,每列是一个键值对的格式。
每种编程语言里都有条件语句和循环语句,今天把R和python的放到一起打打架!没办法现在就是这么卷,学不了两个也得学一个吧~
Hi~今天给大家带来Python和R两种语言中各种数据结构的排序方法。这两种语言都是一手一个的必备工具,虽然AI如此发达,但基本功还是要有,掌握它们的排序技巧可...
一个诡异的现象揭秘背后的原理Python对象的分两类1. 可变对象(Mutable)2. 不可变对象(Immutable)3.关键区别如何创建真正的副本?1. ...
网上可以搜到大量的R语言singleR的代码和教程,但python版的就比较少啦,恭喜你找到了我。
富集分析分为超几何分布检验(ORA)和基因集富集分析(GSEA)。R语言有clusterprofiler包可以做富集,python是用gseapy。这个包功能强...
如上所见,工作目录下的04_data文件夹下有3个子文件夹,每个文件夹里是3个标准文件
配色R包很多,比如ggsci,RcolorBrewer,我最喜欢的当属paletteer,它集百家之长,是大量配色R包的合体。
《Single-cell transcriptome analysis reveals the association between histone lact...
我们的线上直播课每月会开一次直播答疑,既往报名的老学员都可以参与,不加钱不限时,主打一个关爱,如果你不知道的话现在知道了哦。
人啊,身在福中要知福。平时安装一些非常常用的包是从cran和bioconductor上,所以感觉不出来什么。正因为有他们,你才避免掉了很多包要编译的问题!
Error:!nei()was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct.Please use.nei()in...
讲课讲到批量的logrank test可以告诉我们两个组之间的生存率差别是否显著,收到提问说:
我们在做数据分析时,会遇到不同的作者提供的各种各样的文件格式,一点都不统一。尤其是单细胞数据,格式更是多样。
字符串,或者说字符型数据,可以是你的数据里的基因名、细胞样本名、临床信息、分组等等,但凡他们需要调整和探索,都需要用到字符串处理的函数和方法。
因为感觉spyder的notebook不大好用,而jupyter lab 又不支持逐行调试.py所以我现在是用.py就用spyder打开,notebook就用j...
随便一个h5文件即可。我这里使用的是pbmc3k,scanpy推文最后生成的文件就是它。
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