如何自定义GSEA分析中的gmt格式文件？

在GSEA分析中，在MSigDB（Molecular Signatures Database）数据库中定义了很多基因集，下载的基因集是gmt格式文件。下载的gmt格式文件，打开后可以看见是下面这个样子的：

gmt（Gene Matrix Transposed，基因矩阵转置）是多列注释文件，列与列之间都是Tab制表符分割。

第1列：是基因所属基因集的名字，可以是通路名字，也可以是自己定义的任何名字。

第2列 ：一般是描述信息，说明这套基因列表从哪里收集的，也可以为空或者用NA表示。官方提供的格式是URL，也可以是任意字符串。

第3列-第n列：是基因集内所有基因的名字，有几个写几列。

每一行的列数可以不一样，主要是基因集内的基因数量不一样。

gmt文件可用 read.gmt()函数读入，读入的数据是一个数据框。

如何制作自定义的gmt文件？下面是来自生信技能树的案例代码：

gcSample数据是来自clusterProfiler包，只是用来练习，自己自定义的可能并不是这样的list，可以处理成类似gcSample数据的list，用上面代码写出gmt文件。

下面是我处理的一个基因集

MoleculeName和 catabolism.Type这2列是我们要的。

可以自己构建类似上面gcSample的list，然后自己写一个函数输入就行。

我自己定义了一个输入对象gmtInfo

定义用来处理gmtInfo对象的函数：