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一文掌握GSEA，超详细教程

生信宝典之前总结了一篇关于GSEA富集分析的推文——《GSEA富集分析 - 界面操作》，介绍了GSEA的定义、GSEA原理、GSEA分析、Leading-edg...

生信宝典 2019-05-152019-05-15 10:47:02

数据分析

差异分析分组构建到底谁在前面--关于limma包中model.matrix()的问题

在使用limma包进行差异分析的过程中，我们都知道至少需要表达矩阵和分组矩阵两个文件，而在一些例子当中，还出现了一种叫差异比较矩阵的东西，那为什么有些需要有些不...

叶子Tenney 2023-03-272023-03-27 18:09:14

r 语言

从原始芯片.cel数据到权重基因共表达网络(WGCNA)详细流程

看这个之前，可以先看WGCNA的一些理论背景知识看完整个之后可以去看WGCNA关键模块和hub基因筛选

Y大宽 2018-10-112018-10-11 16:40:49

其他

aglient芯片原始数据处理

我多次在学徒作业强调了 3大基因芯片产商里面，就Agilent公司的芯片比较难搞，比如Agilent芯片表达矩阵处理(学徒作业) 以及 oligo包可以处理ag...

生信技能树 2020-06-112020-06-11 15:47:40

硬件开发、数据库、sql

万字长文带你手把手完成一个单细胞转录组文献图表复现（GSE123837）

数据来源[1]于细胞学万能老二的期刊《nature cell biology》的一篇文章《Transcriptional diversity and bioen...

生信技能树 2022-03-032022-03-03 14:28:38

html、github、https、git、开源

单细胞转录组+空间转录组构建人类心脏发育3D图谱

心脏是人类胚胎中的第一个功能性实体器官，从中胚层开始发育到心管、心腔、心肌、隔膜以及最后的动脉、肺动脉和心脏隔间的形成，这一系列复杂的过程，是基因表达按照时间顺...

生信交流平台 2020-08-062020-08-06 12:03:25

史上最大子宫内膜异位症单细胞图谱

可以看到跟肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群没有区别，也是：

生信技能树 2023-02-272023-02-27 21:35:40

数据处理

这篇4+分非肿瘤生信思路值得借鉴！

Smoking and blood DNA methylation: an epigenome-wide association study and asses...

科研菌 2020-09-072020-09-07 14:38:46

生信代码：机器学习-训练模型

在构建预测模型的开始可以使用数据分割构建训练集和测试集，也可以在训练集中用于执行交叉验证或自举(bootstrapping)，以评估模型。

科研菌 2021-02-192021-02-19 10:13:10

腾讯云测试服务、编程算法

全套MeRIP-seq文章图表复现代码

这里面的MeDIP-seq指的是DNA，那么MeRIP-seq其实就是RNA水平的又叫做m6a测序，恰好看到了咱们的表观微信交流群我们的生信技能树优秀转录组讲师...

生信技能树 2021-04-292021-04-29 09:30:59

tcp/ip、数据分析、linux、shell、数据处理

基因芯片数据分析（二）：读取芯片数据

在microarray的处理中，第一步就是读取数据。无论是自己的保存在本地的数据，还是在线保存的数据，对于不同公司的芯片可以使用不同的软件包读取。在这里，我们说...

DoubleHelix 2019-12-132019-12-13 10:30:46

数据分析、硬件开发、数据库、sql

看优秀本科生如何一周内学会Linux进而搞定RNA-seq上游分析

我是武汉大学基础医学专业第一届的学生，2016年9月刚进大学的时候就选了导师进入实验室接受科研训练。虽然我们实验室不是专门做生物信息学的，但第一次和导师正式交流...

生信技能树 2020-04-142020-04-14 12:46:57

bash、bash 指令

使用dplyr进行数据分析：入门篇

tidyverse系列应该算是R语言数据分析中的瑞士军刀了，统一的格式，简洁的代码，管道符便于阅读的形式，都能让大家快速上手。R数据科学就是专门讲这个系列的，但...

医学和生信笔记 2022-11-142022-11-14 17:24:03

数据分析

GEO表达芯片平台 — GPL14951，注释文件探索过程

最近jimmy老师在学徒群了扔了一个数据挖掘文献图表复现任务，作为老师的新晋小透明学徒，希望可以表现一下，在分析数据集GSE62133时，并没有其平台GPL14...

生信技能树 2019-10-232019-10-23 16:19:57

硬件开发

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个人成就

TA 很懒，什么都没有留下╮（╯＿╰）╭

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