R语言建立和可视化混合效应模型mixed effect model

我们已经学习了如何处理混合效应模型。本文的重点是如何建立和_可视化_ 混合效应模型的结果。

相关视频

设置

本文使用数据集，用于探索草食动物种群对珊瑚覆盖的影响。

创建一个基本的混合效应模型：

该模型以珊瑚覆盖层为因变量（elkhorn_LAI），草食动物种群和深度为固定效应（c。urchinden，c.fishmass，c.maxD）和调查地点作为随机效应（地点）。

。

注意：由于食草动物种群的测量规模存在差异，因此我们使用标准化的值，否则模型将无法收敛。我们还使用了因变量的对数。我正在根据这项特定研究对数据进行分组。

绘制效应大小图：

如果您有很多固定效应，这很有用。

效应大小的格式化图：

让我们更改轴标签和标题。

模型结果表输出：

创建模型摘要输出表。这将提供预测变量，包括其估计值，置信区间，估计值的p值以及随机效应信息。

格式化表格

用数据绘制模型估计

我们可以在实际数据上绘制模型估计值！我们一次只针对一个变量执行此操作。注意：数据已标准化以便在模型中使用，因此我们绘制的是标准化数据值，而不是原始数据

步骤1：将效应大小估算值保存到data.frame中

步骤2：使用效应值df绘制估算值

如果要保存基本图（仅固定效应和因变量数据），可以将其分解为单独的步骤。注意：对于该图，我正在基于此特定研究对数据进行分组。